Источники отмечают, что Б. В. Анненков всегда сохранял партизанскую самостоятельность, зачастую не выполняя приказы командования. Атаман стремился к своеобразной военной демократии в своих частях. Офицером можно было стать, только пройдя все ступени, начиная с рядового. В его отряде действовали и другие правила. Слово «господин» заменялось словом «брат». На приветствие отвечали словом «привет», на благодарность — «стар», на поздравление — «благодар». На знамени отряда был начертан девиз «С нами Бог» и вышита эмблема в виде человеческого черепа с двумя перекрещенными костями. Анненков не играл в карты и другие азартные игры, не курил, не употреблял спиртное, не был замешан в скандальных любовных похождениях, что выгодно отличало его от многих командиров эпохи Гражданской войны. В партизанской дивизии Анненкова было запрещено употребление спиртного, пьяные изгонялись. «Штаба и свиты у атамана нет, — сообщала одна из газет того времени, — только пишущая машинка и вестовые. За сквернословие на третий раз изгонялись. Образцовая дисциплина, хорошее снаряжение, три рода оружия, преобладают интеллигентная молодежь, казаки и киргизы» (Мое прим.: киргизами в то время называли казахов). Управляющий Военного министерства Сибирского правительства генерал-лейтенант А. П. Будбергдал Б. В. Анненкову такую характеристику: «Этот атаман представляет собой редкое исключение среди остальных сибирских разновидностей этого звания; в его отряде установлена железная дисциплина, части хорошо обучены и несут тяжелую боевую службу, причем сам атаман является образцом храбрости, исполнения долга и солдатской простоты жизни»{29}.

Дисциплину Б. В. Анненков поддерживал, опираясь на военно-полевой суд, состоявший из офицеров, и специальную комиссию, действовавшую на основе дореволюционных законов и приказов штаба Верховного главнокомандующего. Одновременно применялись и внесудебные решения, которые утверждал сам атаман и приводила в исполнение получившая очередной наряд часть. Этому способствовал интернациональный характер отряда. В нем были батальон китайцев и афганцев и сербы. Это укрепляло положение атамана: в случае необходимости китайцы без особого смущения расстреливали русских, афганцы — китайцев, и наоборот.

Самостоятельность и самоуправство Анненкова привели к тому, что глава Сибирского правительства П. В. Вологодский потребовал его смещения. В ответ Исполняющий дела военного министра генерал Сукин заявил, что отряд не выдаст атамана и его можно будет взять только с боем. К тому же он имеет значительные силы. В итоге Совет министров постановил расследовать незаконные действия Анненкова. Его вызвали в Омск, но атаман отказался подчинить свой отряд 2-му Степному сибирскому корпусу, который действовал в Семиречье, и вернулся, захватив с собой около полутысячи новых добровольцев.

15 октября 1919 г. приказом адмирала А. В. Колчака «атаман Анненков за боевые отличия, исключительную храбрость, проявленную в боях 12–14 сего октября, награждается Орденом Святого Великомученика Георгия 4-й степени». Этим же приказом он производится в генерал-майоры.

23 октября 1918 г. партизанский отряд полковника Б. В. Анненкова передан в подчинение атамана Семиреченского казачьего войска и переименован Партизанскую атамана Анненкова дивизию, которая первоначально входила в состав 2-го Степного корпуса.

Дивизия состояла из казаков, мобилизованных русских крестьян, казахов (сведённых в т. н. алаш-ордынские полки), афганцев, уйгуров, китайцев, составлявших отдельный Маньчжурский полк. В докладе начальника Особой канцелярии, выполнявшей функции белогвардейской контрразведки, особо отмечалось, что «китайцы атамана Анненкова наводят на жителей страх и заставляют жителей покидать свои дома». Автор доклада цитирует письмо одного из анненковских солдат: «Из Андреевки все ушли, боялись китайцев Анненкова, которые обращаются не по-человечески (бесчеловечно)».

С января 1919 г. Анненков действовал в Семиречье, в основном на юго-востоке Семиреченской области (Копальский и Лепсинский уезды). Командир II Степного Сибирского армейского корпуса (с 26.11.1919, сменил генерала И. С. Ефтина). Командующий отдельной Семиреченской армией (с конца 1919), созданной из частей II Степного Сибирского армейского корпуса и Отдельной Оренбургской армии

Главной задачей для армии Анненкова была ликвидация Черкасской обороны — сопротивления удерживаемых красными отрядами сел Лепсинского (ныне Саркандский район)) и Копальского уездов. В занятых населенных пунктах Анненков действовал и убеждением, и принуждением. 10 января 1919 г. он издал приказ населению занятого Урджарского района, в котором говорилось: «Вверенный мне отряд прибыл в Семиречье для борьбы с большевиками, для водворения правопорядка, тишины и спокойствия. В отношении населения мы будем держаться совершенно одинаково беспристрастно, будь то казак, крестьянин или киргиз. На старое мною поставлен крест, так как многие из нас были, благодаря своей темноте, в заблуждении. Наказаны будут только те, кто сознательно вел вас к этой разрухе. Но в будущем, предупреждаю, будет жестоко наказан всякий, кто вновь будет замечен в преступлениях против существующего государственного порядка, насилиях, грабежах и других преступлениях.» В занятых войсками Анненкова районах запрещалась продажа спиртных напитков. Виновные в их изготовлении и продаже предавались военно-полевому суду. Анненков распорядился арестовывать на 14 суток пьяных и налагать на них штраф в размере одной тысячи рублей. Своеобразно относился Анненков и к военнопленным: многих он привлекал для службы в своих войсках. Как писал Анненков, красноармейцы принимались в его части, дабы искупить свою вину кровью. Более того, в личном конвое атамана, состоявшем из 30 казаков, половину составляли бывшие пленные красноармейцы, отличившиеся особым мужеством в боях{29}.

К июню 1919 г. белые войска смогли организовать наступление, добившись к августу временных успехов. Черкасская оборона пала. Три роты красноармейцев во главе с командирами сдались в плен, часть их затем приняла участие в боях в составе анненковской дивизии.

Однако перелом в пользу Красной армии, происшедший летом 1919 г. по всему Восточному фронту, сказался и на положении дел в Семиречье. Главная опора белых — город Семипалатинск — 10 декабря был занят частями Красной армии. Командование белых войск пыталось организовать сопротивление разрозненных частей, но изменить ситуацию в свою пользу уже не могло. 29 февраля 1920 г. командование Красной армии предъявило Б. В. Анненкову ультиматум с требованием сложить оружие, однако он отказался.

В начале 1920 г. в армию Анненкова влились остатки Оренбургской армии генерала А. И. Дутова. Из 20 тысяч бойцов Дутова через голодную степь в Семиречье прошли 11–12 тысяч. При этом 90 % из них были больны тифом, что ослабило силы белогвардейцев. К тому же, согласно ряду источников, анненковцы недоброжелательно относились к оренбуржцам, грабили их.

Красноармейская разведка доносила, что в сотнях Анненкова нет орудий и пулеметов, «патронов на людях от 20 до 60: Штадив имеет зеленый флаг с белым черепом и костями и надписью „С нами Бог“».

В результате наступления частей большевистского Туркестанского фронта к концу апреля были заняты основные населенные пункты Семиречья.

Информация об обстоятельствах ухода Анненкова в Китай противоречивая.

Согласно одному из источников, в ночь на 25 марта 1920 г. Б. В. Анненков в сопровождении 4 тысяч бойцов и отступавшего населения ушел за границу, объявив специальным приказом