Ноябрь 1917–1918 гг. являются периодом постепенного установления однопартийной диктатуры большевиков, проведения красного террора и постепенного разворачивания полномасштабной гражданской войны. Все эти обстоятельства приводят к тому, что анархисты, выступавшие ранее в союзе с большевиками, становятся самостоятельной политической силой и занимают место леворадикальной оппозиции. Платой за это становится разгром наиболее сильных организаций и их вооруженных отрядов. В то же время в данный период происходит выработка новых стратегий социальных преобразований. Анархисты получили возможность проводить на практике, в рамках отдельных регионов и отраслей, свой политический курс, обусловленный во многом запросами социальной базы движения – рабочих, крестьянства, части служащих и интеллигенции. Незавершенность процессов консолидации движения вела к тому, что эти инициативы не были скоординированы в рамках всей страны и, как следствие, обречены на подавление централизованной государственной властью. В то же время события, связанные с разрастанием гражданской войны, вносят раскол в ряды движения. Появляются лояльные по отношению к правящей партии «советские анархисты». При этом оба крыла движения, как пробольшевистское, так и оппозиционное, оставались сторонниками не только сохранения, но и расширения единого революционного фронта, отказываясь от открытой борьбы с РКП(б).

Гражданская война и интервенция стали факторами корректировки программных установок части анархистского движения.

В 1919 г. из среды «советских анархистов» выделяются «анархо-большевики». Обычно так называли анархистов, отказавшихся от критики политического курса РКП(б), полностью его поддерживавших и рассматривавших «государственный социализм» и Советскую власть как переходный период на пути к анархическому обществу. Среди них были известные деятели анархистского движения – И.М. Гейцман, Д.Ю. Гопнер, И.С. Гроссман, Ю.М. Лисс, Д.И. Новомирский, Г.Б. Сандомирский, В.С. Шатов и др. Некоторые из них, как Аникст, Лисс, Новомирский, вступили в РКП(б). Эта тенденция прослеживается в различных регионах. Так, входившие в состав Гомельского ревкома анархисты-коммунисты Е. Майзлин (руководитель жилищного отдела) и А. Драгунский (заведующий отделом народного образования) вступили в партию большевиков в 1919 г. С 1921 г. членом РКП(б) становится Н.А. Каландаришвили. С декабря 1923 г. кандидатом, а с 1924 г. членом этой партии становится Гейцман.

Некоторые «анархо-большевики», имевшие знакомства с высшими партийными функционерами РКП(б) и чиновниками, выступали консультантами по вопросам о разрешении деятельности анархистских организаций. Так, после подачи заявления от 16 августа 1919 г. о легализации Московской секции анархистов-универсалистов (МСАУ), Политбюро ЦК РКП(б) запросило по этому вопросу мнение И.С. Гроссмана.

Некоторые «анархо-большевики» занимали руководящие и ответственные должности в Народном комиссариате иностранных дел, в хозяйственных и военных учреждениях. Так, Акашев с декабря 1918 г. становится председателем Всероссийской коллегии по управлению ВВФ РСФСР. В момент успешного наступления деникинцев в июле 1919 г. его назначают одновременно командующим авиацией Южного фронта. Анархист-коммунист Т.П. Самсонов-Бабий в 1918–1919 гг. занимал руководящий пост в Военконтроле (контрразведке) 3-й армии Восточного фронта. В 1919 г. он вступил в РКП(б) вместе со служившими в штабах той же армии анархистами А.С. Буцевичем, К.И. Зоновым и Коростиным. В 1920–1926 гг. Самсонов-Бабий становится начальником Секретно-оперативного отдела ВЧК-ОГПУ и занимается борьбой с бывшими соратниками – анархистами. Зонов в 1919 г. был назначен заместителем начальника Особого отдела МЧК, затем заместителем начальника ее Секретно-оперативного отдела, а в 1921 г. членом коллегии ВУЧК. Руководящие посты в ВЧК-ОГПУ занимал и Буцевич.

Одним из наиболее известных «анархо-большевиков» был Шатов, с мая 1919 г. занимавший одновременно посты председателя комиссии по ускоренному продвижению продовольственных грузов в Петроград, комиссара вокзалов, члена коллегии и начальника охраны Петроградского округа путей сообщения. С 8 мая 1919 г., в ситуации наступления войск Юденича, Шатов был назначен членом РВС 7-й армии и Западного фронта, а затем – начальником внутренней обороны Петрограда, членом Комитета обороны Петрограда и Петроградской губ. В это время он становится одним из организаторов обороны города. Вскоре Шатов был назначен командиром 9-й дивизии, сыгравшей значительную роль в разгроме Юденича, и за участие в организации обороны Петрограда получил орден Красного Знамени. В начале 1920 г. его направили на должность комиссара Омского железнодорожного узла, а затем – комиссара водного транспорта Сибири. В правительстве Дальневосточной республики (ДВР) он занимался организацией Госполитохраны (местного аналога ВЧК) и фактически руководил внешнеполитическим ведомством. 11–15 июля 1920 г. Шатов возглавлял мирную делегацию ДВР на переговорах о мире с Японией, завершившихся подписанием перемирия. В конце 1920 – летом 1921 гг. он занимал посты военного министра, министра путей сообщения ДВР и был председателем ее военно-дипломатической миссии при японском командовании. В декабре 1921 г. Шатов вернулся в Москву и вскоре был назначен уполномоченным Совета Труда и Обороны РСФСР в правлении Автономной индустриальной колонии «Кузбасс» – угледобывающей концессии-кооператива, созданного американскими коммунистами и членами ИРМ, активистом которой он сам был когда-то, в период своей эмиграции в США. Вокруг этой концессии, действовавшей в 1921–1927 гг., возникло много мифов относительно «анархистского» и «анархо-синдикалистского» характера данного эксперимента. Как правило, авторы этой версии исходят из мнимой идентичности идеологии ИРМ анархизму или анархо-синдикализму. Но никогда этот профсоюз не определял себя в качестве анархистской организации, выдвигая революционно-синдикалистскую (не анархо-синдикалистскую) модель «индустриальной республики». Не вошел ИРМ и в состав Международной ассоциации трудящихся (МАТ) – основанного в конце 1922 – начале 1923 гг. интернационала анархо-синдикалистских профсоюзов. Более того, в состав ИРМ в конце 1910-х – начале 1920-х гг. входили американские социалисты и члены компартии. Руководителями АИК были один из лидеров Коммунистической партии Америки и деятель Коминтерна С. Рутгерс, а также перешедший на большевистские позиции и уже несколько лет проживавший в России бывший революционный синдикалист У. Хейвуд.

Существуют разные точки зрения по вопросу об отношении Шатова к большевикам. Историк Тепляков приводит слова американского социалистического журналиста А. Рис Вильямса, который, ссылаясь на английского писателя и разведчика А. Рэнсома, писал: «В 1919 году, после явления чуда – обеспечения движения поездов по дороге Москва – Петроград по расписанию, Шатов, в то время комендант Петрограда, сказал Рэнсому, что в ту минуту, когда другие народы прекратят на них нападать, он будет первым, кто свергнет большевиков». Эмма Гольдман свидетельствует о пробольшевистских симпатиях В. Шатова, хотя и излагает и цитирует его высказывания, сделанные перед отъездом в Сибирь в 1919 г. Они свидетельствовали о критическом отношении к бюрократии и ВЧК при сохранении пробольшевистской позиции: «Билл уверял нас, что не перестал быть анархистом и по-прежнему опасается угрозы, которую представляла государственная машина, движимая марксистской теорией […] Он был нетерпим к диктатуре и ее верной прислужнице ЧК, к жестокому подавлению свободы мысли, слова и инициативы, но сейчас это зло было неизбежным […] Он не вступил в коммунистическую партию и никогда не сделает этого, заверил нас Билл, но он был вместе с большевиками и будет с ними до тех пор, пока не закроется последний фронт и не будет изгнан последний враг – Юденич, Деникин и прочие приспешники царизма». И только после победы над белогвардейцами Шатов был готов «требовать отчета» от Ленина за все, что в политике большевиков было неприемлемым для анархистов.