По плану десантный отряд флотилии должен был состоять из 500 штыков, 150 сабель и четырех 76-мм горных пушек обр. 1909 г., а имелось лишь 100 штыков и около десятка сабель. Десантники якобы несли гарнизонную службу в Киеве, а на самом деле «пьянствовали с проститутками».

Радиосвязь флотилии также оставляла желать лучшего. Главная база флотилии — Киев — имела 5-киловатгную радиостанцию; Чернобыль — 0,5-киловаттную; Кременчуг — 0,8-кшюваттную; Черкассы — 0,6-киловаттную; Гомель — 1-киловаттную. Кроме того, на судах имелись радиостанции: на канонерках «Молниеносный» — мощностью 1 кВт, «Громкий» и «Грозящий» — 0,5 кВт, «Могучий» — 1 кВт; на посыльных судах «25 октября» (штаб) — 2 кВт, «Лев Троцкий» (походный штаб комфлота) — 0,5 кВт; «Верный» — 1 кВт.

25 апреля 1920 г. польские войска внезапно перешли в наступление на Юго-Западном фронте. Части красных обратились в бегство, а «красные галичане» вообще перешли на сторону поляков.

На Припяти поляки захватили несколько боевых судов Днепровской флотилии и пароходов, принадлежавших водному транспорту.

Так, 3 марта в Мозыре трофеями ляхов стали пароходы: «Перевал», который поляки зачислили в свою флотилию в качестве посыльного судна Д-2, переименовав его позже в «Генерал Сикорский». «Атаман» — обращен в военный транспорт, получил название Т-1. «Перекат» (сторожевое судно Днепровской флотилии «Кречет») зачислен в состав польской флотилии под названием Т-3. «Леон» зачислен в состав польской флотилии под названием Н-3. «Сокол» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-5 (военный транспорт). «Ремесленник» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-12 (военный транспорт). «Воюн» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-13 (военный транспорт).

5–6 марта в Юрьевичах и Барбарове поляки захватили канонерки Днепровской флотилии «Горячий» (бывший «Трактомиров») и «Громкий» (бывший «Бужин»), Они были зачислены в польскую флотилию в качестве канонерских лодок под названиями Р-1 и Р-2.

Там же были захвачены: штабной корабль Днепровской флотилии «Головной» (до 6 октября 1919 г. «Звягель»), у поляков он получил название Д-! а затем «Генерал Шепгинский», и буксир «Усердный», переименованный поляками в Н-2. Видимо, там же был захвачен и буксир Днепровской флотилии «Мелитта».

Еще семь пароходов поляки захватили в марте в Наровле на Припяти: «Чемпион» (Н-1), «Ветка» (S-1), «Ворон» (Т-2), «Волга» (Н-4), «Леонида» (Т-7), «Мечта» (Т-10) и «Орел» (Т-11).

В 1920 г. ледоход на южной части Днепра начался 6 марта, а 22 марта Днепр и его притоки полностью очистились ото льда. К 25 марта все суда Днепровской флотилии как из Гомеля, так и из Чернобыля получили приказ перейти в Киев, где Варшавская верфь должна была закончить их вооружение.

С началом наступления поляков вошедшие в строй канонерки «Мстительный», «Мудрый», «Молодецкий», «Малый», «Громовой», «Губительный», «Геройский» и сторожевое судно «Ястреб» были посланы на Припять. Канонерки периодически обстреливали польские части, но за неимением десантных сил закрепить успех не могли. Связи с красными частями канонерки не имели.

На Березину в начале апреля были посланы канонерки «Молниеносный» и «Горячий», сторожевые суда «Орел» и «Беркут» и бронекатер № 4, где они должны были содействовать частям 16-й армии. Непрерывные бои на Березине и быстрый спад воды потребовали перегруппировки судов, и 24 апреля на Березину с Припяти вышли «Громовой» и «Громкий» под командованием начальника 2-го дивизиона военмора Дандре. «Молниеносный» и «Гордый» были отозваны на Припять в распоряжение начальника 1-го дивизиона военмора Степанова.

На Припяти в селе Наровля поляки установили две, а в селе Бар-барове — четыре 75-мм французские пушки обр. 1897 г. 22-й, 15-й, 38-й и 34-й польские пехотные полки расположились по обоим берегам Припяти вокруг Мозыря.

Начальник дивизиона Дьяченко взял с собой канонерки «Гордый», «Геройский» и «Губительный», а на вспомогательных судах — небольшой отряд военморов (около ста штыков), составленный из команд судов Чернобыльской базы. В ночь на 23 марта отряд вышел вверх по Припяти. Метким артиллерийским огнем корабли отряда заставили замолчать польскую батарею и подошли близко к Наровле. Но тут на «Гордом» внезапно вышла из строя машина, и отряд был вынужден повернуть обратно. Поляки, при проходе отрядом судов пристрелянного ими места на фарватере, открыли артиллерийский огонь. Ведя бой кормовыми орудиями, суда благополучно вернулись в базу.

Командование флотилии неоднократно обращалось к командующему 12-й армией с просьбами выслать хотя бы небольшой отряд для защиты Чернобыля, чтобы не потерять контроль за устьем Припяти и дать возможность судам действовать на этой реке. Однако просьбу моряков командарм проигнорировал, и 27 апреля поляки с ходу заняли Чернобыль.

Канонерская лодка «Губительный» (командир Тугов), прикрывая огнем отход из Чернобыльского порта флотилии и гражданских судов, попала под огонь польских батарей. От начавшегося на канонерке пожара стал рваться боезапас, и «Губительный» затонул, поднять его удалось лишь после окончания войны.

В Чернобыле ляхи захватили пароходы «Покорный» (Н-5), «Прыткий» (Н-6), «Татьяна» (Т-2), «Звезда» (Т-3), «Юдифь» (Т-4) и «Комета».

28 апреля сторожевыми судами Днепровской флотилии было захвачено польское посыльное судно Т-2 («Ворон»), шедшее сверху в Чернобыль с грузом боеприпасов. От команды подтвердились сведения о существовании польской флотилии. А захваченный у Чернобыля «Ворон» был включен в число посыльных судов советской Днепровской флотилии.

При подходе поляков к Киеву перед командованием флотилии встал вопрос: куда уводить корабли? Было два пути — на север и на юг. На север можно было уйти на реку Сож в Гомель или на реку Десну в Макошино. На юге хорошей базой был бы Екатеринослав (с 1926 г. Днепропетровск.). Но командование флотилии не хотело уходить в Екатеринослав, так как боялось захвата этого города войсками Врангеля. В конце концов командующий флотилией П. П. Смирнов отдал приказ разделить флотилию на три отряда: 1-й Березинский, 2-й Сожский и 3-й Южный.

Практически одновременно штаб 12-й армии отдал приказ всем судам Днепровской флотилии отходить на юг. Из-за этого возникла большая склока между морским и сухопутным начальством. По сему поводу из Москвы выехала специальная комиссия для разбора дела, однако ход боевых операций подтвердил правоту Смирнова.

Согласно приказу комфлота, к 1 мая 1920 г. вся гавань Киева была очишена от судов флотилии. В Киеве на рейде остались: походный штаб комфлота, канлодки «Меткий» и «Молниеносный» и пассажирский пароход «Герцен». Их оставили для Реввоенсовета 12-й армии, который должен был идти вверх в Десну до Макошина.