Одного за другим Муравьев выхватывал вождей восстания, Калиновский скрывался под псевдонимом Витольд Витоженец и некоторое время был недоступен для ареста, второстепенные участники были пойманы и сидели в тюрьме, дожидаясь суда; в Ковенской губернии, населенной фанатическими католиками, Муравьев обратился к епископу Волончевскому, чтобы он склонил поляков сложить оружие, он обратился к населению, мятеж уменьшился, но оставался неуловимым ксендз Мацкевич, ловкий, деятельный, умный фанатик, его отряды то и дело разбивали, но он снова собирал отряды, а после их разгрома неожиданно исчезал, но снова собирал отряды… Только в конце ноября 1863 года он, исчерпав свои возможности, решил скрыться за границей, но был схвачен под самым Неманом со своим адъютантом и казначеем, состоялся военный суд и по приговору суда был в Ковне повешен. Вскоре в Минске был обнаружен новый центр восстания, где арестовали главного распорядителя восстания в Литве Константина Калиновского, после приговора военного суда был казнен в Вильно.

На приеме у императора Михаил Николаевич Муравьев подробно рассказал о главных направлениях своей деятельности:

– Ваше величество, я знаю о том, что некоторые наши министры ужасаются оттого, что я вдохнул нравственные силы в крестьянскую душу, я уменьшил древние права польской аристократии, у которых нет настоящего патриотизма, а есть лишь влечение к своеволию и угнетению низших классов. Я обложил помещиков 10 процентами от сбора за поддержку восстания и укрывательство мятежников в своих мызах. У вас, в Петербурге, поднялась целая волна протестов, а ведь крестьянам грозило полное обезземеливание, почему-то это не вызывало никаких протестов. Очень хорошую работу проводит группа Николая Милютина, крестьяне вздохнут свободнее, хотя я и сам крепостник, но там я отчетливее понял душу крестьянскую…

– Михаил Николаевич, говорят, что уж слишком много жертв вы положили…

– Все простолюдины, участвовавшие в шайках, которые раскаялись и сложили оружие, вообще были прощены и отданы на поручительство обществу, таковых оказалось чуть более четырех тысяч… Все толки и возгласы об огромном будто бы числе лиц, якобы ставших жертвами жестокости управления Северо-Западным краем, в несколько раз преувеличены. В шести губерниях Северо-Запада более шести миллионов человек. Все бывшие революции в Европе и восстания в английских колониях стоили несколько крат более жертв, чем бывшее восстание в Западных губерниях, ибо главное начальство края заботилось о том, что строгая ответственность и правильная администрация восстановила достоинства правительства, смертной казни удостоены лишь главные вожди восстания, они учредили все неистовства и злодеяния над простым народом, надо было остановить тот террор, который они повсюду насаждали. Мятеж погас, как только нашел своевременное правительственное противодействие. Бессмысленные польские умы отрезвились и все затихло в крае, когда убедились, что правительственная власть восстановлена и идет непреоборимо к предначертанной цели, не останавливаясь ни перед какими препонами, повсюду возникавшими.

Император предложил обсудить записку в Западном комитете, тут же добавив, что в основном он согласен с автором записки, но почему только русским нужно продавать секвестрованные польские имения… Споры были жаркими, всем было известно мнение императора, поэтому крестьянский вопрос предложили обсудить на заседании Главного комитета по устройству сельского состояния, вопросы о духовенстве передать обер-прокурору Синода, а кое-какие финансовые вопросы – министру финансов. Спор возник и по поводу предложения Муравьева о допуске одной десятой доли поляков для поступления в учебные заведения империи: лишь генерал Зеленый, князь Долгоруков и Николай Милютин поддержали мнение Муравьева, семь человек были против этой ограничительной меры, в том числе и Дмитрий Милютин. Но император согласился с мнением меньшинства, кроме того, изъяли польский язык из официального употребления, ограничили число католического духовенства, разрешено устройство русских поселений с привлечением отставных солдат.

Муравьев был доволен исходом обсуждения его Записки, вполне удовлетворен императорской поддержкой и 25 мая уехал в Вильну, чтобы подготовиться к встрече с императором и его семьей, отбывавшей за границу.

В Военном министерстве в связи с затишьем на польских просторах началась переформировка в армейских структурах, какие-то армии и корпуса, значительно увеличившиеся за это время, пришлось перебрасывать в другие места, объявили о новом пополнении армии рекрутским набором, те, кто отслужили двадцать лет, должны были получить полную отставку. Но как это сделать, чтобы не ослабить армию? Подождали, пока придут рекруты, немного подучив их, только тогда отправили старослужащих: нельзя было ослаблять армию таким необоснованным методом.

Не хватало и офицеров… Армия увеличилась в своем составе, офицеров и раньше не хватало, а тут полный провал, многие офицеры подавали в отставку, и с этим ничего нельзя было сделать. В 1864 году, как и в прошлом, был отдан приказ ускорить выпуск офицерского состава из военно-учебных заведений. После годичного обучения в конце мая выпускные воспитанники петербургских заведений были представлены на смотр императору Александру Второму, и в этот же день они были произведены в офицеры.

Намеченные реформы шли туго, многие министры не хотели их, а некоторые просто не предвидели последствий, новое хуже старого, привычного. Но колымага правительственных учреждений с трудом подвигалась вперед. Из-за болезни императрицы император Александр то и дело выезжал из Петербурга, то в Крым, то за границу, часто бывали в Ницце, где императрице становилось гораздо легче.

Как и всегда с отъездом императора, Дмитрию Милютину становилось легче работать в министерстве, больше внимания он уделял внутренним проблемам, перестройке работы и наибольшему вниманию дивизиям и полкам, но связь с императором была постоянная. Великий князь Дмитрий Николаевич весной 1864 года телеграфировал Александру Второму, что последний оплот в Абхазии сокрушен, Кавказская война окончена. Император поздравил Великого князя с «молодецкой службой», а великий князь поздравил военное министерство и генерала Дмитрия Милютина с тем, что «полувековая Кавказская война положительно кончилась». В ответ Милютин дал телеграмму великому князю, в которой поздравил великого князя с великой победой, вам «будет принадлежать слава окончательного умиротворения края, который с незапамятных времен не знал мира и покоя».

Великий князь Дмитрий Николаевич получил орден святого Георгия 2-й степени и украшенную алмазами шашку с надписью «За окончание Кавказской войны», генерал Евдокимов также получил орден Святого Георгия 2-й степени, князь Святополк-Мирский – звание генерал-адъютанта, князь Барятинский, генералы, офицеры, рядовые также получили награды за покорение Кавказского края. Некоторые кавказцы не хотели оставаться в родных краях и покинули Кавказ, переселившись с помощью русских властей в Турцию, в Болгарию, Сербию.

Казалось бы, вопросы решались важные, но не обходилось без мелких стычек и уколов самолюбия. Дмитрию Милютину тоже пришлось испытать великокняжеский гнев из-за одной пустяковой телеграммы, напечатанной в «Русском инвалиде». Великий князь выразил свой гнев в письме Милютину, пожаловался императору на Милютина, Милютину пришлось объясняться с императором, а в итоге в обстоятельном письме он изложил эпизод великому князю. Вроде бы все объяснилось, трезвость восторжествовала, но горький осадок долго еще тревожил Милютина, с горечью думавшего о том, что эта кратковременная размолвка была не единственной в служебной практике военного министра. «Как трудны бывают отношения, – думал в эти минуты Милютин, – когда высокое должностное лицо еще вместе с тем и член царской семьи… Но и эти огорчения хоть и терзают душу, но тоже быстро, увы, проходят, но душу-то ранят…»