Ни в одной другой земле мероприятия, призванные гарантировать объединение, не проводились с такой последовательностью, как в Новгороде. Ко времени опричнины в Новгородской земле прочно утвердились московские порядки. Москва постоянно назначала и сменяла всю приказную и церковную администрацию Новгорода, распоряжалась всем фондом новгородских поместных земель. Влияние новгородской церкви и приказных людей на местное управление заметно усилилось после упразднения новгородского наместничества в начале 60-х годов. Местный приказной аппарат, целиком зависевший от центральной власти, служил верной опорой монархии. То же самое можно сказать и относительно новгородской церкви. Несмотря на безусловную лояльность архиепископа Пимена и новгородской администрации, царь Иван и его сподвижники не доверяли новгородцам и недолюбливали Новгород.

Опричнина умножила опасные симптомы недовольства в среде земских дворян Новгорода. Царь закрыл новгородцам доступ на опричную службу, и они испытали на себе произвол опричнины. Неудивительно, что уже в первых опричных процессах замелькали имена новгородцев.

Одной из причин антиновгородских мероприятий опричнины было давнее торговое и культурное соперничество Москвы и Новгорода. Но несравненно более важное значение имело обострение социальных противоречий в Новгородской земле, связанное с экономическим упадком конца 60-х годов. В жизни некогда независимых республик Новгорода и Пскова социальные контрасты проявлялись в особенно резкой форме. Массовые выселения конца XV в. не затронули основного посадского населения — «меньших людей», оставшихся живыми носителями демократических традиций новгородской старины. В этой среде сохранился изрядный запас антимосковских настроений, питаемых и поддерживаемых злоупотреблениями власть имущих. С давних пор авторитет московской администрации в Новгороде стоял на весьма низком уровне, подтверждением чему может служить «Сказание о градех» — старинный памятник новгородского происхождения. В Новгороде, читаем там, царят всевозможные непорядки, самый большой из них — непослушание и буйство «меньших» людей: бояре в Новгороде «меньшими людьми наряжати не могут, а меньшие их не слушают, а люди сквернословы, плохы, а пьют много и лихо, только их Бог блюдет за их глупость». Приведенные строки из старинного «Сказания» не утратили актуальности ко времени опричнины. Пресловутый новгородский сепаратизм был лишь побочным продуктом глубоких социальных противоречий. Голод, охвативший Новгород накануне опричного нашествия, усилил повсюду элементы недовольства. Опричные власти сознавали опасность положения и пытались бороться с ним, учиняя дикие погромы и усиливая террор против низов.

Иван IV не ждал противодействия со стороны запуганного духовенства. Однако накануне суда он предпринял шаги, которые послужили новым предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще нескольких членов Священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь архиепископ шел по стопам митрополита. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили Пимена сана и приговорили к пожизненному заключению. Произошло это между 18 и 20 июля 1570 г. Прибыв к месту заточения в небольшой монастырь под Тулой, Пимен вскоре умер.

Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с палачами, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток многие (опальные) про ту измену на новгородцкого архиепископа Пимина и на его советников и на себя говорили». Полученные на Пыточном дворе материалы скомпрометировали многих высокопоставленных лиц в Москве.

Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Ливонский хронист Бальтазар Рюссов так отзывался о «знатнейшем канцлере» царя: «Отличнейший человек, подобно которому не было в то время в Москве; его уму и искусству, как московита, ничему не учившегося, удивлялись все иностранные послы».

Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, «как спасение души». Висковатый отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата. Он горячо убеждал царя прекратить кровопролитие, не уничтожать своих бояр. В ответ царь разразился угрозами по адресу боярства. «Я вас еще не истребил, а едва только начал, — заявил он, — но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы и памяти вашей не осталось!» Дьяк выразил вслух настроение земщины, и это встревожило Грозного. Оппозиция со стороны высших приказных чинов, входивших в Боярскую думу, явилась неприятным сюрпризом для царских приспешников. Чтобы пресечь недовольство в корне, они арестовали Висковатого и нескольких других земских дьяков и объявили их «советниками» Пимена. Так новгородский процесс перерос в московское дело.

Царские послы, отправленные в Речь Посполитую в 1570–1571 гг., должны были так объяснить причины казни Висковатого и Фуникова: «О чем государской изменник Курбский и вы, паны радные, с этими государскимидоменники ссылались, о том Бог нашему государю объявил, потому они и казнены».

Грозный продолжал сражаться с Курбским. Но народу знать об этом не следовало. Власти постарались внушить столичному населению, что главные дьяки земщины поддерживали изменнические связи с Польшей, Турцией и Крымом. Они якобы намеревались сдать полякам Новгород и Псков. Турок они убеждали послать войска к Казани и Астрахани, а крымцев подучили совершить набег на Русь, чем причинили огромный урон жителям Московии. Обвинения подобного рода должны были заглушить голоса тех, кто осуждал зверства опричнины.

В Речи Посполитой известие об измене Висковатого в пользу польского короля было воспринято с откровенной насмешкой. Литовский вице-канцлер Остафий Волович, направлявший деятельность литовской секретной службы в России, писал о казни Висковатого следующее: «…обвинив его, что к турецкому, татарскому и нашему государю расположен был. Не знаю об этих басурманах, но к государствам нашего Господина не благосклонен…» С кафинским пашой Висковатый вел тайную переписку по прямому заданию Ивана IV.

Суд над московскими дьяками завершился в течение нескольких недель. 25 июля 1570 г. осужденные по новгородскому делу были выведены на рыночную площадь, прозывавшуюся в народе Поганой лужей. Со временем полое место напротив Кремля стало называться Красной площадью.

Опричные приготовления предвещали необычное зрелище. Они смутили даже видавших виды людей. В центре площади была выстроена большая загородка, внутри которой опричники вбили около 20 кольев. К ним были привязаны бревна в виде поперечных перекладин. Место казни напоминало Голгофу. Возле одного из крестов пылал костер, и в большом пивном котле кипела вода.

Царь Иван явился на рыночную площадь на коне и в полном вооружении — «в доспехе, в шоломе и с копием». При нем находились наследник и многочисленная вооруженная свита. За свитой следовало 1500 конных стрельцов. Они окружили площадь полукругом.