Боярин Василий Данилов играл в земщине выдающуюся роль. После учреждения опричнины он стал помощником конюшего Федорова в московской боярской комиссии. По словам Шлихтинга, Данилов служил в Москве «начальником над воинскими орудиями» и в его ведении находились пушкари. Пушкарский приказ возник, как считают, позже, но в московских документах «Пушечные избы» и «пушечные приказчики» упоминались уже в 1570 г.

Шлихтинг описал гибель Василия Дмитриевича как вполне заурядное происшествие. Однако русские документы позволяют установить, что автор «Сказаний» умолчал о самом важном — участии боярина в заговоре, имевшем целью отравить царя и посадить на его место князя Владимира.

Умолчание характерно для всего сочинения Шлихтинга. Польский шляхтич адресовал свое сочинение королю и старательно подчеркивал все, что возвеличивало его, например, сведения о стремлении русских бояр и знати перейти на королевскую службу и передать королю пограничные города. Вторая задача Шлихтинга состояла в том, чтобы обличить тиранию царя. Признание того, что заговорщики хотели отравить монарха, отнимало почву у таких обличений. Тех, кто покушался на жизнь государя, казнили самым жестоким образом по всей Европе.

В Синодике находим следующую запись: «Василия Дмитриевича Данилова, Андрея Безсонов дьяк, Васильевых людей Дмитриевых два немчина: Максима летвин, Ропнемчин… Козьминых людей Румянцева… архиепископля сына боярского Третьяка Пешкова… дияк Юрия Сидоров… Ивана Сысоев княж Владимиров сын боярский… дьяк Иона Юрьев» и пр.

Данилова окружают лица, связанные с заговором в Пскове и Новгороде: псковский дьяк Юрий Сидоров, новгородский дьяк Андрей Безсонов-Монастырев, слуги новгородского дьяка Кузьмы Румянцева и, наконец, «люди» боярина Данилова. Синодик не оставляет сомнений в том, что знаменитый земский боярин был казнен по новгородскому изменному делу.

Указание на слуг боярина представляет особый интерес. Источники дают возможность проверить показания Синодика и рассказ Шлихтинга. В описи царского архива 70-х годов XVI в. упомянут подлинный архивный документ — отписка «ко государю в Васильеве деле Дмитриева о пушкарях о беглых о Мишках». Из отписки царь впервые узнал о поимке беглых пушкарей — слуг Василия Дмитриевича. Слуги Данилова — беглый литовский пленник Максим (в русской транскрипции «пушкарь Мишка») и Роп немчин, упомянутые в Синодике, оклеветали боярина, но сами разделили участь своей жертвы.

Синодик позволяет проследить за тем, как зарождалось «дело» Данилова. Двое пушкарей, Ларион и Неустрой, были казнены вместе с поваром Молявой и подьячим Свиязевым перед отравлением князя Владимира. Иначе говоря, тень подозрения пала на ведомство Данилова еще во время подготовки суда над Старицким.

«…В подавляющем большинстве случаев мы не знаем, за что казнены были люди, имена которых встречаются в перечне Синодика, сообщениях иностранцев и сочинении Курбского» (Б. Н. Флоря). Суммарная оценка столь разнородных источников не может удовлетворить нас. Трудно найти более тенденциозный источник, чем «История» Курбского. Нет более надежного источника по истории террора, чем Синодик — конспект утраченного опричного архива. Синодик позволяет установить не только причины, но и многие обстоятельства гибели опальных. Следует подчеркнуть, что речь идет не о толках или рассказах с чужих слов, а о выписках из подлинных опричных судебных документов.

Выписки Синодика вводят нас в самый центр грандиозного политического процесса, получившего наименование «новгородского изменного дела». Синодик позволяет установить, что главной фигурой этого процесса был Василий Дмитриевич Данилов, глава одного из приказных ведомств столицы.

Изборское дело подорвало доверие Грозного к своим «верникам» — дьякам, «писарям». Дело Данилова укрепило его подозрения. В известной мере это дело предопределило судьбу шести главных московских дьяков. В Новгороде вместе с Даниловым был казнен один из видных столичных дьяков — Иван Юрьев. В Дворовой тетради середины XVI в. он был записан как «большой дьяк». В этом чине Юрьев присутствовал на Земском соборе 1566 г.

Дело об отравлении царской семьи оставалось главным стержнем новгородского процесса. Вместе с Даниловым на Городище был казнен слуга князя Владимира новгородский помещик, сын боярский Иван Сысоев.

Из слуг архиепископа Пимена вместе с Даниловым погиб сын боярский Третьяк Пешков, лицо второстепенное. Владычные бояре, дьяки и прочие высокопоставленные члены Софийской администрации были арестованы, но их казнь была отложена.

В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Глава церкви и епископы поспешили публично осудить жертвы опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».

Вопреки традиционному мнению суд над Пименом вовсе не был центральным эпизодом государева разгрома Новгорода. Как раз наоборот, подлинный сыск по делу архиепископа опричники решили перенести на московскую почву, чтобы изобличить московских участников заговора и преподать урок боярской Москве. Там Пимену и его окружению предстояло держать ответ за мнимый заговор. Там же предполагалось провести публичную казнь главных изменников.

Тотчас после расправы над новгородцами Посольский приказ составил подробный наказ для русских дипломатов в Польше. Если поляки спросят о казнях в Новгороде, значилось в наказе, то на их вопрос должно отвечать ехидным контрвопросом: «Али вам то ведомо?» и «Коли вам то ведомо, а нам что и сказывати? О котором есте лихом деле с государскими изменники через лазучьством ссылались и Бог ту измену государю нашему объявил и потому над теми изменниками так и ссталось».

В дни новгородского разгрома в Москву прибыл с польским посольством венецианец аббат Джерио. Ему удалось собрать ценные сведения о только что происшедших событиях. По словам аббата, царь разорил Новгород «вследствие поимки гонца с изменническим письмом».

Приведенные выше известия, исходившие от дипломатов, принадлежат к числу самых ранних и достоверных свидетельств. Источник более позднего происхождения — новгородская летопись сохранила предание о лазутчике Петре Волынце (Волынь была польской провинцией), будто бы явившемся главным виновником трагедии. «Некий волынец волочащей именем Петр», проникший в Россию как бродяга, подделал грамоту за подписями архиепископа, всех первейших дворян и «граждан» Новгорода о желании их предаться польскому королю, подбросил эту грамоту в Софийский собор и тут же подал донос Грозному. Новгородцы, которым предъявлена была грамота Петра, растерянно сказали: «От подписей рук наших отпереться не можем, но что мы королю польскому поддаться хотели или думали, того никогда не было». Результатом явился новгородский погром. Так излагал события поздний летописец, переложивший вину за трагедию с царя на бродягу.

Авторитетные документы времени Грозного позволяют уточнить историю о литовском лазутчике и доставленном им письме. Согласно архивной описи 70-х годов XVI в., в царском архиве хранилась отписка «из Новагорода от дьяков Андрея Безсонова да от Кузьмы Румянцева о польской памяти». Названные в отписке лица были главными дьяками Новгорода, казненными за измену в пользу польского короля.