Во время завоевания инки внедряли систему управляющих, назначаемых центральной властью. Эти имперские чиновники, входящие в знаменитую ступенчатую десятичную систему управляющих, занимали места привычных вождей ассимилированных племен. Эти вожди — инки называли их «курака», а испанцы дали им название «касики», которое пришло из стран Карибского бассейна, — были низведены до положения почетных подставных лиц, отвечавших, как правило, за сбор податей и формирование групп рекрутов из своих племен для отбытия трудовой повинности. После свержения власти инков и их унижения хрупкое соотношение сил в их административной системе рухнуло, и Манко не смог восстановить его в течение двух лет перед своим восстанием. В смятении индейцы обратились за руководством к своим традиционным племенным вождям. Именно потому, что курака индейцев-чачапояс, индейцев-уанка в Хаухе и племен Чаркаса отказались пойти за Никой, второе восстание 1538-1539 годов потерпело поражение. Вожди ухватились за завоевательный поход испанцев как за возможность восстановить свое полновластие над своими племенами. В это же самое время самые предприимчивые инки-чиновники в центре пытались остаться у власти в качестве региональных курака. И те и другие пытались утвердиться в качестве вождей, чья власть передается из поколения в поколение. Дамиан де ла Бандера писал о традиционных вождях племен: «При инках они обладали очень небольшой юрисдикцией или властью над индейцами. С приходом испанцев и падением правления инков они поднялись и присвоили себе всю собственность и привилегии, которые принадлежали Инке, включая гражданскую и уголовную юрисдикцию, которой до этого они не обладали. Каждый из них на своей навозной куче стал тем, кем был Инка во всем королевстве». Сьеса де Леон писал о втором типе курака: «Когда пришли испанцы, многие из [местных правителей] сохранили в своих руках постоянную власть в определенных провинциях. Я знаю некоторых из них, и их власть была так прочна, что их сыновья унаследовали собственность других». Руминьяви в Кито и Иллья Тупак в Уануко являлись примерами таких правителей-инков, которые старались сохранить навсегда свое господство. Поло де Ондегардо сказал об обоих типах: «С тех пор как христиане ступили на эту землю, „…“ курака и их сыновья захватили более полную и широкую свободу действий, чем им была дана раньше. Каждый стал Инкой в своем крае». Фелипе Гуаман Пома де Аяла, который, будучи метисом, испытал на себе страдания коренного населения, писал, что с падением империи инков «существовавшая иерархия исчезла. Вместо этого индейцы, занимающие низкое положение, воспользовались сумятицей и создали для себя маленькие королевства или стали курака, не имея на это права по рождению».

Захвату власти со стороны курака способствовало дробление страны, вызванное системой энкомьенд и гористым рельефом, который весьма эффективно отделял одну долину от другой. На самом деле при передаче в дар большей части энкомьенд назывались имена конкретных курака, а район репартимьенто был обозначен как находящийся под управлением этих курака. Но во многих случаях границы энкомьенд нарушали границы провинций империи инков, давая главам крохотных общин возможность заявить о себе как о независимых владыках.

В самом начале завоевательного похода курака вынесли на себе основную тяжесть жестокости испанцев. Испанцы думали, что у тех есть ключи от спрятанных сокровищ, и обращались с ними как с заложниками, чтобы подвластные им индейцы правильно себя вели. Диего де Вара рассказал, как энкомендеро Бамбамарки неподалеку от Кахамарки «убил двух касиков при помощи огня и собаки, требуя от них сокровищ». А Антонио Куадрадо сообщал Гонсало Писарро, что курака из Уамбачо умер в результате порки. Педро де ла Гаска казнил Хуана де ла Торре, который пытал вождя племени каньяри, чтобы добиться сокровищ, а затем повесил и четвертовал его. Диего де Альмагро-младший заявил, что вождь Луис де Леон из Арекипы сам повесился, чтобы избежать преследования со стороны Эрнандо Писарро. Бесстрастный Сьеса де Леон писал о зверствах, совершенных в отношении многих курака Гонсало де лос Нидосом и Алонсо де Ориуэлой, «который еще жив в нынешнем 1550 году». «Они получили в награду некоторых вождей и индейцев. После того как они отняли у них все, что те имели, они закопали вождей в ямы по пояс и потребовали золота. Те уже отдали им все, что они имели, и не могли дать больше. Тогда испанцы выпороли их кнутами, а затем принесли еще земли и закопали их по плечи и, наконец, по самые рты… Я даже верю, что большое количество индейцев было сожжено на кострах». Многие курака также погибли во время резни в Кахамарке или возглавляя свои войска в боях, которые происходили в ходе восстаний Манко. Других казнили Морговехо, Франсиско Писарро и другие испанцы, проводя ответные акции.

Но когда бои и охота за сокровищами прекратились, испанцы стали рассматривать курака как ценных помощников. Так как самим энкомендеро не разрешалось жить в своих поместьях, за сбор податей стали отвечать курака, которые сами были освобождены от их уплаты. Многие курака воспользовались своим новым положением, чтобы присоединиться к испанцам в эксплуатации индейцев. Епископ Висенте де Вальверде, очень чуткий защитник индейцев, — несмотря на свою зловещую роль во время похищения Атауальпы, — стал первым сетовать на жестокость курака по отношению к своим индейцам. Многие более поздние хронисты описывали схожие случаи произвола. В 1556 году вице-король маркиз Каньете жаловался: «Касики — это люди, которые отбирают у них все. Индейцы так подчиняются им, как ни один раб не служит своему хозяину. Это происходит оттого, что они еще не начали осознавать, что они свободны, по крайней мере от своих касиков». Гаска в это же самое время писал: «Курака не только сурово наказывают их, они также взыскивают с них непомерную трудовую повинность и подати». А по мнению Сантильяна, «касики самым вопиющим образом грабят и обманывают индейцев». Даже Доминго де Санто Томас писал своему наставнику Лас Касасу: «Индейцы этого края подчиняются и слушаются своих касиков». А яростный оппонент Лас Касаса сказал: «У индейцев нет главнее бога, чем их собственные курака, которые держат их в величайшем страхе. Курака не оставляют им собственности, дочерей, жен или свободы, они отнимают все. Ни один человек не осмеливается пожаловаться на них в суд. Но если кто-то все же пожаловался — будет проклят. Ведь у них есть тысяча способов убивать и грабить безнаказанно». Хуан де Матьенсо писал об индейцах как о больших рабах, чем его собственные негры, а вот мнение Мигеля Ахия: «Я считаю, что собственные касики туземцев являются более жестокими тиранами, чем самый жестокий испанский тиран в мире».

Самым обычным обвинением, предъявляемым курака, было вымогательство значительно больших податей, чем требовалось энкомендеро. «Курака рады, если налогов много, потому что там, где надо взимать десять, они взимают пятнадцать, а разницу оставляют себе; а все бремя несут бедняки». По словам Бартоломе де Веги, ни один индеец «не оставляет себе больше, чем ему позволяет курака, а касик забирает себе все, что он хочет или может изъять у индейцев под видом их основных податей».

При инках курака отвечали за формирование трудовых отрядов для «миты», то есть труда на Инку или общественных работ. Некоторые курака продолжили эту практику и стали злоупотреблять ею. Дамиан де ла Бандера утверждал, что «они сами используют индейцев и сдают их внаем, как животных, а плату забирают себе». В эту торговлю иногда включали и женщин. Родриго де Лоайса заявлял, что они «забирают их жен и дочерей. А индейцы настолько беспомощны, что не смеют жаловаться». Возмущенный доминиканец Диего де Вара говорил: «Я часто видел, как энкомендеро и касики отнимают у индейцев сыновей и дочерей. Нет сомнений в том, что переселение индейских девушек в дом энкомендеро или любого испанца равносильно отправке их в публичный дом».