Все эти стоящие на разных ступенях иерархической лестницы люди, многие из которых не были даже знакомы, оказались по воле Ежова и Сталина объединены теперь в одну заговорщицкую организацию, в активе которой, по версии следствия, имелись такие серьезные преступления, как соучастие в убийстве Кирова, умерщвление скончавшихся в 1934–1936 годах Менжинского, Куйбышева, Горького и его сына Максима Пешкова, покушение на жизнь Ежова, шпионаж в пользу Германии, Японии, Польши и Англии, саботаж и вредительство в народном хозяйстве, организация кулацких восстаний, подготовка вооруженного выступления в тылу Красной Армии в случае войны и т. д.

Хотя блок и именовался правотроцкистским, однако среди представших перед судом видных партийных и государственных деятелей многие ни к троцкистской, ни к правой оппозиции никогда не примыкали. Поэтому некоторых из них следствию пришлось изобразить как участников законспирированной организации правых, других — как членов «буржуазно-националистических» и «национал-фашистских» организаций Украины, Белоруссии и Узбекистана, действовавших по указке Бухарина и Рыкова.

Сами Бухарин и Рыков к этому времени уже год как находились в заключении. Первые три месяца после ареста они еще пытались противодействовать попыткам приписать им участие в контрреволюционной деятельности, и тогда к ним были применены так называемые активные методы допроса. В записной книжке Ежова, куда он заносил получаемые от Сталина указания, можно встретить такую, например, запись, относящуюся, судя по контексту, к концу июля 1937 г.:

Месяц или два спустя в блокноте появляется такая запись:

В конце концов допросы «с пристрастием» сломили и Рыкова, и Бухарина, однако методы физического воздействия применялись к ним, вероятно, все же реже, чем к остальным подследственным, во всяком случае полностью парализовать волю Бухарина к сопротивлению не удалось, и это сказалось потом в суде.

По одной из предварительных наметок Сталина и Ежова подсудимых на процессе должно было быть 24 человека. Помимо тех, кто вошел в окончательный список, предать суду предполагалось еще пятерых бывших функционеров: председателя Комиссии советского контроля Н. К. Антипова, заведующего Сельскохозяйственным отделом ЦК ВКП (б) Я. А. Яковлева, первого секретаря Дальневосточного крайкома партии И. М. Варейкиса, первого секретаря Воронежского обкома М. Е. Михайлова и наркома внутренней торговли СССР И. Я. Вейцера. Несколько позже рассматривалась также кандидатура бывшего первого секретаря Крымского обкома партии Л. И. Лаврентьева. Однако, судя по тому, что приговор им был вынесен лишь несколько месяцев спустя, к моменту принятия окончательного решения о составе участников процесса их готовность сотрудничать со следствием вызывала определенные сомнения. Вместо них в список фигурантов будущего процесса включили бывшего советника полпредства СССР в Германии С. А. Бессонова, который должен был играть роль связника Троцкого, и доктора И. Н. Казакова, якобы умертвившего своего пациента — председателя ОГПУ В. Р. Менжинского.

Из отобранных для суда партийных и государственных деятелей, шестеро, по версии следствия, являлись шпионами иностранных разведок, а еще трое — бывшими агентами царской охранки (или, как их еще называли, провокаторами). Однако каким же образом на самые верхние этажи государственной власти удалось проникнуть такому количеству шпионов и провокаторов? Этот закономерный вопрос мог возникнуть не только у рядовых граждан, но и у многих чекистов, поэтому в преддверии процесса Ежов посчитал необходимым помочь товарищам по работе разобраться в сущности данного явления. Выступая 24 января 1938 года на совещании руководящего состава НКВД, он специально остановился на этом вопросе и дал такие разъяснения: