Обучение и дисциплина — вот основные постулаты Сан-Мартина. Низкий уровень подготовки подчиненных офицеров приводил его в отчаяние. «Все эти неудачи (я имею в виду — военные) связаны с тем, что у нас нет ни одного человека, способного руководить армией. Найдите шесть — восемь французских генералов (кому в наши дни нечего есть), приведите их сюда, и Вы увидите, как все изменится. Не забывайте об этом, и Вам станет ясно, что без этого мы не сделаем ни одного шага вперед. Мы должны признаться в своем невежестве и не позволять гордыне брать верх над здравым смыслом».

Эти слова Сан-Мартина напоминают об уничижительных высказываниях Миранды, выдающегося генерала Франции, в отношении солдат патриотов. Целью Сан-Мартина было введение европейских методов обучения и дисциплины — таким образом, знания, усвоенные им за два десятилетия службы Испанской империи, теперь были употреблены против него. Но Сан-Мартин мало верил в успешность своих действий. Главному своему стороннику в Буэнос-Айресе Родригесу Пенье он писал:

Бельграно понимал, что для победы в этой войне необходима поддержка местного населения.

Насилие испанцев над мирными людьми значительно уменьшило количество сторонников роялистского движения среди местных жителей. Головы повстанцев насаживали на кол и расставляли вдоль дороги. Города подвергались разграблению. Военнопленные продавались в рабство плантаторам и хозяевам виноградников. Все это настроило людей против испанцев. Женщины стали шпионить, а дети заделались связными. Индейские всадники Северной Аргентины превратились в партизан. Командиром этих гаучо был Мартин Гемес. Его отец был чиновником казначейства в Сальте. Гемес перешел через эти северные рубежи, как когда-то Паэс перешел через венесуэльские льянос, совершая молниеносные неожиданные атаки на противника. Сан-Мартин рассчитывал, что эти повстанцы смогут отразить нападение испанцев на боливийском плоскогорье, пока он муштрует своих людей в Тукумане.

Партизаны Гемеса дошли до Куско, города, который находился на другой стороне горного хребта. Гемес руководил партизанскими действиями семь лет. В 1821 году испанцы убили его. Партизаны сконцентрировались на замаскированных аванпостах. Оттуда они нападали на маленькие испанские отряды, разрушали линии коммуникаций и грабили склады боеприпасов. Они были плохо вооружены. Один из лейтенантов написал после боя, что они имели только «дубинки и самодельные копья, когда атаковали испанцев при Саусе-Редондо. Тираны были очень удивлены, когда увидели всего лишь тридцать человек с мушкетами. Их поддерживали безоружные всадники. Они шли прямо на шквальный огонь, чтобы победить армию, которая сильнее их. Но если бы тираны поняли, что люди, идущие на них в атаку, хотят быть свободными, у них не осталось бы повода для удивления». Гемес, понимавший, что такую идейную убежденность порождает недостаток оружия, как-то сказал: «Они жертвовали всем, что у них было, каждый не пожалел даже своей единственной лошади». Испанский генерал Гарсиа Камба писал о них: «Это были великолепные всадники. Они владели всеми видами оружия, были исключительно храбры. Они могли рассеяться, а затем опять начать атаку с тем же напором и хладнокровием, которые вызывали восхищение европейцев. Они так же хорошо управляли лошадьми, как казаки или мамлюки, а может быть, даже лучше. И верхом, и спешившись, они были способны поддерживать такой же огонь, как хорошие пехотинцы».

Сан-Мартин недолго прослужил командующим на севере после того, как укрепил линию обороны против испанцев. Он не доверял правительству Буэнос-Айреса, находившемуся теперь под влиянием темпераментного Альвеара. Он также был убежден, что любое наступление с севера на Перу обречено на провал. Это было ясно из уже процитированного ранее отрывка из письма Сан-Мартина Родригесу Пенье. В другом письме Пенье Сан-Мартин делился с ним своими безрадостными мыслями и сообщил, что принял следующее решение:

Он не мог предложить ничего другого, кроме перехода через высочайшие вершины Анд — для захвата Сантьяго в Чили. Затем посадить армию на корабли и морем добраться до Тихоокеанского побережья и до Лимы. Прежде только крестьяне и их навьюченные мулы могли преодолеть вершины Южных Анд, где есть самые неприступные вершины в мире. Эти места практически непроходимы. Казалось, что Чили вот-вот перейдет в руки испанцев. К тому же в распоряжении Сан-Мартина не было флота. Вот почему то, что он предложил, могло показаться абсолютным безумием; такое было особенно удивительно для человека, который всегда отличался здравым смыслом и рационализмом.

Сан-Мартин, выигрывая время для проработки деталей необычного плана, объявил себя больным. В Испании он страдал от астмы и ревматизма. Теперь жаловался на боли в желудке, диспепсию и бессонницу. В июне 1814 года он отбыл лечиться в Кордову, которая расположена всего в трехстах милях к югу. Свои обязанности он передал довольно посредственному генералу Рондо. Альвеар, которого Сан-Мартин хотел бы видеть на этом месте, увлекся политическими играми в Буэнос-Айресе. После победы испанцев в Монтевидео этот блестящий молодой человек двадцати пяти лет от роду был назначен верховным правителем Объединенных провинций Буэнос-Айреса, сменив на этом посту своего дядю Посадаса. Через три месяца Сан-Мартин получил то, что хотел, — губернаторское кресло в Куйо, одной из самых отдаленных провинций, где едва насчитывалось сорок тысяч жителей. Население бедствовало, люди в основном питались тем, что росло на склонах гор.