Постороннему наблюдателю могло показаться, что карьера Сан-Мартина, храброго испанского воина и патриота, подходит к концу. Он получил должность в провинции Аргентины, примерно такую занимал его отец, губернатор Япейу. Альвеар сердечно, но не без иронии писал ему: «Судьба благосклонна ко мне при всех моих начинаниях. Я желаю, чтобы она была так же благосклонна к Вам». Альвеар был рад, что Сан-Мартин удалился в этот тихий уголок. Он не знал, что в действительности за этим стоит.

Столицей провинции Куйо была Мендоса, чудесный колониальный город, расположенный на высоте около двух тысяч двухсот футов над уровнем моря, с пальмовыми деревьями и виноградниками. Однако дожди там шли несколько чаще, чем требовалось. Над ним, от зеленых подножий холмов до оголенных склонов, возвышались Анды. Их белоснежные вершины мерцали вдалеке.

Сан-Мартин взялся за дело с энтузиазмом. Сначала он вызвал из Буэнос-Айреса молодую жену. Вместе с родственницей, чернокожей рабыней Хесусой и тремя слугами она на дилижансе проехала семьсот миль по пыльным дорогам до Мендосы, по пути останавливаясь в дешевых гостиницах. Прелестная восемнадцатилетняя донья Ремедиос, или Ремедитос, как называл ее Сан-Мартин, быстро вошла в жизнь города. Она хорошо справлялась с обязанностями хозяйки дома и принимала у себя местное высшее общество. В августе 1816 года она родила дочь Мерседес Томасу. Город подарил малышке двести гектаров земли. Ее отец получил пятьдесят. Сан-Мартин все больше привязывался к городу, ему нравились окрестности. Об этом свидетельствует одно из его писем: «Провинция Куйо — одно из тех мест, которые я буду помнить всегда. Здесь живут добрые люди. В этом уголке я смогу с удовольствием посвятить себя работе на земле».

Сан-Мартин оказался энергичным и терпеливым администратором. Каждый вопрос он изучал до мельчайших подробностей, проводя разумную финансовую политику в своей провинции. Она была основана на налогообложении богатых людей и, разумеется, не нравилась им. Налогами облагались деятельность церкви, виноделие и любые доходы. Собственность землевладельцев, живущих за пределами страны, подлежала конфискации.

Сан-Мартин творил справедливость в духе Соломона. Например, крестьянку, плохо отзывавшуюся о своей стране, заставили из ее урожая выделить сто двадцать тыкв для армейской кухни. Один армейский офицер накопил большой карточный долг и признался в этом Сан-Мартину «как джентльмену». Ему дали денег, чтобы он смог расплатиться, но при этом сказали: «Никому не говори, кто дал их. Если генерал Сан-Мартин узнает, тебе несдобровать».

Сан-Мартин вставал с восходом солнца и работал до полудня, непрестанно куря большие черные сигары. У него была странная привычка завтракать стоя. После завтрака он отдыхал. Затем, когда наступала вечерняя прохлада, продолжал работу. После ужина любил сыграть партию в шахматы, а в десять часов вечера отправлялся спать. Здоровье его не улучшалось. Он регулярно употреблял настойку опия. Возможно, это стало пагубной привычкой. Опий спасал Сан-Мартина от ревматических болей и болей в желудке.

Сан-Мартин отличался величественной осанкой. Один из его офицеров отмечал, что Сан-Мартин «похож на орла… Он одинаково хорошо смотрится верхом на лошади (великолепной гнедой) и спешившись с нее».

Из своего уютного уголка Сан-Мартин следил за происходящим в Латинской Америке и был в курсе всех событий. Когда О’Хиггинс и его противник Луис Каррера перешли через Анды с разношерстной толпой беженцев и разбили лагерь в Мендосе, Сан-Мартин поддержал О’Хиггинса. Так он стал заклятым врагом братьев Каррера.

На севере колумбийское восстание теряло силу. Сан-Мартин узнал, что генерал Морильо покидает Испанию с большой армией и направляется в Ла-Плату. Это известие заставило донью Ремедиос срочно заняться сбором денег для создания новой армии патриотов. Она уговаривала знатных дам Мендосы жертвовать свои бриллианты и жемчуга ради борьбы за независимость страны. После поражения армии генерала Рондо под Сипе-Сипе в Северной Аргентине в ноябре 1815 года появились предположения, что именно армии Куйо придется защищать северо-западную границу. На одном из банкетов Сан-Мартин, не питавший иллюзий по поводу сложившейся ситуации, поднял бокал «за первую пулю, выпущенную в угнетателей Чили по ту сторону Анд».

Альвеар попытался сместить Сан-Мартина. В ответ горожане подняли восстание, а офицеры Сан-Мартина потребовали восстановления его в должности. Приказ об отставке был отменен. Однако через несколько месяцев от должности был отстранен сам Альвеар. В заговоре против него ключевую роль сыграл влиятельный свекор Сан-Мартина. В связи с образовавшимся вакуумом власти Сан-Мартин сумел оказать влияние на выбор делегатов на конгресс в Тукумане. После ряда военных неудач аргентинских войск на севере конгресс поспешил официально объявить о независимости. Позиция губернатора, без сомнения, повлияла на это решение.

Однако Сан-Мартину противостояло много фракций в конгрессе. В связи с этим он писал своему верному стороннику Томасу Гидо:

Сан-Мартин был одним из трех кандидатов, выдвинутых на пост верховного правителя Объединенных провинций Буэнос-Айреса после отставки Альвеара. Вместе с еще одним кандидатом, Бельграно, ему удалось устроить на это место компромиссную фигуру — Хуана Мартина де Пуэйрредона. Он был союзником и Сан-Мартина, и Бельграно. В июле 1816 года Пуэйрредон встретился с Сан-Мартином в Кордове. Пуэйрредон направился в Буэнос-Айрес, чтобы приступить к своим обязанностям. Он официально подтвердил согласие поддержать предполагаемую экспедицию через Анды.