Выгораживая президента от соучастия в рэкете, Лесин заявил, что он "не докладывал" президенту о подписании соглашения с Гусинским, хотя и поставил о нем в известность председателя правительства М. Касьянова. 26 сентября 2000 г. президент через своего пресссекретаря политкорректно заявил, что не вмешивается и не намерен вмешиваться в скандал с "Медиа-Мостом", полагая, что стороны должны решать все вопросы в судебном порядке.

В отношении к ситуации вокруг подлодки "Курск" у НТВ оказался неожиданный союзник: подконтрольный Березовскому ОРТ (Первый канал), ранее "мочивший" всех врагов Путина. "Телекилер" Сергей Доренко обрушился на власть в другой стилистике, нежели Шендерович, но с тех же позиций. Первый канал, в отличие от НТВ, смотрит вся страна. Если Шендеровича любит столичная интеллигенция, то Доренко был популярен в народе. Рейтинг Путина впервые дрогнул.

По версии Березовского, первые "серьезные сомнения" в Путине у него появились "в декабре 1999 г., уже после парламентских выборов. Это когда Путин в Чечне не остановился, подойдя к Тереку. […] Но это были еще не серьезные расхождения. […] А вот по семи федеральным округам, по Совету Федерации, а также по праву снимать избранных губернаторов - да. Это уже были непреодолимые разногласия. […] Ключевой точкой, конечно, стала трагедия с подлодкой "Курск". Тогда Первый канал, которым я тогда еще владел, очень жестко комментировал происходившее, показал отчаяние вдов, трусость и лицемерие властей".11

В августе 2000 г. бывший протеже Березовского, руководитель администрации президента А. Волошин, сказал Березовскому, что если он не расстанется с акциями ОРТ, то "пойдет вслед за Гусинским".12

Березовский попытался если не уберечь ОРТ от Путина, то хотя бы затянуть процесс. С этой целью была предпринята попытка передать акции ОРТ не государству или его доверенным лицам, а группе творческой интеллигенции, включая ряд журналистов НТВ, в лице новоучрежденного закрытого акционерного общества (ЗАО) "Телетраст". Идея "Телетраста" вряд ли была осуществима - в том числе и из-за того, что без спонсорского финансирования творческая интеллигенция содержать телеканал не смогла бы.

Однако Березовскому действительно удалось несколько отодвинуть сроки перехода ОРТ под контроль чекистского окружения президента. Кроме того, своим "вторым фронтом" он отвлек внимание Кремля от добивания НТВ, которое из-за этого затянулось.

Но в декабре 2000 г. Кремль взял у Березовского "заложника": был арестован близкий друг и соратник медиа-магната Николай Глушков, ранее находившийся по делу о совместных с Березовским финансовых операциях в открытом акционерном обществе (ОАО) "Аэрофлот" под подпиской о невыезде. И в конечном счете, в январе 2001 г. Березовский всетаки был вынужден продать акции ОРТ тому, кого ему назвал Волошин - лояльному к власти Роману Абрамовичу.

Хотя соглашение о сдаче Газпрому медиаактивов было Гусинским дезавуировано, а уголовные дела фактически лопнули, однако непогашенные обязательства "Медиа-Моста" перед Газпромом по кредитам никуда не делись. Кроме того, к любой коммерческой фирме в России можно легко предъявить претензии по налогам. Поэтому рычаги для борьбы за овладение НТВ в рамках так называемого "спора хозяйствующих субъектов" у Кремля оставались. От несправившихся ФСБ и генпрокуратуры задача покорения НТВ была передана гендиректору холдинга "Газпром-медиа" Альфреду Коху.

Но поскольку этот путь был долгий, для ускорения дела властям приходилось постоянно прибегать к нарушению юридической процедуры, шантажировать Гусинского возобновленным уголовным делом о мошенничестве, а также подключением к борьбе налоговых инстанций.

9 декабря 2000 г. налоговые органы возбудили судебный иск о ликвидации НТВ. Руководитель инспекции Министерства РФ по налоговым сборам по Центральному административному округу г. Москвы, советник налоговой службы 1-го ранга Т. Г. Лужина подала в Арбитражный суд г. Москвы иск "О ликвидации ОАО Телекомпании НТВ, а также ряда других компаний, входящих в "Медиа-Мост". Основанием для иска послужил пункт 4 статьи 99 Гражданского кодекса (ГК), согласно которому, "если по окончании второго и каждого последующего финансового года стоимость чистых активов общества окажется меньше уставного капитала, общество обязано объявить и зарегистрировать в установленном порядке уменьшение своего уставного капитала, а если стоимость указанных активов общества становится меньше определенного законом минимального размера уставного капитала, общество подлежит ликвидации".

До этого момента статья 99 Гражданского кодекса еще ни разу не применялась госорганами для ликвидации какой-либо компании и вообще готовилась к исключению из кодекса. Обычно, если возникали проблемы с несоответствием уставного капитала фирмы и ее "чистых активов", налоговая инспекция на это просто не обращала внимания, либо делала фирме замечание, чтоб она этот формальный недостаток устранила.

Хотя советник налоговой службы 1-го ранга Т. Г. Лужина и утверждала на пресс-конференции, что никакой политической подоплеки в ее иске не было, мало кто ей поверил.

12 декабря 2000 г. В. Гусинский, вновь обвиненный в мошенническом присвоении чужого имущества, был задержан в Испании в связи с просьбой Генеральной прокуратуры РФ о его выдаче (вскоре он был освобожден, а в выдаче его было официально отказано - поскольку российская Генпрокуратура не смогла представить убедительных доводов, что он преследуется как уголовный, а не политический преступник).

Стремясь возбудить против НТВ неприязнь населения, Генпрокуратура стала оглашать для прессы сведения о стоимости квартир тележурналистов, полученных ими в кредит от "Медиа-Моста" (между прочим, не сравнимых со стоимостью квартиры самого генпрокурора В. Устинова, безвозмездно переданной ему в собственность Управлением делами президента, - более 400 тыс. долларов).

Поскольку опыт "взятия заложника" оказался продуктивным (Березовский продал ОРТ в обмен на обещание освободить Н. Глушкова, кстати, не выполненное), взяли "заложника" и у Гусинского: 16 января 2001 г. был арестован бывший начальник финансового управления холдинга "Медиа-Мост" Антон Титов, которого обвинили в мошенничестве в крупных размерах, хищениях и отмывании денежных средств в сообщничестве с Гусинским; начались его регулярные ночные допросы.

В конце января 2001 г. "команда Киселева" предприняла попытку урегулировать свой конфликт с Путиным. По просьбе, высказанной в открытом эфире Светланой Сорокиной, В. Путин принял 29 января в Кремле большую группу журналистов НТВ о главе с Е. Киселевым.

Встреча оказалась безрезультатной: журналисты не проявили признаков раскаяния, а президент заверил их в своей полной непричастности к давлению Газпрома, прокуратуры и ФСБ на "Медиа-Мост". На просьбу освободить А. Титова Путин ответил, что он, как демократ, не хочет прибегать к "телефонному праву".

(Титов так и просидел до декабря 2002 г., когда его наконец судили, дали три года и освободили по амнистии - при этом большая часть обвинений была с него снята).