В последующие годы Жан Лафитт основал в дельте Миссисипи, на островах бухты Баратария, тайное пиратское убежище. В 1811 году у него была уже целая флотилия пиратских судов, промышлявших в водах Вест-Индии. Выбранный боссом, т. е. хозяином, он тотчас снабдил всех капитанов Баратарии каперскими грамотами от антииспанских властей Картахены (Колумбия), тем самым легализовав сообщество авантюристов. В пиратскую флотилию входили суда «Мизер» и «Дорада» под командованием самого Жана Лафитта; «Пти Милан» капитана Гамби; «Шпион» капитана Рене Белюша, дяди Лафиттов; «Сенси Джек» капитана Пьера Сикара и «Виктори» капитана Франсуа Сапиа.

В ноябре 1812 года власти Нового Орлеана организовали облаву в Баратарии, Жан и Пьер Лафитты и 24 флибустьера были арестованы и брошены в застенки крепости Калабус. Но через несколько недель Лафиттов отпустили под залог. Никакого обвинения им предъявлено не было.

Весной 1813 года по настоянию окружного прокурора Джона Рэндолфа Граймза губернатор Луизианы Уильям Клейборн согласился предъявить обвинение братьям Лафитт в суде штата, но те не явились в зал заседания, укрывшись на своей базе в Баратарии. Тогда губернатор 24 ноября того же года объявил награду в 500 долларов тому, кто передаст Жана Лафитта в руки шерифа Нового Орлеана или любого другого округа. Через два дня в городе появилась листовка такого содержания: «Жан Лафитт предлагает награду в 5000 долларов тому, кто доставит к нему губернатора Уильяма С.С.Клейборна. Баратария, 26 ноября 1813 года». Ответ пирата губернатору немало позабавил новоорлеанцев.

15 января 1814 года в Баратарии проходила широкая распродажа рабов и награбленных товаров. Таможенное ведомство отправило 12 солдат во главе с лейтенантом Стаутом для конфискации нелегального товара, но по прибытии на место отряд был атакован, Стаут убит, двое солдат тяжело ранены, остальные взяты в плен и через несколько дней отпущены на свободу.

Спустя два месяца окружной прокурор Граймз докладывал губернатору штата, что за полгода пиратами было завезено в Баратарию товаров на 1 млн долларов. По меньшей мере одна десятая часть жителей Нового Орлеана была связана с нелегальной торговлей, и в иные дни в пиратском логове собиралось до 500 новоорлеанских скупщиков краденого.

В июне 1814 года судно федеральной полиции задержало корабль баратарийца по прозвищу Джанни Огненная Борода, который ограбил 2 испанских судна. 18 июля судья Холл уведомил Пьера Лафитта, арестованного на улице, что Огненная Борода назвал его, Лафитта, своим сообщником.

3 сентября того же года в Баратарию прибыл британский бриг под командованием капитана Локкайера. Последний передал Жану Лафитту письмо генерала Николса, командующего английскими войсками во Флориде. Шла война между Британией и США, и англичане хотели использовать флибустьеров Баратарии в качестве лоцманов. Лафитту предлагали чин капитана 1 ранга и 30 тыс. долларов, но он отказался сотрудничать с англичанами, о чем уведомил губернатора Луизианы. Последний простил пирату его прошлые прегрешения и закрыл глаза на «неожиданное» бегство Пьера Лафитта из городской тюрьмы. В то же время находившийся в Новом Орлеане коммодор американского флота Дэниэл Т. Паттерсон и командир 44 го пехотного полка полковник Т. Росс, имея инструкции морского министра атаковать пиратскую базу в Баратарии, 11 сентября подготовили против флибустьеров карательную экспедицию. 16 сентября американские солдаты атаковали Баратарию, захватили стоявшие там суда с грузами и взяли в плен около 80 пиратов, в том числе старшего брата Лафитта – Доминика по прозвищу Капитан Доминго, а также Рене Белюша. Укрепления Баратарии были срыты, дома разрушены.

17 декабря 1814 года, в связи с угрозой британского вторжения в Луизиану, командующий военным округом генерал Эндрю Джексон приказал выпустить из тюрьмы баратарийцев, изъявивших желание сражаться против англичан, и обещал представить президенту США прошение о помиловании бывших пиратов. 20 декабря Жан Лафитт был лично представлен генералу Джексону и в ходе беседы подтвердил желание своих людей помочь американским войскам.

23 декабря началось сражение за Новый Орлеан. Все попытки англичан захватить город были отбиты, баратарийцы, охранявшие форт Сент-Джон на северной окраине, проявили невероятную стойкость и умение палить из пушек. В первых числах января 1815 года англичане отступили. Генерал Джексон официально поздравил Капитана Доминго и Рене Белюша, командовавших 3 й и 4 й батареями, и отметил «мужество и верность» братьев Лафитт. В середине марта того же года из Вашингтона в Новый Орлеан доставили декрет о полном прощении баратарийцев; документ был подписан президентом США Джеймсом Мэдисоном и государственным секретарем. Хотя братья Лафитт получили амнистию, все их имущество было конфисковано. Чтобы поправить дела, они решили снова заняться незаконным промыслом – контрабандной торговлей и пиратством.

В начале 1817 года братья Лафитт согласились стать тайными агентами испанской разведки, получив кодовые номера 13—1 (для Пьера) и 13—2 (для Жана). Испанские власти в Гаване поручили им внедриться в среду флибустьеров, действовавших в Мексиканском заливе, что они и сделали, преследуя свои интересы.

23 марта того же года братья прибыли на шхуне «Кармелита» к острову Галвестон в Техасе, где вели переговоры с французским корсаром Луи д’Ори и мексиканским партизаном Франсиско Миньей. 7 апреля флотилии д’Ори и Миньи отплыли из Галвестона на освобождение Мексики, а Жан Лафитт приступил к оборудованию на острове своей базы.

Луи д’Ори, поссорившись с Миньей, вернулся в Галвестон 4 мая и с удивлением увидел, как несколько десятков корсаров возводят на берегу дома и склады. Узнав, что он здесь больше не командует, д’Ори ушел в другие края. Вскоре на Галвестоне поселились ветераны Баратарии Джанни Огненная Борода, Венсан Гамби и Рене Белюш, получивший каперскую грамоту от самого Симона Боливара.

Летом 1818 года американский государственный секретарь вручил президенту Монро меморандум, в котором говорилось: «…так как территория между реками Сабина и Рио-Браво является Луизианой, Галвестон принадлежит нам. Прекрасным случаем подтвердить наш суверенитет была бы посылка экспедиции против Лафиттов». Монро начертал на полях меморандума: «Согласен, но действуйте без ажиотажа. Уведомите Лафиттов, что им надлежит убраться». Приказ очистить бухту и остров Галвестон был вручен Жану Лафитту в конце лета полковником Грэмом. Лафитт сделал вид, что готов подчиниться, но в действительности продолжал использовать Галвестон в качестве своей главной базы. Весной 1819 года республиканское правительство Мексики официально назначило его губернатором острова.

3 января 1821 года в Галвестон прибыла американская военная шхуна «Энтерпрайз» под командованием капитан-лейтенанта Кирни. Последний передал Жану Лафитту требование правительства США ликвидировать галвестонскую базу. 2 марта того же года это ультимативное требование было выполнено.

Командуя черной шхуной, Жан Лафитт продолжал рыскать по просторам Мексиканского залива и Карибского моря. Его брат Пьер умер у берегов Юкатана в ноябре 1821 года. Жан, совмещая контрабандную торговлю неграми рабами с морским разбоем, вертелся в кубинских водах до января 1822 года, когда его судно было расстреляно из пушек английским военным кораблем. Вплавь он добрался до кубинского берега, где в окрестностях города Санта-Крус-дель-Сур его схватила испанская стража. Несколько недель Жан Лафитт провел в тюрьме города Пуэрто-Принсигги (совр. Камагуэй), затем его перевели в больницу Сан-Хуан-де-Дьос, откуда он сбежал 13 февраля того же года. Губернатор Пуэрто-Принсипи писал 19 марта, что Жан Лафитт находится вместе с бандой пиратов на якорной стоянке Ринкон-Гранде в одной лиге от Виаро (на северном побережье Кубы). Видимо, в течение нескольких лет он продолжал заниматься нелегальной работорговлей, затем след его потерялся.