В довершение всего под самый конец 1947 года в Дальстрое произошло чрезвычайное происшествие (ЧП), о котором министр внутренних дел Круглов С.Н., его первый заместитель Серов И.А. и министр морского флота Ширшов П.П. доложили на имя Сталина И.В., Молотова В.М. и Берия Л.П. следующее: «МВД СССР сегодня в 15 часов получило сообщение из Магадана от заместителя начальника Дальстроя тов. Семёнова и начальника УМВД тов. Окунева о том, что 19 декабря в 10 часов 25 минут в бухте Нагаево на пароходах Министерства морского флота, прибывших с грузом взрывчатых материалов, «Генерал Ватутин» и «Выборг», стоявших на рейде, произошёл взрыв. По сообщению из Магадана, в результате взрывной волны пострадали ряд складских помещений и портовых зданий. Имело место загорание ряда складов. Пароходы «Выборг» и «Генерал Ватутин» затонули. Принятыми мерами пожар в порту локализован. Портовые нефтесклады не пострадали. Стоящие в порту под разгрузкой пароходы «Минск», «Старый большевик» и танкер «Совнефть» от взрывной волны получили повреждения палубных надстроек. Имеются убитые и раненые. Число жертв и материальные убытки устанавливаются. Для расследования обстоятельств взрыва просим утвердить Правительственную комиссию (в составе пяти человек), …персональный состав которой намечен с соответствующими министрами. Просим Вашего решения».

Как оказалось, в результате взрыва пароход «Генерал Ватутин» ушёл на дно вместе с судовой командой и пассажирами, а с «Выборга» удалось спастись 22 членам команды. Всего погибли 97 человек и были госпитализированы 224 человека, причём 32 — с тяжёлыми ранениями. Убытки составили 116 миллионов рублей, не считая стоимости пароходов [47].

В наступившем 1948 году, помимо прежних задач, постановлением Совета Министров от 22 февраля и приказом МВД от 27 февраля текущего года «в целях выявления новых месторождений богатых руд А-9 и Б-9» (так были зашифрованы уран и торий) руководству Дальстроя предписывалось развернуть подземные геолого-разведочные работы по обнаруженным в прошлом году месторождениям и «выявить запасы, достаточные для организации добычи А-9». Для оперативного руководства и технического контроля над всеми работами по радиоактивным материалам в составе Дальстроя было организовано новое Управление № 1 в количестве 100 человек, начальником которого назначили генерал‑майора Павлова В.П., ранее работавшего начальником УМВД Челябинской области. В этом же месяце на территории Колымы был создан Особый лагерь № 5, получивший название «Береговой» [47].

Дела по добыче золота в планируемом объёме не налаживались, что вызывало серьёзное беспокойство высшего руководства страны. В связи с этим 18 мая 1948 года в кремлёвском кабинете Сталина И.В. состоялось заседание Президиума Совета Министров СССР, на котором, помимо самого председателя Совмина, присутствовали его заместители: Молотов В.М. (он же — министр иностранных дел СССР), Берия Л.П., Маленков Г.М., Микоян А.И. (он же — министр внешней торговли СССР), Вознесенский Н.А. (он же — председатель Госплана СССР), Каганович Л.М. (он же — председатель Госснаба СССР) и Косыгин А.Н. (он же — министр финансов СССР). На это заседание в 22 часа были приглашены министр внутренних дел СССР Круглов С.Н., начальник Дальстроя Никишов И.Ф., главный инженер и заместитель начальника Желдорпроекта ГУЛЖДС МВД СССР Червяков В.А., заместитель начальника Дальстроя по геологоразведке Цареградский В.А. и руководитель группы по Дальстрою Александров С.П.

На заседании по-деловому обсуждались причины, вызвавшие невыполнение государственных планов добычи золота. Конечно, досталось Круглову С.Н., в период руководства которого Министерством внутренних дел как раз и произошло резкое снижение производства колымского драгметалла. Сталин И.В. предоставил возможность представителям МВД свободно высказаться по тем проблемам, которые мешали налаживанию производства, но не могли быть решены в рамках служебной компетенции исполнителей. Остро был поставлен вопрос о подготовке квалифицированных кадров и проведении научных исследований в интересах совершенствования производственного процесса по добыче полезных ископаемых. Руководство наметило пути преодоления возникшего кризиса. Начальнику Дальстроя Никишову И.Ф. предоставлялась возможность исправить положение дел.

Результатом проведенного совещания явилось постановление Совета Министров СССР от 22 мая 1948 года, в соответствии с которым МВД СССР разрешалось организовать в Магадане горный техникум на 500 учащихся, а также создать Всесоюзный научно-исследовательский институт золота и редких металлов на базе Центральной научно-исследовательской лаборатории и научно-исследовательского отдела Геолого-разведочного управления Дальстроя. Приказом МВД СССР директором ВНИИ-1 назначили работавшего в МВД по делам Дальстроя видного учёного, специалиста по цветным металлам (включая урановую группу) профессора инженер-полковника Александрова С.П., за которого ходатайствовал Круглов С.Н. В ноябре месяце было утверждено Положение о Всесоюзном Магаданском научно-исследовательском институте золота и редких металлов, который сокращённо стал именоваться «ВНИИ-1 МВД СССР». Начальнику Дальстроя разрешалось использовать на работе во ВНИИ-1 заключённых специалистов, отбывавших наказание в Северо-Восточных лагерях МВД, для чего при институте следовало организовать специальный лагерный пункт. Начальнику ГУЛАГа Добрынину Г.П. и начальнику 5‑го спецотдела МВД (по работе Дальстроя) Шёлкову М.С. поручалось произвести персональный отбор заключённых специалистов из других лагерей, которые могли быть использованы на работе во ВНИИ-1, и после утверждения направить их по целевому назначению в Дальстрой.

Указанным постановлением правительства по Дальстрою «для стимулирования труда заключённых» поручалось МВД проработать вопрос о возможности применения для лагерников системы заработной платы. Кроме того, «в виде исключения», разрешалось производить заключённым, выполнявшим и перевыполнявшим производственные нормы, зачёты рабочих дней из расчёта за каждый ударно отработанный день: занятым на основных работах — до трёх дней, занятым на вспомогательных и подсобных работах — до двух дней срока наказания. Такая система зачётов распространялась даже на заключённых, содержавшихся в Особом лагере «Береговом». МВД СССР обязано было вывезти в течение 1948 года из Дальстроя в другие лагеря всех не способных к труду лагерников и в дальнейшем поставлять на Колыму «только физически здоровых заключённых в возрасте не старше 45 лет». Приказом МВД СССР от 29 мая 1948 года в целях зашифровки наименований драгоценных металлов золоту было присвоено условное наименование «дерас», серебру — «скандий», платине — «титан» [47].

Продолжало проявляться внимание к кадрам. 18 июня 1948 года первым заместителем начальника Дальстроя был назначен генерал‑майор Петренко И.Г., ранее возглавлявший ГУЛЖДС МВД СССР, с перспективой замены им Никишова И.Ф., действительно «уставшего» от напряжённой работы в условиях Крайнего Севера. Новым начальником Управления Северо-Восточных исправительно-трудовых лагерей (УСВИТЛ) и заместителем начальника Дальстроя назначили генерал‑майора Деревянко А.А., до этого работавшего заместителем начальника УМВД Ленинградской области.

3 июля 1948 года министр внутренних дел Круглов С.Н. направил начальнику Геолого-разведочного управления и заместителю начальника Дальстроя, Герою Социалистического Труда, лауреату Сталинской премии генерал‑майору инженерно-технической службы Цареградскому В.А. правительственную телеграмму, в которой говорилось: «Поздравляю Вас с 20-летней годовщиной плодотворной и успешной работы по освоению Крайнего Северо-Востока СССР. Под Вашим руководством большой и дружный коллектив геологов Дальстроя за 20 лет провёл громадную работу по геологическому исследованию Северо-Востока нашей Родины и открыл много месторождений полезных ископаемых. Очень желаю, чтобы эта деятельность не ослабевала, наоборот, развивалась и улучшалась. От успешной работы геологов и Вашей лично, Валентин Александрович, многое зависит в улучшении дел Дальстроя. Желаю Вам здоровья и дальнейшей плодотворной работы на благо Родины» [47].