В состав Дальстроя входило в то время восемь горно-промышленных территориальных управлений: Северное с центром в посёлке Ягодное, расположенном на расстоянии 545 километров от Магадана, Западное с центром в посёлке Сусуман на расстоянии 641 километра от Магадана, Чай-Урьинское, Индигирское с центром в поселке Нера (1060 километров от Магадана), Тенькинское в посёлке Усть-Омчуг, Юго-Западное (посёлок Сеймчан в 600 километрах от Магадана), Янское (посёлок Эсэ-Хайя в 1200 километрах от Магадана) и Чаун-Чукотское (посёлок Певек в 2000 километрах от Магадана). Каждое из этих управлений имело полный набор функционально необходимых предприятий: золотые и оловянные прииски, рудники, обогатительные фабрики, геолого-разведочную службу, электростанции, ремонтно‑механические мастерские, автобазы и дорожные отделы, связь, санитарные учреждения, предприятия торговли и общественного питания, жилищно-коммунальное хозяйство, подсобные сельские и лесные хозяйства, стройконторы и мастерские бытового обслуживания.

Должность начальника Дальстроя с 1939 года занимал генерал-лейтенант Никишов И.Ф., в 1944 году удостоенный звания Героя Социалистического Труда, а в 1945 году награждённый полководческим орденом Кутузова I степени. Заместителями начальника являлись: по добыче золота — полковник Гагкаев М.А, по добыче олова — инженер-полковник Груша М.А., по геологоразведке и он же главный геолог — Герой Социалистического Труда генерал‑майор инженерно-технической службы Цареградский В.А., по строительству — полковник Поспелов М.Л., по кадрам — полковник Никешичев Н.А., по лагерю — генерал‑майор Титов Н.Ф. Должность начальника политического управления занимал генерал‑майор Сидоров И.К.

За обеспечение правопорядка на этой огромной территории отвечал начальник Управления МВД по Дальстрою генерал‑майор Окунев П.И., в подчинении которого находились Отделение контрразведки, Секретно-политический и Экономический отделы, Управление милиции, Внутренняя тюрьма и другие службы.

Снабжение обеспечивали Московский трест «Дальстройснаб» и Магаданский трест «Колымснаб», который имел в своём распоряжении Приморское управление (в районе Владивостока), Управление перевалочной базы в бухте Ванино, Нагаевский порт, конторы, отделения и снаббазы.

Обязанности по наблюдению за работой Главного управления Дальстроя в период Отечественной войны и после её окончания осуществлял заместитель наркома внутренних дел СССР Завенягин А.П., а с 25 апреля 1946 года — заместитель министра внутренних дел СССР генерал-лейтенант Мамулов С.С.

Общая численность работавших в Дальстрое в это время составляла 205 тысяч человек, из них около 70 тысяч являлись заключёнными, немногим более 30 тысяч составляли спецвыселенцы (в основном «власовцы») и до 4 тысяч было военнопленных японцев. Количество вольнонаёмных достигало 101 тысячи человек, причём 11 тысяч из них относились к инженерно-техническим работникам (ИТР). До 70 процентов вольнонаёмных рабочих и ИТР составляли бывшие заключённые, «добровольно-принудительно» осевшие в этих краях.

За прошедшие годы в Дальстрое была освоена огромная сумма капиталовложений, что позволило на безжизненных приполярных просторах создать мощную автономную производственную инфраструктуру. Геологоразведка продолжала обнаруживать значительные запасы рассыпного и рудного золота и олова, вольфрама, кобальта, угля. В строжайшем секрете держались месторождения урановых руд. Золото добывали из россыпей на 50 приисках, на которых в летний период работало до 530 золотопромывочных приборов, и на двух рудниках. Олово извлекали на восьми рудниках и одном рассыпном прииске. Для обеспечения предприятий и электростанций местным углем в эксплуатацию были введены 14 шахт и три открытых карьера. Двадцать крупных электростанций и значительное количество мелких, а также дизель-генераторы создавали суммарную мощность электроэнергии до 100 тысяч киловатт. Техническая оснащенность добывающих приисков, обогатительных фабрик и транспорта достигалась за счёт полутора сотен экскаваторов, трёхсот с лишним компрессоров, до трёх тысяч грузовых автомобилей, шестисот тракторов, сотни бульдозеров. Кроме того, Дальстрой имел «флотилию» из 4 океанских пароходов, 3 морских буксиров, до 25 речных пароходов, до 40 морских и речных катеров, более 100 барж и собственный авиаотряд с 15 разведывательными и транспортными самолётами. Четыре ремонтных завода и восемь районных ремонтных мастерских имели возможность не только приводить в порядок наличную технику, но и выпускать собственную продукцию, вплоть до экскаваторов и бульдозеров.

За прошедшие годы были построены город Магадан, «столица Колымского края», с портом Нагаево и восемь районных административных центров горных управлений, проложено до 4 тысяч километров автомобильных дорог с гравийным покрытием. Получение продуктов питания обеспечивали 22 совхоза и до 200 подсобных сельских хозяйств, которые имели более 10 тысяч голов крупного рогатого скота, почти такое же количество свиней и лошадей, а также овец, коз, птицу и оленье стадо в 80 тысяч голов.

Подневольные труженики Дальстроя в поисках золота, олова и других металлов «перекопали» 125 миллионов кубометров горных масс, причём сначала вручную (в ряде мест после вскрытия грунта при помощи взрывчатых веществ), а в последние годы в основном при помощи экскаваторов и бульдозеров. Несмотря на все трудности, задания партии и правительства по добыче полезных ископаемых успешно выполнялись, за что указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 февраля 1945 года Дальстрой НКВД СССР наградили орденом Трудового Красного Знамени, а «наиболее отличившихся работников» удостоили орденов и медалей СССР.

Производственный расцвет Дальстроя пришёлся на тяжкие военные годы, и потому советскому руководству казалось, что с наступлением мирных дней будет происходить дальнейшее наращивание выпуска ценнейшей продукции. Приказом НКВД СССР от 23 ноября 1945 года (во исполнение постановления СНК СССР от 29 октября 1945 года) план добычи химически чистого золота на 1946 год был установлен в размере 72 тонн, олова — 4500 тонн, угля — 700 тысяч тонн, по улову рыбы — 200 тысяч центнеров. План капитальных работ (включавших геологоразведку) был утверждён в размере 520 миллионов рублей [47].

12 января 1946 года новый нарком внутренних дел СССР Круглов С.Н. доложил Сталину И.В., Молотову В.М., Берия Л.П. и Маленкову Г.М., что в прошлом году было добыто 70 тонн золота (правда, несколько меньше, чем в предыдущие военные годы), что составило 61 процент к общесоюзной добыче этого драгоценного металла, и 4505 тонн олова, что составило 121,6 процента годового плана добычи и 90 процентов от общесоюзного производства.

На волне достигнутых успехов постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 26 января 1946 года о присуждении Сталинских премий за 1943–1944 годы Первая премия в размере 150 000 рублей была присуждена главному геологу Геолого-разведочного управления Дальстроя Ерофееву Б.Н. с группой сотрудников («за открытие и геологическое исследование месторождений олова на Северо-Востоке СССР, обеспечившие создание сырьевой базы для увеличения отечественного производства олова») и начальнику Геолого-разведочного управления Дальстроя Цареградскому В.А. с группой сотрудников (за открытие и исследование новых месторождений золота на Северо-Востоке СССР) [47].