Когда Гитлер в сентябре 1939 годна напал на Польшу — Пилсудский к тому времени уже умер — Сикорски предложил польскому правительству свои услуги и знания, но ответа не получил. Тогда Сикорски покидает страну и оказывается в Париже за два дня до капитуляции Варшавы.

Уже через неделю он назначается премьер-министром эмиграционного правительства и главнокомандующим начавшей формироваться во Франции польской армии.

Летом 1940 года после поражения Франции около 30000 польских солдат и офицеров сумели оказаться в Англии, образовав ядро реорганизующейся армии. Эмиграционное правительство также благополучно перебралось в Лондон.

После окончания битвы за Англию осенью 1940 года — в которой та устояла — Сикорски создает польскую авиационную часть, внесшую немалый вклад в победу союзников. Сформированные польские пехотные подразделения и части были сосредоточены в Шотландии для отражения намечавшегося немецкого вторжения. Авторитет Сикорского в связи с этим сильно возрос. Вскоре он становится активным соратником Черчилля, часто навещая вместе с тем короля Георга VI и королеву Елизавету. Польские солдаты и офицеры представляли собой крупнейший резерв для управления специальных операций. Пройдя соответствующую подготовку, эти люди возвращались на родину, где становились инструкторами и руководителями растущего движения Сопротивления. Основная часть создаваемых с английской помощью отрядов вливалась в ряды Армии крайовой, которая по сути дела стала армией, подчинявшейся польскому эмиграционному правительству в Лондоне и считавшей генерала Сикорского своим верховным главнокомандующим.

Однако кажущееся полное единство эмиграционного правительства с вооруженными силами было на деле обманчивым. У генерала Сикорского были не только друзья, но и враги, большей частью из числа бывших приверженцев Пилсудского, а также высшие офицеры, позорно покинувшие войска в сентябрьских боях 1939 года, которых он намеревался привлечь к ответственности. Именно они занимались интригантством и вели подковерную борьбу против него, в результате чего Сикорски терял уверенность в своих политических решениях, имея к тому же в своем окружении советников, преследовавших исключительно личные интересы.

Рабочий кабинет Сикорского находился в лондонской гостинице «Рубенс», расположенной напротив Бкингемского дворца. Шестидесятилетний генерал имел твердый характер и обладал высокими амбициями. Личный его авторитет и реализм оценивались весьма высоко.

Когда Гитлер 22 июня 1941 года напал на Советский Союз, Сикорски вместе с другими союзниками становится на сторону Сталина.[17]Тем самым он оказался в начале пути, возврата с которого уже не было.

Не без легкого нажима Черчилля и в его присутствии Сикорски подписал так называемый пакт Сикорского-Сталина, который был в свою очередь подписан Иваном Майским, тогдашним советским послом в Лондоне. Противники Сикорского не простили ему этот акт, хотя в результате его были спасены жизни многим сотням тысяч поляков, попавшим осенью 1939 года из районов восточной Польши в Сибирь. Кроме того, поляки получили возможность формирования в России своей армии под командованием генерала Владислава Андерса.

В начале декабря 1941 года Сикорски посетил Москву и представил Сталину список на 14000 пропавших без вести польских офицеров. Сталин ответил ему, что они, скорее всего, бежали в Манчжурию.

Во время этого визита было подписано соглашение о совместной борьбе России и Польши против Гитлера.

В конце марта 1942 года Сикорски вылетел в Соединенные Штаты, опасаясь тайного соглашения Черчилля и Рузвельта[18]со Сталиным за счет территории Польши. Черчилль выделил ему для этой цели бомбардировщик типа «Либерейтор». На полпути, над Атлантикой, под одним из спальных мешков была обнаружены мощная зажигательная бомба. Как оказалось, это было типовое взрывное устройство, выдаваемое пилотам для уничтожения самолета в случае вынужденной посадки на территории противника. После посадки в США самолет был тщательно осмотрен. Офицер, обнаруживший бомбу, полковник польской армии, был несколько раз допрошен и, в конце концов, неожиданно показал, что сам же ее и подложил, чтобы предупредить общественность о возможности реального покушения на жизнь генерала. Его объявили душевно больным, а через некоторое время в Эдинбурге, уже после возвращения из США, он попал под колеса грузовика и скончался.

В дальнейшем, наряду с многочисленными инспекциями войск, во время которых он говорил не только о славном прошлом, но и обещал счастливое будущее Польши, наряду с напряженными и продолжительными заседаниями эмиграционного правительства, он не упускал ни малейшей возможности направлять ноты и меморандумы ведущим политикам Англии и Соединенных Штатов, в которых выражал свое беспокойство о будущем Польши, в особенности ее восточных территорий. Ведь одновременно со своими первыми военными успехами Сталин начал и политическое наступление, которое должно было подготовить позднейшую аннексию Восточной Польши, признанную Гитлером в 1939 году. Сикорски, естественно, не знал, что карты, образно говоря, были уже розданы.

Генералу очень редко удавалось проводить время в кругу своей семьи. Его единственная дочь София, занимавшаяся до войны конным спортом и снискавшая в Польше широкую известность, вышла замуж за польского офицера Лежневского, угодившего в немецкий плен, являлась в те годы начальником польского женского вспомогательного корпуса.

В ноябре 1942 года Сикорски в третий раз отправляется в Соединенные Штаты. Он намеревался обсудить с Рузвельтом новые советские территориальные претензии, наложившие негативный отпечаток на взаимоотношения Польши с союзниками.

Его маршрут в Вашингтон пролегал через Монреаль. Королевские военно-воздушные силы Великобритании предоставили на этот раз в его распоряжение двухмоторный «Локхид Хадсон», у которого сразу же после взлета в Монреале на высоте не более 30 метров еще над взлетной полосой отказали оба двигателя. Пилот однако не растерялся и совершил удачную вынужденную посадку. И все же самолет, как говорится, перепахал около 200 метров приаэродромной территории, прежде чем остановился, получив серьезные повреждения.