Поскольку русские послы в течение этого века возвращались на родину без видимых успехов и служили лишь агентами по расходованию фондов выкупа небольшого числа русских пленников, акцент в деятельности немногих миссий, отправляемых из Москвы, изменился. В период с 1609 по 1670 год (особенно это касается миссии Ивана Федотова) первостепенное значение стало придаваться сбору информации, полезной для военных, экономических (торговые пути в Индию) и политических целей. Торговцы, путешественники и первые дипломаты сообща внесли свой вклад в изучение тех территорий, где побывали. Дипломатические агенты, засылаемыми Россией в азиатский регион, редко были русскими. Обычно для этой деятельности использовались мусульмане, проживавшие в царской империи, но они не всегда оказывались настолько надежными, насколько от них этого ожидали. В XVIII веке русский агент, посетивший Среднюю Азию под видом глазного врача, свидетельствовал следующее: «Татары, которых мы посылаем в Хиву и Бухару для разведки, выступают там в роли торговцев. Их гостеприимно принимают, одаривают и делают послабления в пошлинах [на импорт], так что когда они возвращаются в Россию, то характеризуют Хиву и Бухару как сильные государства, хотя в действительности они весьма незначительны».

С усилением русского шпионажа значительно оживилась дипломатическая деятельность России вокруг и внутри Средней Азии. Стали совершаться в XVIII веке и акции военного значения. В то же время ханы сбавили активность по упрочению связей с царскими властями. В дипломатической и военной сферах царские действия стали гораздо более агрессивными. Российские представители искали в первую очередь возможности прямого вмешательства в азиатские дела и сеяли там раздор, организуя союзы, которые усиливали напряженность в отношениях между местными сообществами, что еще более ослабляло устойчивое равновесие всего региона. Дипломатическая деятельность изменилась главным образом в результате экономического упадка самой Средней Азии и резкого ухудшения отношений между местными правителями, которые ссорились между собой вместо того, чтобы направить свои усилия на строительство укреплений на своей территории.

Путь к русскому вмешательству открылся в самом начале века, когда хивинский хан Исхак Ага Шах Нияз (пр. 1694–1701) велел своему гонцу Достек Бек Бахадуру передать послание от 21 января 1700 года князю Б. А. Голицыну, ближайшему сподвижнику Петра Великого, с предложением заключить договор с Москвой. В документе был поднят вопрос о возможности для хивинского монарха войти в подданство царя и заключения двустороннего оборонительного союза. Однако эмиссар подчеркивал, что хан главным образом заинтересован в торговых мероприятиях, особенно в снятии российского эмбарго на экспорт железа и свинца, а также в импорте полудрагоценных камней, шелка и тому подобных вещей.

Акцент на коммерческих вопросах, должно быть, дал понять российским дипломатам, что пункты послания, касающиеся подданства и альянса, были включены лишь как приманка с целью поощрения принятия торговых условий и, следовательно, не должны восприниматься всерьез. Но царь, осведомленный о внутренних проблемах Хивы и стремившийся к расширению империи, дал срочный ответ на инициативу хана в своем послании от 30 июня 1700 года. Игнорируя ссылку на торговлю, он пишет хану Исхак Ага Шаху Ниязу: «Мы, Великий Государь, наше царское Величество… в подданстве у нас… быть тебе повелели». К тому времени, когда Хива в 1703 году ответила на царское заявление, на троне воссел новый хан, и все разговоры о государственных связях и союзе с Россией, за исключением замечаний о мире и дружбе, были забыты. А содержание официального хивинского послания, как и ожидалось, сконцентрировалось на торговой политике.

В следующие 170 лет дипломатические отношения России с ханствами прошли тернистый путь. До середины ХГХ столетия царские чиновники безуспешно пытались заключить официальные договоры, в соответствии с которыми Россия увеличила бы свое влияние, если и не установила бы контроль над всей или частью юга Средней Азии.

Дипломатические отношения между Кокандом и Россией были иными. Потому что они начались с самым молодым (образованным в 1710 году) ханством только к концу XVIII столетия. В период между 1784 и 1796 годами предпринимались попытки завязать отношения с Ташкентом, городом в то время с населением около 10 тыс. человек. Он был включен в ханство в 1815 году. Несмотря на то что русский солдат убил кокандского посланника в 1812 году в Петропавловске, пока соперничество двух стран за контроль над Средним казахским жузом не усугубилось, их отношения не характеризовались враждой, о которой свидетельствовал долгий опыт отношений старых ханств с Россией.

Однако к 1830-м годам у кокандцев вызвали обиду отказы России принимать их дипломатов. Этому сопутствовали грабежи ташкентских караванов казахами, предположительно подчинившимися России, строительство русскими крепостей в горах Беш-Казлык (Каркаралы), а также на реке Каратал и отказ помочь борьбе Коканда с китайцами на востоке Бухарского ханства. Все это охладило желание Коканда установить дипломатические отношения с Россией. Хотя представители Ташкента и Коканда временами, например в период между 1836 и 1841 годами, пытались уладить разногласия, желая установить контакты с пограничными властями. С 1850 года Коканд почти постоянно находился в состоянии войны с Россией, защищая юг Средней Азии, пока не пал Ташкент, а нужда в дипломатических отношениях вскоре и вовсе отпала из-за распада ханства.

Ранние официальные договоры были ратифицированы властями России и Средней Азии ближе к концу независимого существования ханств. О первом из них удалось договориться с Хивой полковнику Г. И. Данилевскому, второй же договор организовал с Бухарой майор Н. П. Игнатьев. В первом договоре от 27 декабря 1842 года с Хивой Рахим Кули-хан (пр. 1842–1845) согласился прекратить открытую или тайную враждебную деятельность против России. Он также обязался избегать потворства или замыслов в отношении разбоя и грабежа российских подданных на казахских и туркменских равнинах или в Каспийском море, поставить вне закона захват русских пленников и предоставление убежища мятежникам (главным образом казахам с территории России), а также улучшить условия торговли и безопасности для русских купцов. Взамен Россия соглашалась только простить то, что назвала оскорблениями, унижениями и потерями в караванной торговле. Она также выразила готовность продлить прежние торговые соглашения.

Когда майор Игнатьев прибыл в Хиву через 16 лет, хивинцы не проявили желания соблюдать договор, заключенный Данилевским, заявив, что не располагают копией документа. Они отказывались заключить новое соглашение с Россией. В Бухаре русскому посланнику удалось уговорить эмира одобрить без изменений соглашение от 11 октября 1858 года, предусматривавшее освобождение Бухарой всех русских пленников, доступ в Амударью русских судов, временное пребывание в Бухаре русского торгового агента, а также улучшение условий торговли для русских купцов. Этот договор стал не более чем клочком бумаги. Эмир его полностью игнорировал, а дипломатические результаты каждой русской миссии следует оценить как равные нулю. Большие свиты, сопровождавшие Данилевского и особенно Игнатьева, вызвали подозрение у хивинцев, но им тем не менее удалось собрать много разведывательной информации, полезной для царской армии. Несколько обстоятельных описаний региона принадлежат военным руководителям этих миссий, а также входившим в них специалистам – В. В. Григорьеву, Т. Басинеру, П. И. Лерху, Е. Килевейну и К. В. Струве.