В конце августа произошла следующая попытка взломать оборону союзников, однако в сражении под Алам-эль-Хальфой немецкие войска были остановлены. 31 августа II./StG 3 потеряла еще два экипажа: унтер-офицер Штольп и его бортстрелок погибли, а фельдфебель Уль со своим стрелком попали в плен. 6 сентября потери понесла I./StG 3 — один из экипажей, выпрыгнув на парашютах из горящей машины, попал в плен (пилот унтер-офицер Лотц). 14 сентября два Ju 87 из I./StG 3 столкнулись в воздухе над Куасабой — оба экипажа погибли (пилоты лейтенант Кениг и унтер-офицер Шнурр). 1 октября в воздушном бою погибли следующие два экипажа из III./StG 3 (пилоты унтер-офицер Ледхезер и унтер-офицер Лишке).

24 октября 1942 началась вторая и решающая битва под Эль-Аламейном. «Штуки» пытались, как обычно, действовать над передовыми позициями, однако из-за превосходства союзной авиации они не были так эффективны, как в предыдущих кампаниях. 26 октября «харрикейны» из 213-го дивизиона RAF сбили два Ju 87 из III./StG 3. Погиб командир эскадрильи капитан Курт Вальтер, у которого не раскрылся парашют. Другой пилот этой части — обер-лейтенант Линдорфер — был ранен. 27 октября во время вынужденной посадки в Эль-Даба разбился Ju 87 из II./StG 3 (погиб пилот унтер-офицер Эбнер). 31 октября в воздушном бою погиб обер-фельдфебель Борм из III./StG 3. Несмотря на самоотверженность экипажей пикирующих бомбардировщиков, они неоднократно были вынуждены сбрасывать бомбы далеко в стороне от целей — таким огромным было превосходство союзных истребителей. 3 ноября погиб обер-фельдфебель Опиц, сбитый истребителем 127-го дивизиона RAF. Другой экипаж из III./StG 3 получил многочисленные ранения.

4 ноября союзники прорвали фронт в районе Телль-эль-Агагир. Началось отступление войск «оси», которое продолжалось почти без перерывов вплоть до капитуляции немецко-итальянской армии в Африке. В первые дни союзного наступления, во время редких боевых вылетов, экипажи пикировщиков пытались задержать стремительный натиск танковых частей британцев. 7 ноября «спитфайры» из 601-го дивизиона RAF сбили три Ju 87 из StG 3 (пилоты унтер-офицер Вернер и унтер-офицер Ортнер были ранены). Драматическую ситуацию, в которой оказались части Люфтваффе в период отхода от Эль-Аламейна, лучше всего отразил в своем дневнике один из летчиков, Армии Колер: «Kein Einsatz, da kein Sprit, kein ol, kein Wasser» (Нет действий, потому что нет горючего, нет масла, нет воды).

8 ноября союзники начали десантную операцию во Французской Северной Африке, и с этого момента войска «оси» должны были обороняться на двух фронтах. 11 ноября британская 8-я армия достигла прохода Хальфайя. Люфтваффе предприняли последнюю попытку задержать бронетанковые подразделения врага.

Ju 87 В-2 зимой 1941/42 на одном из аэродромов в России.

Ju 87 R-2 в полете над Африкой осенью 1941. Обращают на себя внимание белые полосы вокруг фюзеляжа, контрастирующие с «европейским» камуфляжем RLM 70/71/65.

Пятнадцать Ju 87 из I./StG 3, сопровождаемые шестью Bf 109, попытались бомбардировать моторизованную колонну союзных войск. Немецкие самолеты были атакованы одиннадцатью «киттихоками» из 3-го дивизиона SAAF. В возникшем воздушном бою StG 3 потеряла четыре экипажа и восемь машин. Командир I./StG 3 обер-лейтенант Мартин Моссдорф (самолет S7+MB), а также обер-лейтенант Мигеод и унтер-офицер Мальке вместе со своими стрелками попали в плен, фельдфебель Пот получил ранение. «Мессершмитты» эскорта сбили, не потеряв ни одной машины, три истребителя союзников (два Р-40 из 2-го дивизиона SAAF и один Р-40 из 57-й американской истребительной группы, самолеты которой тоже появились над полем боя). В тот же день, между Гамбутом и Тобруком, вынужден был приземлиться «дорнье» Do 17 Z (S7+FA — пилот обер-фельдфебель Бродовски) — штабная машина StG 3.

Одновременно II./StG 3 начала боевые действия на другом, северном фронте африканского ТВД. В субботу 14 ноября там был сбит (пилотом 154-го дивизиона RAF) командир эскадрильи 6./StG 3 обер-лейтенант Эйхлейтер. Его самолет упал в воду к северо-западу от мыса Бон, а экипаж попал в плен. Две другие машины из И./StG 3 столкнулись в воздухе и упали в море. Однако экипажам удалось спастись с помощью итальянского «канта» Z 506 В.

20 ноября Ju 87 из StG 3 добились большого успеха при атаке совместно с Ju 88 переполненного самолетами союзников аэродрома Мезон Бланш, уничтожив пять «Бофайтеров», три В-17, два Р-38, несколько «спитфайров» и повредив много других машин. Однако уже 26 ноября II./StG 3 была практически выведена из строя… американскими танками из 1-й бронетанковой дивизии, которые ворвались на аэродром Джедейда и, что называется, раздавили пятнадцать Ju 87 и несколько Bf 109. В начале декабря остатки II./ StG 3 базировались в Ла Себала. 2 декабря в воздушном бою были сбиты два Ju 87, один из которых пилотировал командир эскадрильи 6./StG 3 майор Ганс Эйнвахтер. Задачи «штук» все чаще брали на себя более скоростные «мессершмитты» Bf 109 и «фокке-вульфы» Fw 190, используемые как истребители-бомбардировщики. В условиях господства союзников в воздухе это было единственно возможное решение. Несмотря на подавляющее превосходство противника, «штукам» удавалось одерживать спорадические успехи, как например, во время неожиданного налета на порт в Боне 1 января 1943. 16 января зенитная артиллерия сбила над Седадой Ju 87 D из III./StG 3, пилот которого выпрыгнул с парашютом и попал в плен, а бортстрелок погиб. 19 января П./StG 3 потеряла одну машину во время атаки британских позиций в районе Бон Арада. На следующий день, при бомбардировке тех же позиций, П./StG 3 потеряла еще один самолет. В течение февральских боев за проход Кассерин пикировщики Люфтваффе пытались расширить поддержку немецких танковых частей. Но, ввиду перевеса неприятеля, это было невыполнимым заданием. 22 февраля II. и III./StG 3 потеряли в воздушных боях по одной машине — экипажи попали в плен.

Ju 87 D-5 во время заходи на посадку на одном из полевых аэродромов в России, 1943.

По окончанию боев за проход Кассерин британская 8-я армия, действовавшая на юге, начала наступление на линию Марет. На 1 марта в Тунисе еще оставались две эскадрильи Ju 87 D — II./StG 3 в Сент-Мари и III./StG 3 в Габесе. 6 марта, несмотря на вражеское превосходство, «штуки» бомбардировали аэродром Неффатия, потеряв только одну машину из 28 Ju 87 D, принявших участие в операции. 10 марта группа из 15 Ju 87 D из III./StG 3, эскортируемая Bf 109 из JG 77, была атакована «кертиссами» Р-40 из 112-го дивизиона RAF. В воздушном бою немцы потеряли одну «штуку», но сбили шесть английских машин. 21 марта III./StG 3 потерял три самолета, сбитых летчиками 309-го дивизиона RAF. 3 апреля эскадрилья понесла еще более тяжелые потери, когда соединение Ju 87 над Эль Геттаром перехватили истребители 52.Fighter Group USAF — было сбито шесть самолетов. 7 апреля, к северо-западу от Кед-Зарга, II./StG 3 потеряла четыре машины, а 11 апреля — еще одну. В последние недели боев в Африке Ju 87 использовались как буксировщики транспортных планеров DFS 230 и уже не применялись для непосредственной поддержки сухопутных войск. 13 мая 1943 война на африканском континенте закончилась.