Алексей Михайлович желал, чтобы Саввино-Сторожевский монастырь был его игрушкой. Здесь он чувствовал себя как бы монахом. Здесь для него и его супруги Марии Ильиничны Милославской были оборудованы кельи на манер монашеских. Делами монастыря царь желал заниматься лично, чтобы архимандрит был чем-то вроде его наместника. Не раз и не два приходилось Никанору спешно мчаться по царскому вызову в Москву с докладом о состоянии дел и здоровье братии. Любые мелочи Алексей Михайлович хотел решать сам, что немало затрудняло Никанора. В любое время дня и ночи он вынужден был добираться в Кремль, имея специальное (и весьма необычное) разрешение миновать заставы и даже дворцовую охрану, невзирая на поздний или ранний час. Рогатки караулов свободно раздвигались перед Никанором, непреодолимое препятствие стояло только на одной дороге – в Соловки.

В московской суете, вынужденный подчиняться прихотливой царской фантазии, архимандрит не мог забыть своего «обещания». Алексей Михайлович был щедр к приближенным, и Никанор мог посылать на Соловки подарки. В разное время он отправил туда до шестисот рублей денег, две митры, стоящие в сумме 1210 рублей, великолепный образ Богоматери в драгоценном окладе, книги, изображения праздников и святых на весь год, писанные красками с золотом. Особым подарком, выражающим глубокое почтение к обители, были серебряные рипиды – лучистые круги с изображением серафимов, укрепленные на длинном древке, – они применялись для архиерейского богослужения и во время крестного хода с участием епископа.

По-видимому, Никанор переписывался со своими друзьями и единомышленниками на Соловках – Герасимом Фирсовым, написавшим сочинение против никонианских реформ, Александром Стукаловым, Азарием, Геронтием и другими. Он помогал людям, устремлявшимся в Соловецкую обитель. За одного из них – инока Боголепа – он даже сделал в монастырь вклад в 200 рублей. Поддерживать приходилось и тех, кто был выслан на Соловки по воле патриарха Никона: среди них были и монахи Саввино-Сторожевского монастыря, участь которых не смягчило даже приближенное к царю положение.

Шли годы. Преобразования Никона все глубже проникали в церковную жизнь, вызывая где яростные протесты, где скрытое неприятие, где равнодушную покорность. Хотя соловецкий архимандрит Илья в 1654 году участвовал в московском церковном соборе, определившем приступить к исправлению русских церковных книг по греческим, волна нововведений не захлестнула Соловецкую обитель. Никанор знал, сколь хорошо приняли монахи сосланного к ним по настоянию Никона бывшего начальника Государева Печатного двора князя Михаила Ивановича Львова. Приезжавшие в столицу соловчане рассказывали, что к живущему якобы под стражей Львову приходят в гости многие монахи, проводят у него целые ночи в разговорах о старом благочестии, принося «к нему сосудами и погребцами вино и водку и пьючи с ним».

Последнее Никанор, как строгий аскет, не одобрял, но стремление соловецкой братии облегчить ссылку невинного человека было ему понятно. Даже монастырский казначей снабжал арестанта необходимыми товарами и предметами привычной князю роскоши. На острове Львов имел и богатую одежду, и слуг, и лошадей. Соловецкие монахи не оставляли своей заботой и других ссыльных, в том числе тех, кто представлялся особо опасным всемогущему патриарху Никону.

В принадлежащий Соловкам Кандалакшский монастырь был сослан известный книжный справщик протопоп московского Казанского собора Иван Неронов. Среди болот и лесов, в дикой местности, где кочевали одни лопари, должен был, по мысли Никона, заглохнуть голос проповедника старой веры. Ни зимой, ни летом не было дороги через дебри – только морем можно было добраться оттуда до жилых мест. Патриарх особенно позаботился об охране ссыльного, пламенные речи которого уже ycпели взволновать Вологду и едва не вызвали восстания в защиту «исконного благочестия» в Спасо-Каменном монастыре.

Однако и в Кандалакше Неронов сумел привлечь на свою сторону несколько монахов и мирян. Августовской ночью 1655 года, когда караульные заснули, Неронов с товарищами вышел на маленькой лодке в бурное море. На подходе к Кеми беглецов подобрало соловецкое судно. 15 августа протопоп был с честью принят в Соловецком монастыре. Архимандрит Илья с братией не только не выдал Неронова властям, но, благожелательно расспросив и снабдив на дорогу всем необходимым, на особом судне сопроводил на Двину, откуда беглец смог тайно добраться до Москвы. Благословение на подвиг во имя веры, данное Ильей Неронову, выражало глубокую симпатию соловецких монахов к московским страдальцам.

Неудивительно, что царь Алексей Михайлович многие годы не позволял архимандриту Никанору совершить паломничество на Соловки. И без того было известно, что соловецкие монахи, жившие в Москве и других городских подворьях монастыря, чуть ли не все настроены против реформ Никона, поддерживавшихся самодержцем. У них было много друзей и родственников, а потоки богомольцев продолжали течь к беломорским святыням, несмотря на войны, эпидемии и экономические трудности. Наконец отправиться в паломничество на Соловки удалось и Никанору. В дороге к Белому морю он еще раз убедился, что и некогда помогавший ему вологодский архиепископ Маркелл разделяет осторожное отношение соловецких монахов к церковным реформам. По словам Маркелла, колебался и не спешил рассылать по епархии новопечатные книги новгородский митрополит Макарий. Ходили слухи, что отвергает никонианские книги вятский епископ Александр. То здесь, то там в северных уездах возникали конфликты с властями священников и прихожан, не желавших принимать нововведения.

Вырваться на Соловки Никанору помогли трагические события. Поразившая многие районы России и Украины эпидемия холеры не пощадила и Саввино-Сторожевского монастыря. Несмотря на все меры, предпринимавшиеся архимандритом, и самоотверженный уход братии за больными, в монастыре из примерно трехсот монахов осталось в живых сто семьдесят. Это не мешало Алексею Михайловичу хвастаться монастырем перед иностранцами, но не дать краткий отпуск пережившему боль многих утрат архимандриту он не мог. Никанор получил указание ни на день не затягивать свое богомолье и, поклонившись мощам святых Зосимы и Савватия, немедленно возвращаться к царю.

К святым мощам саввинский архимандрит приехал не с пустыми руками. Помимо собственного богатого подношения Никанор привез на тысячу рублей крупной серебряной монеты от одного из знатных и богатейших людей государства – боярина Бориса Ивановича Морозова. Боярин пожертвовал более трех пудов серебра не напрасно (вскоре он прибавил еще столько же). Драгоценный металл на новые раки Зосиме и Савватию давал человек, в доме которого радушно принимали старообрядческих проповедников, а также воспитывалась будущая мученица Феодосия Морозова. В затянувшейся до утра беседе со старыми товарищами Никанор говорил о нарастании противодействия Никону при дворе, о возможности опереться в борьбе за «благочестие» на многих знатных лиц, таких, как боярин Морозов, использовать влияние на властного царя его супруги Марии Ильиничны.

Утром судно Никанора отвалило от причала в Заливе Благополучия. Вскоре кормщик велел поднять паруса. Соловецкие острова, мелькнув, как сказочное видение, скрылись за кормой. Разрешенное царем богомолье продолжалось один день. Никанор убедился, что братия и трудники монастыря твердо стоят «в древнем отцепреданном благочестии», и недаром люди по всей России видят в Соловецкой обители непреступную твердыню против захлестывающих страну никонианских нововведений. Об одном жалел саввинский архимандрит – что сам он не может быть вместе с братией в приближающиеся трудные времена, не может живым словом поддержать колеблющихся и боящихся высочайшего гнева, особенно мягкосердечного архимандрита Илью. Беспокойство и вера боролись в душе Никанора, когда уносящая его лодья скользила по длинным валам Белого моря к Холмогорам. Как-то поутру, уже в среднем течении Северной Двины, Никанор в неясном волнении поднялся на палубу дощаника. Среди проходящих мимо судов захватил его внимание черный казенный струг. Произнеся молитву и осенив себя двуперстным знамением, Никанор отогнал явившееся было адское видение, но долго не мог справиться с холодной дрожью. Лишь спустя годы он узнал, что случившееся посреди реки предчувствие не обмануло. Тогда, в августе 1657 года, мимо Никанора вниз по Двине ехал дворянин Новгородского Софийского дома Иван Мальгин. В Холмогоры и далее на Соловки вез он новопечатные никоновы служебники и строгий указ употреблять при богослужении только эти, исправленные против древнего обычая книги. В истории Соловков открывалась новая, опасная страница, развертывались события, в которых Никанору не суждено было участвовать.