Ачхой-Мартановский, Шатойский районы и часть территории Ингушетии), центральном (Шатойский район) и восточном (Веденский, Ножайт-Юртовский районы) — пограничными войсками была закрыта Государственная граница с этими районами и создана группировка Министерства обороны и внутренних войск.

По окончании моратория 18 мая, после перегруппировки войск и пополнения материальных ресурсов, федеральные войска активизировались и, постепенно вытесняя боевиков, двинулись на юг, к предгорьям и отрогам Главного Кавказского хребта, где сосредоточилась к этому времени основная часть дудаевских сил. По замыслу командования Объединенной группировки федеральных войск речь шла не о широкомасштабном наступлении, а о плановом и постепенном вытеснении незаконных вооруженных формирований в горы.

К началу летнего периода боевых действий, несмотря на понесенные потери, дудаевский режим уже располагал необходимыми силами и средствами для ведения партизанских боевых действий. Хотя у дудаевских боевиков не было сплошного фронта обороны, они сумели заблаговременно выставить почти по всей линии предгорий минновзрывные заграждения, на снятие которых или проделывание проходов передовым войскам потребовалась неделя. Одновременно с разминированием под прикрытием авиации и артиллерии шло выдвижение основной группировки войск.

Тактика действий боевиков в предгорных районах отличалась сознательным оборудованием в населенных пунктах своих укрепленных районов. Для этой цели дудаевцы в селах концентрировали тяжелую боевую технику, в домах оборудовали огневые точки с расчетом на то, что огонь по ним вестись не будет. Это при том, что в начале мая в результате ряда переговоров представителей командования федеральных войск с полевыми командирами было достигнуто соглашение о том, что боевые действия будут вестись только вне населенных пунктов. Но так как дудаевцы постоянно нарушали эти договоренности, командование федеральных войск также было вынуждено отказаться от их выполнения.

Замысел федерального командования по действиям в горной части Чечни состоял в том, чтобы при блокировании внутренними войсками западных и восточных предгорий подразделениями Объединенной группировки нанести три основных удара по ущельям в направлении на Шатой, Мехкеты и Ведено. Общая продолжительность операции должна была составить 20 суток.

По состоянию на 19 мая, в ходе боевых действий в Чечне с начала операции федеральные войска уничтожили 74 танка незаконных вооруженных формирований, свыше 110 БТР и БМП, 19 РСЗО «Град», 15 зенитных установок, 146 орудий и минометов и почти 500 автомашин. Было захвачено у боевиков большое количество стрелкового оружия и боеприпасов.

С жителями ряда населенных пунктов командование федеральных войск к этому времени достигло соглашения о перемирии. В таких населенных пунктах создаваемые отряды самообороны препятствовали пропуску боевиков в свои села. В связи с этим дудаевцы проводили акции устрашения. В селе Ведено 19 мая ими были расстреляны три религиозных авторитета во главе с Сайд-Ахмедом — их убили за то, что на местном сходе они потребовали от боевиков покинуть село.

В течение второй половины мая происходили ожесточенные столкновения, в ходе которых федеральные войска активно использовали авиацию и артиллерию. Активные боевые действия федеральных войск после окончания моратория можно считать началом третьего этапа боевых действий в ходе операции в Чечне.

Боевые действия велись одновременно на нескольких направлениях. Федеральные войска блокировали и оттесняли боевиков в горные районы. Тяжелые бои шли на веденском, шатойском и агиштынском направлениях, в районе Орехово, Сержень-Юрта и Шали, юго-западнее Бамута и западнее Ножайт-Юрта. Войска выполняли боевые задачи в полном объеме, применяя обходы и нанося удары в тылы боевиков. Дороги, ведущие к горным селениям, блокировались.

С усилением боев на южном направлении, боевики Дудаева резко активизировали свои действия практически на всей территории Чечни. В то же время в руководстве «чеченского сопротивления» стали появляться разногласия, касающиеся перспективы дальнейшего вооруженного сопротивления, высказывались предложения сложить оружие и вернуться к местам постоянного проживания. Среди боевиков стали учащаться случаи дезертирства и возвращения из отрядов в свои села.

25 мая в Грозном начались переговоры по мирному урегулированию чеченского конфликта при содействии ОБСЕ. С федеральной стороны участвовали Н. Семенов и В. Зорин, от ОБСЕ— Ш. Месарош. Была достигнута договоренность о прекращении огня на 25–26 мая.

С 27 мая боевые действия были возобновлены на веденском и шатойском направлениях. В конце мая совет полевых командиров выдвинул ультимативное требование к Дудаеву об «изменении тактики ведения войны и переносе боевых действий на территорию противника». Позиция Дудаева в этом вопросе первоначально была отрицательной. Продолжалась активная антиармейская пропаганда среди местного населения сторонников Дудаева, распространялись и раздувались слухи о «незаконных» действиях федеральных войск, «издевательствах» над мирным населением.

Бои в горных районах велись обеими сторонами с исключительной ожесточенностью, о чем свидетельствуют ежедневные сводки потерь. Наиболее ожесточенные бои развернулись в районе населенного пункта Сержень-Юрта, открывающего путь по ущелью вдоль р. Хулхулау на Ведено. Несмотря на договоренности, вести боевые действия только вне населенных пунктов, боевики превратили это село в сплошной укрепрайон, обвиняя при этом федеральные войска в разрушении жилых домов и расстреле мирных жителей.

Действуя активно на сержень-юртовском направлении, войска Объединенной группировки без потерь в течение пяти дней овладели важным объектом обороны дудаевцев на шатойском направлении — цементным заводом. Каждый день только убитыми боевики теряли по несколько десятков, а иногда и по несколько сотен человек. Со стороны федеральных войск потери были гораздо меньше, но тоже весьма ощутимы. Так, полк морской пехоты ТОФ, находившийся в передовых отрядах группировки южнее Шали, только за четыре дня боев, с 27 по 30 мая, потерял 12 человек погибшими, в том числе трех офицеров, и 29 — ранеными. Морские пехотинцы приняли основной удар на себя. Под шквальным огнем им удалось продвинуться в горах на несколько километров и создать укрепленные опорные пункты.

Отмечались факты жестокости боевиков по отношению к военнослужащим федеральных войск. В населенном пункте Шатой боевик по кличке Батя обезглавил пленного российского офицера. В селе Чири-Юрт, взятом 26 мая под контроль федеральными войсками, был обнаружен расчлененный труп военнослужащего со следами надругательства.

Общие потери боевиков, по состоянию на 31 мая, оценивались в 12 тысяч человек. Донесения из Чечни в период «горной войны» напоминали сводки с фронтов времен Великой Отечественной войны:

29 мая. Уничтожены в ходе боевых действий за 27 и 28 мая 1995 года:

294 боевика, танк, 4 БТР, 23 автомашины, гранатомет, пулемет, ПТУРС, наблюдательный пункт, командный пункт, 6 опорных пунктов и склад боеприпасов. Потери федеральных войск составили 3 убитых и 6 раненых.

30 мая. Потери боевиков за истекшие сутки: 88 убитых, 1 БТР, 8 автомашин, зенитная установка,