Накануне, 23 июня, в Семипалатинск прибыли судьи Военной коллегии Верховного суда СССР: председатель суда Мелнгалв П.М., члены — Менечев и Мазюк. В качестве государственного обвинителя прибыл Военный прокурор Верховного суда Павловский П.И. К этому времени местными властями уже были назначены общественные обвинители — член КазЦик Мусабаев, редактор семипалатинской газеты «Новая деревня» Я. Ярков, от Джетысуйской губернии — рабочий Паскевич. В качестве защитников прибыли члены Новосибирской коллегии защитников Борецкий и Цветков, переводчиком казахского языка был назначен Байсенов.

На процессе были аккредитованы 12 корреспондентов центральных, сибирских и казахстанских газет.

Был определён и режим работы суда: с 9 до 13 и с 16 до 21 часа. 25 июля, во второй половине дня, вокруг театра имени Луначарского, где должен проходить процесс, уже бушевала враждебная подсудимым толпа, желавшая их крови. Над толпой алели лозунги с призывами к суду, основное содержание которых сводилось к двум словам: «Смерть Анненкову!»

Гудит автомобиль, приближается вместе с торчащими из него штыками, — вспоминает современник. — «Везут! Везут!» — и сотни глаз впиваются в окна автомобиля, стремясь рассмотреть чёрного атамана, окружённого надёжным конвоем. Усиленные наряды милиции еле сдерживали натиск тысяч обывателей, пытавшихся прорваться в зал заседания.

Наконец, двери театра открылись. Первыми пропустили делегатов от предприятий, организаций, учреждений и общественности пострадавших губерний и свидетелей, потом у дверей началась давка, и прорвавшиеся счастливчики бросились к ещё оставшимся свободными креслам. Рассчитанный на 600–700 человек зал был переполнен. Постепенно шум стих, и аудитория стала озираться.

На сцене театра — покрытые кумачом столы для суда, государственного и общественных обвинителей и защитников и два стула, огороженных деревянными балясинами — для подсудимых.

Около пяти часов вечера за столы усаживаются обвинители и защитник и на сцену вводятся Анненков и Денисов в окружении шести красноармейцев. Охрана проводит подсудимых за балясины и становится вокруг барьера.

Анненков и Денисов — оба в полувоенной форме, чисто выбриты, в начищенных до блеска сапогах. Анненков бодр, спокоен, держится с подчёркнутым достоинством. Денисов вял, сер, подавлен и старается казаться незаметным.

Ровно в пять часов в зал входят судьи.

После установления личностей обвиняемых Анненков ходатайствует о вызове из Новосибирска в качестве свидетеля бывшего Главнокомандующего войсками Директории генерала Болдырева. Ходатайство Анненкова удовлетворяется.

Государственный обвинитель Павловский делает заявление, что получено несколько сот просьб граждан, желающих выступить на суде свидетелями. Среди этих свидетелей есть 57 человек, лично пострадавших от анненковских банд или бывших непосредственными свидетелями их насилий. Государственный обвинитель ходатайствует об их допросе. Суд это ходатайство также удовлетворяет.

Покончив с ходатайствами, суд приступает к оглашению обвинительного заключения. Его чтение заняло весь остаток первого дня судебного заседания. В обвинении скрупулёзно перечислялись и описывались все собранные следствием факты насилия анненковцев в районах действий войск атамана. Заключение носило только обвинительный характер. Каких-либо смягчающих обстоятельств в отношении Анненкова и Денисова в нём не содержалось. Заключительная часть обвинения звучала так:

Обвинительное заключение было составлено в Москве 20 мая 1927 года и подписано следователем по важнейшим делам Верховного суда СССР Д. Матроном. Уже после окончания процесса, ожидая решения по своему ходатайству о помиловании, Анненков вновь переживал этот эпизод: «Объявляется комендантом обвинительное заключение. Всё — в тумане… Возвращаюсь к действительности, встаю, начинаю говорить. Мысль работает лихорадочно, но постепенно я овладеваю собой. Думаю: «умел грешить, умей и отвечать». Как на экране киносеанса, шаг за шагом разворачивается вся моя жизнь: детство, юность, служба, империалистическая война и, наконец, начало борьбы с большевиками…»

На другой день, 26 июля, суд, для удобства и полноты ведения судебного следствия, разделил деятельность Анненкова и Денисова на восемь периодов:

• деятельность до Славгородского восстания;

• деятельность в период Славгородского восстания;

• деятельность в Семипалатинске;

• деятельность в Семипалатинском районе и в Сергиополе;

• деятельность на Семиреченском фронте;

• отступление к китайской границе и расстрел солдат, не пожелавших уйти за границу;

• насилие над семьёй полковника Луговских и других;

• деятельность Анненкова и Денисова в Китае.