Между тем Гильцбах 25 апреля настиг отряд в 500 человек у местечка Говенишки и рассеял его. 28 апреля Гонецкий двинулся обратно в Оникшты. На своём пути по Вилькомирскому уезду он очистил все окрестности от повстанцев.

В Ковенской губернии в апреле и мае 1863 г. восстание, поддержанное католическим духовенством и польскими помещиками, приняло большой размах.

В первой половине апреля показались первые небольшие отряды в Минской губернии (Траугута и Свенторжецкого), а затем в Витебской и Могилёвской. 13 апреля у местечка Креславка близ Двинска шайка из местных помещиков под командованием графов Плятера и Миля напала на русский транспорт с оружием, но была отбита. В конце апреля повстанцы напали на местечко Горки Могилёвской губернии, часть местечка была сожжена.

В Виленском военном округе находилось около 60 тысяч русских войск, но с февраля 1863 г. начали подходить подкрепления: восемь пехотных полков, два стрелковых батальона, восемь казачьих полков. Основная масса подошла в апреле и мае, а в августе были сформированы из резервных батальонов шесть пехотных дивизий (26-я — 31-я). Назначенный в Вильно генерал-губернатором вместо Назимова М. Н. Муравьёв прибыл 14 мая, а 24 мая вышла его «Инструкция для устройства военно-гражданского управления». Войска стали преследовать шайки до полного их истребления и до водворения в данной местности спокойствия и порядка. Ряд энергичных, последовательных и хорошо продуманных мер быстро смирили восстание. В конце июня действия войск Виленского округа ограничились поисками незначительных партий мятежников, скрывавшихся от преследования.

Из Галиции в разное время прибывали отряды мятежников общей численностью до 10 тысяч человек. Ржонд выделил на эти цели за три месяца до миллиона рублей. 3 марта перешёл границу у Люхова и двинулся на Наклин отряд Чеховского (800 человек). Начальник Яновского уезда полковник Медников выслал две колонны: майора Штернберга (две роты пехоты и 37 казаков) и капитана Завадского (полурота и взвод улан). После нескольких стычек русские войска 9 марта около города Гута-Кржешовского нанесли Чаховскому поражение. Часть отряда ушла обратно в Галицию, а остальные разбежались. Медников вернулся в Янов.

В Люблинскую губернию из Галиции перешёл 14 апреля отряд Езиоранского (до 800 человек) и 16 апреля на границе, в Кобелянске, укрепил позицию. 19 апреля Штернберг, вышедший из Янова с отрядом в 800 человек при двух пушках, атаковал Езиоранского в болотистом лесу. Мятежники контратаковали и охватили оба фланга русских. Бой длился с 11 часов утра до 3 часов дня. Теснимый с флангов и поражаемый с тыла, Штернберг, отбиваясь, отступил к Боровым Млынам. Туда же перешёл из Томашева и отряд майора Оголина. 24 апреля Медников (5 рот, 1 сотня, 2 пушки), принявший начальство над обоими отрядами, двинулся на Езиоранского, через деревню Глухе вступил в лес и в 8 часов утра 17 апреля начал бой в болотистой чаще. Скоро русские части овладели первой линией завалов, но Езиоранский перешёл по всей линии в наступление, русские начали отступать, повстанцы наседали со всех сторон. К 11 часам подошло подкрепление под командованием майора Чернявского. Медников направил их на свой левый фланг. При возобновлении боя русские овладели лагерем повстанцев, которые толпами побежали в Галицию. Медников отошёл к Боровым Млынам.

Эта неудача, а также неудачные действия других более мелких повстанческих отрядов, парализовали их организацию в Восточной Галиции.

Повстанческие отряды в Западной Галиции формировались с большим трудом, с трудом подыскивались желающие даже на командирские должности. Первый отряд Грековича (600 человек) 24 марта 1863 г. перешёл границу, а на следующий день у местечка Шкляры был рассеян отрядом майора Гермалинского, а потом разоружён австрийцами.

Другой отряд под начальством Мусаковского (300 человек) появился 9 апреля около Олькуша. Сначала мятежники у деревни Гольчовицы имели некоторый успех в стычке с русской ротой, но, когда на помощь подошёл отряд князя Шаховского, повстанцы стали уходить. Их нагнали у деревни Мышков и уничтожили.

22 апреля майор Гаврилов у деревни Иголомия на Висле рассеял отряд Румоцкого (560 человек при двух пушках). Ещё два отряда, Маневского (600 человек) и Иордана (1200 человек), были рассеяны в то же самое время.

С открытием бродов на верхней Висле оборонять границу стало труднее. Начальник Стопнинского и Сандомирского уездов полковник Зверев разделил свой стовёрстный участок на четыре части. На местах, удобных для переправы, он выставил посты пограничной стражи, усиленные преданными крестьянами, позади стояли резервы. Несмотря на принятые меры, 7 апреля Вислу перешли два отряда: Иордана (427 человек) у Слунец и Жанковского (300 человек) у Жабеп. Отряд Жанковского был сразу же атакован пограничниками и быстро ретировался в Галицию, причём при переправе многие утонули, в том числе и сам предводитель.

А Иордан у деревни Комаров атаковал 9-ю роту Галицкого полка. Бой длился более трёх часов; русские солдаты, расстреляв почти все патроны, оказались на грани полного истребления. В это время к ним на помощь подошли три взвода новороссийских драгун и заставили поляков отступить. Тогда рота перешла в наступление и отбросила мятежников к Висле, а у речки Струг они были окончательно разбиты.

В июне и в июле 1863 г. границу перешли несколько мелких конных отрядов, но они быстро были рассеяны и оттеснены обратно. Вообще же отряды повстанцев, формируемые в Галиции, действовали без всякого общего плана, без связи между собой и с руководством восстания.

Войскам Калишского отдела, как пограничного с Познанью, приходилось кроме борьбы с внутренними повстанческими отрядами охранять границу от познаньских выходцев и от военной контрабанды. Между тем генерал-лейтенант Бруннер, собрав войска в крупные отряды, на кордоне оставил всего одну роту пограничной стражи. Познань дала повстанцам три тысячи настоящих солдат, прошедших военную службу в прусских войсках.

В конце марта 1863 г. около самой границы сформировались отряды Оборского (до 1000 человек) и Зейфрида. 28 марта князь Вингенштейн атаковал повстанцев у деревни Садльно, опрокинул их, но утомление отряда и разрушенный мост помешали преследованию.

В это время в Познани сформировались ещё три отряда молодого деятельного французского офицера Юнка фон Бланкештейна, служившего ранее у Гарибальди. В этих отрядах имелось много хорошо обученных офицеров, вооружение и снабжение повстанцев было отличное.

13 апреля отряд майора Нелидова (две роты, 40 казаков) был выслан из Влоцлавска на разведку окрестностей города Петрокова. На следующий день, пройдя Новавес, Нелидов наткнулся на отряд Юнка, объединившийся с другими мелкими шайками. Окружённый превосходящими силами, Нелидов успел пробиться к прусской границе и, сохранив весь обоз, раненых и пленных, вступил близ Марианова в пределы Пруссии. Пробыв в Пруссии три дня, отряд вернулся в Влоцлавск.

А в это время отряд Юнка, объединившийся с отрядами Зейфрида, Сальницкого и Оборского и насчитывавший около трёх тысяч человек, сосредотачивался в окрестностях Брдува. Против Юнка из города Коло 17 апреля выступил генерал-майор Костанда (5 рот, 40 гусар, 35 казаков, две конные пушки). У деревни Вржонцы-Вельки две роты и пятнадцать казаков, составив правую колонну майора Дыммана, двинулись к деревне Оссове. Остальные разделились на две части: одна (средняя, полковника Гагемейстера) направилась в лес правее деревни Кейше, другая (левая, полковника Рейнталя) двинулась влево, для обхода правого фланга. Отряды Сальницкого и Оборского стояли в лесу ближе к Оссове, а отряд Юнка и Зейфрида — правее и сзади них, около деревни Бугай. Когда наша правая колонна завязала перестрелку, средняя и левая вошли в лес без выстрелов. Артиллерия карьером заняла позицию в 200 саженях (427 м) от опушки и открыла пальбу. Повстанцы, теснимые с фронта и слева пехотой и осыпаемые картечью, дрались отчаянно, но, не выдержав натиска, были выбиты из леса. Сначала они бросились к Брдуву, но, встреченные там гусарами и казаками, бежали в деревню Модзерово, разрушив за собой мост, что и спасло их от преследования. Бой этот закончился около полудня. Русский отряд, сильно уставший, растянулся и только к 8 часам вечера вернулся в Коло.