Следственная комиссия и военные суды продолжали действовать. Ксёндзов, виновных в участии в политических демонстрациях или в произнесении возмутительских проповедей, высылали на жительство во внутренние губернии империи. Из прочих участников манифестаций наиболее виновных присуждали к каторжным работам, к отдаче в рекруты или в арестантские роты, а других — к заключению в крепостях или к аресту на гауптвахте. Уличённые в соучастии в беспорядках чиновники увольнялись с должностей, равно как и те, чьи жёны и дети носили траур и участвовали в уличных процессиях. Прелат Бялобржеский, виновник закрытия богослужения в костёлах, был приговорён к смертной казни, но помилован и заключён в Бобруйскую крепость на один год.

17 апреля 1862 г., в годовщину восшествия на престол и в день рождения Александра II, было объявлено помилование многим политическим преступникам, а участь прочих значительно смягчена. Многим из них разрешили вернуться в Царство Польское из ссылки, крепостей и арестантских рот. Среди прощённых было немало ксёндзов, в том числе и прелат Бялобржеский. Его возвращение из Бобруйска в Варшаву представляло собой настоящее триумфальное шествие. Мужчины выпрягали лошадей из экипажа, а женщины осыпали прелата цветами. Огромная толпа набилась в храм, где Бялобржеский впервые отправлял богослужение, и приветствовала его восторженными криками.

В начале 1862 г. Лидерс разрешил в ряде городов приступить к работе городским советам (органам самоуправления), а 15 мая 1862 г. прошли выборы в городской совет и в самой Варшаве. Однако избранными оказались исключительно бунтовщики, в том числе четыре человека, недавно возвращённые по амнистии из заключения.

В конце мая 1862 г. вышел высочайший указ: «Его императорскому величеству любезнейшему брату нашему, государю великому князю Константину Николаевичу повелеваем быть наместником нашим в Царстве Польском с подчинением ему на правах главнокомандующего всех войск, в Царстве расположенных».

Следует заметить, что среди петербургских сановников великий князь Константин слыл «красным» за активную поддержку самых либеральных реформ.

Узнав об отставке Лидерса, заговорщики всё же решили расправиться с ним. Наместник из принципа ездил и гулял по Варшаве без всякой охраны. 15 июня 1862 г. во время прогулки Лидерса по Саксонскому саду какой-то неизвестный выстрелил в него сзади из пистолета. Пуля пробила шею и раздробила челюсть, однако Лидерсу удалось самому добраться до дворца.

20 июня в Варшаву прибыли великий князь Константин Николаевич с супругой. Великая княгиня Александра Иосифовна была беременна, но, несмотря на все предостережения, решилась сопровождать мужа.

Вице-канцлер князь А. М. Горчаков разослал циркуляр по Европе, в котором говорилось: «Приезд в Варшаву государя великого князя Константина Николаевича, отправившегося туда тотчас по получении известия о покушении, будет живым символом решимости правительства не покидать системы примирения и твёрдости. Он докажет, что одинокие преступления не столкнут власть с пути, почитаемого ею соответствующим потребностям края».

Однако покушение на Лидерса недолго оставалось единственным. На другой же день по приезде, 21 июня, при выходе великого князя из театра в него в упор был сделан выстрел из пистолета. Пуля, пройдя через эполет, легко ранила его в плечо. Великий князь Константин телеграфировал императору: «Спал хорошо, лихорадки нет, жена не испугана, осторожно ей сказали. Убийцу зовут Ярошинский, портной подмастерье».

Новый наместник обратился к полякам с воззванием, где он увещевал их «отречься от всякой солидарности с виновниками совершённых преступлений, зачинщиками беспорядков, сеятелями смуты, терроризирующими и позорящими страну», обещал немедленное приведение в исполнение новых законов об организации Государственного совета Царства, об учреждении учебных заведений, о переводе крестьян с барщины на оброк, о даровании прав евреям, об образовании городских и уездных советов.

В ответ триста знатных панов, съехавшихся в Варшаву, подали адрес графу Андрею Замойскому с просьбой довести содержание этого адреса до сведения великого князя. Там говорилось: «Как поляки, мы можем поддерживать правительство лишь тогда, когда оно станет правительством польским, и когда все области, составляющие нашу родину, будут соединены воедино и будут пользоваться конституцией и свободными учреждениями. В своём воззвании великий князь сам уважил и понял нашу привязанность к родине; но эта привязанность не может быть раздроблена, и если мы любим нашу родину, то всю в совокупности, в пределах, начертанный ей богом и освящённых историей».

В популярном переводе сие означает: пусть нами правит царь, если он заставит работать на нас белорусов и украинцев.

Великий князь Константин широко пользовался предоставленным ему правом помилования. К концу сентября 1862 г. из 499 осуждённых им были прощены 289 человек. В день празднования тысячелетия России Александр II в Новгороде подписал указ, которым прекращались все иски казны по имениям, конфискованным за государственные преступления.

Однако все примирительные меры русских властей вызывали лишь обратный эффект. Сторонники восстания образовали так называемый Центральный комитет. В декабре 1862 г. в Варшаве собрался съезд польских революционеров. На съезде были назначены руководители восстанием: на левом берегу Вислы — Лангевич; на правом — Левандовский и Чапский; в Литве — Сераковский, приехавший из Парижа, куда он был командирован за счёт Военного ведомства с научной целью; в Юго-Западном крае — Ружицкий, штаб-офицер русской службы.

В первых числах января 1863 г. Центральный комитет переименовал себя во Временное народное правительство (Narodowy Rząd). 10 января ржонд издал воззвание с призывом поднять оружие.

Революционное правительство разделило царство на восемь воеводств, которые делились на уезды и далее на округа, сотни и десятки. В Париже была образована концессия для вербовки офицеров и закупки оружия.

Предлогом к началу восстания послужил рекрутский набор, проведённый в Варшаве в ночь со 2 на 3 января 1863 г. В результате было решено забрать многих известных участников уличных беспорядков. Но, предупреждённые чиновниками — своими сообщниками, эти молодые люди успели бежать из Варшавы и, собравшись в окрестных лесах, образовали первые революционные отряды.

13 января, по окончании развода лейб-гвардейского Измайловского полка в Михайловском манеже, Александр II, собрав вокруг себя офицеров, сам сообщил им о вспыхнувшем в Польше мятеже. «Так как многим из вас, господа, — сказал император, — вероятно, неизвестны последние происшествия в Царстве Польском, то я хочу, чтобы вы узнали о них от меня самого. После столь благополучно совершившегося набора, со 2-го на 3-е января, стали появляться мятежнические шайки на обоих берегах Вислы, для рассеяния которых были немедленно посланы отряды. Наконец, в ночь с 10-го на 11-е число по всему Царству, за исключением Варшавы, было сделано внезапное нападение на войска наши, стоящие по квартирам, причём совершены неслыханные злодейства. Так, например, около Седлеца атакованные солдаты оборонялись отчаянно в одном доме, который мятежники подожгли, не видя средств им завладеть. Несмотря на то, храбрые войска наши отбили повсюду мятежников. По первым сведениям, потеря наша заключена в тридцати человеках убитыми, в том числе старый наш измайловский товарищ, командир Муромского пехотного полка Козлянинов. Раненых до четырёхсот и между ними генерал Каннабих. Подобная же попытка была сделана около Белостока, в пределах даже Империи. Но и после сих новых злодейств я не хочу обвинять в том весь народ польский, но вижу во всех этих трудных событиях работу революционной партии, стремящейся повсюду к ниспровержению законного порядка».