Первым атаманом, избранным в октябре 1917 года, был полковник и впоследствии генерал А. П. Филимонов, линеец. На выборах в декабре 1918 года Филимонов соперничал с Л. Л. Бычем, председателем правительства. Поскольку черноморские казаки были более многочисленны в Раде и поскольку Быч был популярным лидером, он, несомненно, стал бы атаманом, не окажи Добровольческая армия давление. Ставка сочла избрание федералиста Быча огромной угрозой и через своих агентов дала членам рады понять, что голосовать за Быча — значит голосовать за раскол и что его избрание может означать разрыв отношений с Добровольческой армией. Казаков испугала эта возможность, и их голоса позволили с трудом избрать Филимонова. Атаман, вместо того чтобы вновь назначить своего соперника председателем правительства, выбрал Ф. С. Сушкова, еще одного линейца. Это назначение породило сложную политическую ситуацию: большинству черноморских казаков в Законодательной раде не нравилась политика председателя правительства. Началась жестокая политическая борьба. Газета правительства «Вольная Кубань» и ОСВАГ агитировали против Рады, тогда как газета «Кубанский край» выражала точку зрения федералистов и разоблачала правительство. 26 февраля Сушков, понимая, что не может исполнять своих обязанностей, подал в отставку. Но Филимонов не мог назвать нового председателя правительства до мая; соответственно, Сушков три месяца возглавлял правительство переходного периода. Атаман назначил следующим председателем правительства П. И. Курганского, черноморского казака умеренных взглядов. В новое правительство входило несколько наиболее ярых врагов Добровольческой армии, и отношения между Ставкой и Кубанью еще сильнее ухудшились.

Законодательная рада издала закон о земле, который наиболее ясно выявил специфическую политическую философию казаков. Во вводной части утверждался социалистический принцип, что земля принадлежит народу. Но когда дело дошло до практического вопроса разделения земли, он проводил грань между двумя группами жителей: «Право возделывать землю в первую очередь принадлежит всем мелким землевладельцам, коренным обитателям местности (казакам, горцам и крестьянам, которые осели до 1861 года) и только после этого прочим обитателям местности, занятым сельским хозяйством». Поскольку местное правительство полностью находилось в руках казаков, на практике закон означал, что иногородние вообще не получали земли. Это был странный земельный закон, который раздавал землю богатым, отнимая ее у беднейших, и делал это все во имя социализма. Закон позволял привилегированным гражданам удерживать за собой право на землю, даже если они годами сдавали ее в аренду, но недвусмысленно отнимал собственность у тех немногочисленных иногородних, кто имел избыток земли для сдачи в аренду. В ряде случаев иногородним пришлось покинуть арендуемую ими землю, даже если они уже построили там дома, а эта земля была распределена между казаками и другими «коренными обитателями». Эти нормы не вызвали споров. Меньшинство линейцев, однако, возражало против упорных требований более бедных черноморских казаков установить довольно малый размер максимальных владений. Если бы закон был полностью претворен в жизнь, это означало бы не только разрушение крупных земельных владений на Кубани, но даже расчленение некоторых средних. Несмотря на возражения министра земледелия линейца Скобцова, 2 сентября рада приняла закон, и Скобцов подал в отставку. В условиях Гражданской войны этот закон невозможно было реализовать, но он произвел на всем антибольшевистском Юге огромное впечатление. Землевладельцы боялись социалистических черт реформы и были обеспокоены, что он может послужить примером для других законодателей.

Лидеры Добровольческой армии также не одобряли закона о земле, но не вмешивались. Их намного больше беспокоили два других обстоятельства: вопросы независимой армии Кубани и независимых международных отношений.

Федералисты с самого начала хотели отменить создание объединенных добровольчески-казачьих сил. Они утверждали, что соглашение, заключенное в марте 1918 года в Новодмитриевской, подчиняло казаков руководству Добровольческой армии только временно и только для решения боевых задач. В действительности текст соглашения необыкновенно двусмыслен. Хотя в нем говорится об объединении двух армий, там продолжает упоминаться «командующий Кубанской армии». После оккупации Екатеринодара и освобождения всей Кубани требования независимой армии усилились. Объединение с Донской армией в январе 1919 года воодушевило кубанских федералистов, для которых статус Донской армии послужил моделью, к которой надо стремиться.

Атаман Филимонов, друг Ставки, долго сопротивлялся требованию Рады о независимой армии. Однако под растущим давлением и под угрозой утраты доверия как истинный лидер Кубани он решил принять точку зрения Рады. 14 февраля 1919 года он издал приказ, который подчинял всех солдат-казаков власти походного атамана Науменко, министра военных дел. В то же время он приказал создать независимую армию, которая бы сражалась в сотрудничестве с другими войсками Деникина. Филимонов хотел сохранить как минимум часть своей армии на Кубани. Поскольку атаман издал этот приказ без консультации с генеральным штабом, Деникин просто проигнорировал его. Издание приказа, которого он не мог претворить в жизнь, подорвало престиж атамана.

Филимонов несколько раз пытался вести переговоры с Деникиным. Он обещал, что армия Кубани будет воевать с большевиками плечом к плечу с другими россиянами и пройдет весь путь до Москвы. Но генералы Ставки не доверяли казакам. Они считали, что на Кубани не будет достаточно компетентных командиров, и, что более важно, несмотря на заверения атамана, боялись, что армия превратится в инструмент Рады. По их мнению, как только влияние российских офицеров исчезнет, казаки не будут преследовать большевиков на Украине и в Центральной России. Опыт Дона не обнадеживал. Командование Донской армии было, несомненно, хуже, чем в других подразделениях, а боевая ценность этих частей ощутимо снижалась, когда солдаты получали приказ покинуть границы войска.

К счастью для Ставки, походный атаман В. Г. Науменко, черноморский казак, враждебно относился к целям федералистов и верил в объединенную армию. Чтобы укрепить свою позицию против Рады, он посовещался с четырнадцатью старшими командирами Кавказской армии, в которой служило большинство казаков Кубани. Как и ожидалось, только один, генерал Гейман, выступил сторонником независимой кубанской армии. (Вскоре после этого генерал Гейман был снят с поста. Ставка инкриминировала ему попущение мародерству среди солдат. Однако казаки были, весьма вероятно, правы, полагая, что таким образом он поплатился за защиту Кубанского дела.) Отношения между генеральным штабом и Радой ухудшились в сентябре 1919 года. Науменко был вынужден подать в отставку. Назначение нового министра военных дел не изменило ситуации; лидеры Добровольческой армии продолжали противиться созданию независимой кубанской армии.

Сложнее оказалось предотвратить установление федералистами отношений с иностранными государствами. Этот аспект вышел на первый план в связи с вопросом представления России на Парижской мирной конференции. Все хорошо понимали, что интересы антибольшевистской России лучше всего защитит отправка объединенной делегации. В декабре 1918 года Особое совещание сделало безуспешную попытку ее сформировать. Поскольку оно отказалось идти на уступки точкам зрения других, представители новых «государств» решили послать в Париж своих собственных людей. Антибольшевистская Россия не была единодушна: грузины, армяне, азербайджанцы, украинцы, крымчане, а также представители донских и кубанских казаков прибыли в Париж по отдельности, часто действуя наперекор друг другу.