Вместе с тем появились и признаки упадка. Население Любека, которое в конце XV в. составляло около 25 тысяч человек, за последующие 200 лет как будто не выросло. Среди ганзейских городов Любек считался всего лишь четвертым по величине. С политической точки зрения престижу города очень повредило поражение Вулленвевера и катастрофа Северной семилетней войны. С экономической точки зрения в Любеке гораздо острее, чем в других местах, осуждалось иностранное влияние. Любекских купцов, которые прежде играли ведущие роли в торговле на Балтике, в их собственном городе вытесняли иностранные компании и даже компании из других ганзейских городов. В важном меморандуме, адресованном в 1609 г. городскому совету Гамбурга, Любек проводит сравнение между процветанием его конкурента и своим падением, подчеркивая утрату привилегированного статуса и торговли на Балтике. Любек жаловался на гамбургских купцов, которые потворствуют иностранцам, и обвинял их в нечестной конкуренции. Их компании имели агентов в Скандинавии, Ливонии и Польше, которые как могли старались вытеснить любекских купцов из тех областей, где они активно торговали на протяжении нескольких веков. Они хотели остаться купцами, а не превращаться просто в «лодочников, агентов и держателей постоялых дворов». Любек не желал опускаться до положения «заурядного отправителя и экспедитора».

Жителям Любека было ясно, что их город приходит в упадок, но они упорно сопротивлялись общему доминированию иностранцев в хозяйственной деятельности. Поэтому возник «спор о транзите», который разгорелся в первые годы XVII в. и тянулся целых 150 лет. В 1606 г. власти Любека распорядились конфисковать партию лосося и партию шведской меди – обе принадлежали гамбургским компаниям. Не обращая внимания на протесты владельцев, Любек в 1607 г. обнародовал общие правила о транзите товаров. Оправдывая свои действия хорошо известными торговыми законами, где речь шла о товарах, которые поступали с Балтики или пересылались туда, а также ганзейским принципом «гостевого права», по которому запрещались прямые операции между иностранцами, Любек запретил провозить через город любые товары, купленные за его пределами у иностранцев. Особо оговаривалось, что все продукты питания из Скандинавии, а также медь, шведское железо и финские шкуры должны продаваться только гражданам Любека. Нарушение этого закона каралось конфискацией транзитных товаров или повышенными пошлинами. Таким образом любекские купцы собирались восстановить позицию, в которой они на протяжении нескольких веков не встречали сопротивления.

Несколько зарубежных городов и стран, пострадавших от новых законов, протестовали, но тщетно. В основном все споры сводились к транзиту меди. В двух случаях вмешался сам император, получивший несколько жалоб. В первом случае, в 1609 г., он запретил облагать медь налогом, хотя и не дал никаких указаний по мучительному вопросу транзита, а второй раз в 1620 г., он осудил любекские «новшества». Но даже его вмешательство не положило конец спору. Отношения Любека с Гамбургом стали очень напряженными, поскольку последний, в период обострения отношений с Данией, обязан был переправлять в Данию товары через Любек. Ноты, обвинения, оправдания, призывы к ганзейской солидарности привели лишь к незначительным изменениям, и в 1632 г. Любек подтвердил закон 1607 г.

Эффективность такой политики трудно оценить. Очевидно, с ее помощью не удалось предотвратить спад в торговле любекских купцов, которые превратились всего лишь в агентов для иностранных компаний в своем родном городе. В XVII в. Любек считался внешней гаванью Гамбурга на Балтике; два города поменялись ролями, которые они исполняли в XIV в. Конфликт двух городов, когда-то так тесно связанных общими интересами, стал серьезным симптомом безвозвратного заката ганзейской организации.

Частичное возрождение Ганзы и стремление укрепить связи между городами сообщества в конце концов свела на нет Тридцатилетняя война.

С самого начала война обнажила слабость Ганзы. В ходе противостояния между Данией, Священной Римской империей, Швецией и Польшей к Ганзе по очереди обращались все враждующие стороны, но она оказалась не способной вести последовательную политику. Ганза предпочла бы остаться нейтральной, однако ей не хватало сил для того, чтобы заставить уважать свой нейтралитет. Поэтому каждый город в отдельности пытался отстоять свои интересы, избегая открыто вставать на ту или иную сторону. Изоляционизм подрывал стремление к солидарности и сделал невозможным восстановление Ганзейского союза даже после заключения мира.

Первые трудности пришли из Дании. После достижения совершеннолетия в 1596 г. Кристиан IV выказывал враждебность по отношению к Ганзе; он препятствовал деятельности немецких купцов в Исландии, Норвегии и Дании. Когда он выказал такую же враждебность к голландцам, сначала Любек в 1613 г., а затем, три года спустя, и Ганза в целом заключила союз с Соединенными провинциями Нидерландов для защиты своих коммерческих интересов. Кроме того, Кристиан IV следовал политике своих предшественников в Северной Германии: он поддерживал герцога Брауншвейга в его усилиях подчинить себе город. В 1615 г. Брауншвейг избежал этой опасности с помощью ополчения и денег, присланных другими городами. Эта военная кампания стала последней для Ганзы. В 1617 г. Кристиан основал новый город Глюкштадт в устье Эльбы и осыпал его привилегиями в надежде повредить торговле Гамбурга. Два года спустя он оккупировал Штаде. Однако ему не удалось установить свой протекторат над Гамбургом, который в 1618 г. добился в верховном суде Священной Римской империи признания себя вольным имперским городом; не удалось ему и взять под свой контроль товаропоток на Эльбе.

Новый виток конфликта начался с амбициозных планов Габсбургов и Густава-Адольфа. В 1621 г., когда закончилось перемирие между Испанией и Нидерландами, Филипп IV, стремившийся сокрушить голландцев, решился на совместные действия с Католической лигой и Фердинандом II в Северной Европе. Фердинанд, одержав победу в Богемии, стремился к схваткам с северогерманскими правителями-протестантами, Мансфельдом и Кристианом Брауншвейгским, союзниками Дании. Встревоженный Кристиан IV заключил мир с голландцами и вступил в союз с Англией, но был разбит Тилли, полководцем Католической лиги, в битве при Луттере (1626). Тилли и Валленштейн, имперский генералиссимус, без труда овладели всей областью Эльбы и Ютландией. В награду Валленштейн получил во владение герцогство Мекленбург.

Именно тогда Фердинанд II позволил Филиппу IV уговорить себя и принять амбициозный план, который, добейся они успеха, отвел бы ведущую роль Ганзе. Для того чтобы победить голландцев и датчан и установить свою власть на севере Германии, император должен был захватить порты Восточной Фризии и устье Эльбы, добиться поддержки ганзейских городов и Польши, заручиться сотрудничеством торговых флотилий Германии, Испанских Нидерландов и Испании, создать военный флот, который защищал бы торговлю с Пиренейским полуостровом, и, наконец, повести безжалостную пиратскую войну против врагов Испании.

В 1627 г. Фердинанд II разослал соответствующие предложения ганзейским городам. Не желая пугать их, он ограничился призывом создать немецко-испанскую торговую компанию под патронажем Священной Римской империи. Император соблазнял ганзейцев перспективой уничтожения голландской конкуренции, устранением датской угрозы и значительным ростом торговли с Испанией. Но Ганза не поддалась искушению. Ее встревожил по сути военный характер предприятия и финансовое бремя, которое оно повлекло бы за собой. Ганза боялась, что ее втягивают в войну против протестантских стран: Дании, Соединенных провинций Нидерландов, Англии и Швеции, после чего она лишится возможности торговать с ними. Она уклонялась от вступления в католический лагерь и по религиозным мотивам. Ни обещания Священной Римской империи, ни испанские угрозы не сумели поколебать Ганзейский собор 1628 г., в котором приняли участие одиннадцать городов. Предложение Фердинанда отклонили.