В апреле 1941 г. Шнауферу присвоили звание лейтенанта. Следующей ступенью обучения стали курсы «слепых» полетов в 5-й авиашколе, находившейся в Штаргарде (ныне Старгард-Щециньски, Польша). В течение восьми недель молодой пилот совершал вылеты на Do217 и Ju52, осваивая технику пилотирования исключительно по приборам.

Затем Шнауфер отправился во 2-ю авиашколу тяжелых истребителей. Он провел десять недель на аэродроме Вунсторф, где начал летать на Bf110. В Люфтваффе было обычной практикой, что экипажи самолетов формировались уже на завершающей стадии подготовки. Не сохранилось сведений, кто был первым бортрадистом-стрелком в экипаже Шнауфера, известно только лишь то, что его быстро заменили.

Его новым бортрадистом-стрелком стал 20-летний ефрейтор Фритц Румпельхардт. Он первоначально служил в зенитной артиллерии, а в конце 1940 г. добровольцем перешел в авиацию. Он сначала прошел обучение в школе радистов в Котбусе, а затем – в авиашколе бортрадистов в Нордхаузене. В феврале – июне 1941 г. Румпельхардт прошел курсы «слепых» полетов в Штаргарде, после чего был направлен в Вунсторф.

Он потом вспоминал: «3 июля 1941 г. в Вунсторфе я встретил Хейнца Шнауфера. Он был лейтенантом, а я ефрейтором. Я был назначен к Шнауферу потому, что его предыдущий бортрадист оказался неспособным выдержать высший пилотаж. Чтобы и на этот раз не случилось такого же, Шнауфер решил подвергнуть мою способность переносить высший пилотаж самому полному испытанию сначала на Bu131, а затем на Bf110. В результате он сказал: „Давайте попробуем работать вместе“. Шнауфер произвел на меня очень хорошее впечатление и как офицер, и как пилот, и я быстро стал ему полностью доверять. 12 июля 1941 г. я впервые полетел вместе с ним».

Именно в Вунсторфе Шнауфер и Румпельхардт решили попросить командование, чтобы их направили в ночную истребительную авиацию. Осенью 41-го года ночные истребители Люфтваффе начали одерживать первые победы, и пропаганда Третьего рейха активно расхваливала их успехи. Численность ночной истребительной авиации быстро росла, и ей требовалось все больше экипажей. Ведущие пилоты-ночники были посланы с лекциями по различным авиашколам, в т. ч. и в Вунсторф, чтобы вербовать там добровольцев.

Тот же Румпельхардт рассказывал: «К концу нашего обучения в Вунсторфе начали набирать добровольцев в ночную истребительную авиацию. После разговора со мной Шнауфер заявил о нашем согласии, как и еще два экипажа. Мы отправились в Шлайссхайм, чтобы пройти подготовку для действий ночью. Шнауфер полагал, что ночная истребительная авиация даст ему больше возможностей для профессионального успеха и что, вероятно, ночь даст ему больше шансов выжить, но последнее – это мое личное мнение».

На аэродроме Шлайссхайм, в нескольких километрах от северной окраины Мюнхена, располагалась недавно сформированная 1-я авиашкола ночной истребительной авиации. Обучение в ней было полностью построено на подготовке экипажей к ночным действиям, и лишь некоторые упражнения, такие как учебные стрельбы по буксируемым мишеням, выполнялись днем. Программа включала обучение взлетам и посадкам в ночных условиях, использованию радиомаяков и взаимодействию с прожекторами. Полеты выполнялись сначала на одноместных Ar96, затем – на двухместных FW58 и только потом – на Bf110.

Отработку же ночного перехвата экипажи должны были уже пройти непосредственно в боевых частях. Там для этого использовалась методика так называемого целевого моделирования, когда один самолет имитировал цель, а другой при помощи наземных операторов должен был выйти на него и занять позицию для атаки. Бортовых РЛС тогда еще не было, и экипажам приходилось осваивать их уже в процессе боевых вылетов.

После завершения подготовки Шнауфер и Румпельхардт были направлены в II./NJG1 под командованием гауптмана Вальтера Эле. Группа базировалась на аэродроме Штаде, расположенном у устья Эльбы, и на тот момент была самой результативной в ночной истребительной авиации. На счету ее пилотов было 100 из 397 британских бомбардировщиков, сбитых к этому времени ночными истребителями Люфтваффе.

1 ноября 1941 г. Шнауфера официально включили в 5./NJG1. Он начал совершать боевые вылеты и почти сразу, как и большинство других молодых пилотов, столкнулся с проблемой, из-за которой довольно сильно переживал.

Дело было в том, что более опытные летчики, которые к тому же почти всегда были старше по званию, неизменно имели приоритет при взлете после поступления сообщения о появлении вражеских самолетов. Они формировали «первую волну», которая, взлетев по тревоге, направлялась к радиомаяку и ожидала там дальнейших инструкций операторов с земли. К тому же времени, когда в воздух поднимались более молодые пилоты, бомбардировщики обычно уже успевали пройти район действия ночных истребителей. Конечно, вполне понятно, что более опытные экипажи первыми шли навстречу противнику, но тем не менее это очень расстраивало молодых пилотов, стремившихся в бой.

К тому же зимой 1941–42 гг. британские бомбардировщики совершали лишь эпизодические налеты на Германию, и у молодых немецких летчиков, включая Шнауфера, просто практически не было шансов добиться успеха. Вечером 30 ноября 1941 г. во время налета на Гамбург лейтенант Людвиг Майстер сбил два самолета: «Веллингтон» и «Уитли», а следующую победу пилоты II./NJG1 одержали лишь в апреле следующего года.

В тот период британская бомбардировочная авиация переживала кризис, и воздушное наступление на Третий рейх было под вопросом. В правительстве Великобритании появились сомнения в эффективности действий RAF. Так, в августе 41-го года секретарь кабинета министров Батт представил доклад, из которого следовало, что итоги налетов британских бомбардировщиков были даже хуже, чем предрекали самые пессимистические прогнозы. Затем 13 ноября премьер-министр Черчилль, по рекомендации своего консультанта лорда Черуэлла, приказал командующему бомбардировочной авиацией сэру Ричарду Перси ограничить число боевых вылетов до тех пор, пока роль и назначение бомбардировочной авиации не будут окончательно определены.

15 января 1942 г. II./NJG1 перебазировалась в Сент-Тронд, в Бельгии. Этот аэродром в 17 км восточнее г. Тинен, на полпути между бельгийской столицей и немецким Ахеном, был идеальным местом, откуда ночные истребители Люфтваффе могли перехватывать британские бомбардировщики, совершавшие налеты на промышленные объекты Рура или на другие цели в Центральной Германии. До начала Второй мировой войны это был полевой аэродром бельгийских ВВС.

После оккупации Бельгии этот аэродром стали использовать Люфтваффе, там базировались бомбардировщики, совершавшие налеты на Англию. Параллельно в Сент-Тронде шло интенсивное строительство, которое превратило его в один из основных аэродромов ночных истребителей Люфтваффе в Западной Европе. Были построены бетонные взлетно-посадочные полосы, ангары и административные здания. Все сооружения замаскировали, а полосы выкрасили в коричневый цвет, чтобы они не выделялись на фоне окружающей местности. Здание бывшей бельгийской кадетской школы переоборудовали под центр управления полетами, а два расположенных невдалеке особняка реквизировали под проживание пилотов. Основные работы были завершены в марте 42-го года – спустя два месяца после прибытия туда II./NJG1.