В июне 1919 года властью Директории были предотвращены погромы в Каменец-Подольском и Проскурове. В августе 1919-го в воззвании правительства УНР, что было направлено против погромов, указывалось, что «еврейские демократы во главе с Бундом, «Объединенцами», «Поалей-Цион» и «Фолькс Партай», представители которых входят в совет министерства по еврейским вопросам, а руководители занимают ответственные должности в других министерствах, поддерживают правительство украинского народа», В августе 1919-го в войсках были распространены приказ и воззвание Петлюры против погромов, в которых за участие в погромах власть «обещала» немедленный расстрел. В обращении Петлюры к армии УНР (27 августа 1919 г.) говорилось: «Украинцам, как и евреям, что поддерживают правительство Республики, наша национальная Армия должна принести равенство, братство, свободу. Все еврейские партии, конкретно «Бунд», «Объединенцы», «Поалей-Цион», «Популисты», перешли на сторону возрождения независимости Украины. Я знаю сам, как евреи помогали нашей армии и нашей республике... С большим вниманием и переживанием я думаю о жертвах еврейского народа, об их славной жизни, положенной на алтарь Отечества. Из донесений офицеров и инспекторов я знаю и о том, что еврейское население самоотверженно выхаживало наших больных и раненых; о еврейских детях, что в госпиталях, организованных в 5 верстах от фронта, промывали раны нашим мужественным воинам. Я был глубоко взволнован, видя слезы благодарности в их глазах за ту заботу, что они получили от евреев, и с удовольствием увидел, что многие из наших воинов становились охранять магазины и склады евреев, чтобы пресечь их разграбление...

Командиры и воины Украинской армии! Рабочие массы украинских евреев видят в вас своих освободителей, и будущие поколения никогда не забудут ваших усилий... Опасайтесь провокаторов и тех кто хочет погромов и стремится уговорить наиболее слабых в своих убеждениях.

Будьте безжалостными! Смертная казнь ждет участников погромов, как и подстрекателей к ним. Я требую от вас суровой дисциплины, чтобы даже волос не упал с невинной головы...»

В августовском приказе (1919 г.) Петлюра призывал войско пресекать антиеврейские выступления и погромы, предупреждая: «Кто же допустит это тяжкое преступление, тот является предателем и врагом нашего края и должен будет исключен из человеческого общежития».

Но не всегда жесткие меры для пресечения погромов приводились в исполнение по причинам мизерности надежных частей, иногда следствие затягивалось, а слабость карательного аппарата Директории приводила к тому, что он просто не справлялся с потоком «погромных дел». К этому нужно прибавить и то, что длительное время все «силовые аппараты» УНР были на колесах, постоянно отступая или наступая, и в этом вечном хаосе очень трудно было «вершить правосудие». Отсутствие союзников в борьбе с врагами толкало Петлюру на союз с разнородным повстанческим движением, которое просто невозможно было контролировать. Тем более не было никакой возможности контролировать повстанцев в тылу Красной Армии. Иногда в «союзниках» Петлюры оказывались и атаманы, которых прямо обвиняли в организации погромов: Ангел, Зеленый, Волынец. Фатальный недостаток военных сил у Петлюры приводил его к вынужденным связям с атаманами за линией фронта, в «красном» тылу. Но атаманские части были только «союзниками», они никогда не были регулярными частями УНР и власть Директории их просто «не доставала». Некоторые атаманы (например Струк), что проводили погромы, намеренно заявляли о том, что они действуют под «началом» Петлюры и исполняют его «наказы». Атаманы искали легализации, поддержки, авторитета, поэтому иногда разбойничьи банды называли себя петлюровцами, никакого отношения к войскам Петлюры не имея. Йозеф Лихтен писал: «Следует признать великой исторической несправедливостью сам факт обвинения Петлюры в преступлениях различных атаманов...»

Эти особенности гражданской войны на Украине невероятно усложняли процесс расследования погромных злодеяний, оставляя некую «лазейку» для врагов Петлюры в их стремлении очернить своего противника.

Уже в эмиграции, с марта 1921 года, Петлюра готовит подробный отчет о мерах, что проводились Директорией против погромов (документы следствий, приказы, даты погромов и списки расстрелянных за них). Тогда же Петлюра снова обратился к населению УССР, к повстанцам с призывом не допускать еврейских погромов.

Петлюра еще в конце 1917 года предлагал создавать вооруженные отряды «еврейской самообороны», открыл доступ евреям в офицерские школы УНР, в правительстве Директории было несколько министров-евреев. Евреям УНР была предоставлена «национально-персональная автономия», за которую они боролись предыдущие десятилетия. Представители Петлюры вели в 1921 году переговоры с лидером сионистов Жаботинским по поводу формирования отрялов еврейской жандармерии на Украине.

Владимир Жаботинский писал: «Является безусловным фактом то, что ни Петлюра, ни Винниченко, ни кто-нибудь из ведущих деятелей украинского правительства не был погромщиком. Я вырос рядом с ними, я вместе с ними боролся против антисемитизма; никто и никогда не сможет убедить ни одного из сионистов Южной России, что подобные люди были антисемитами».

Лидер «Бунда» Моисей Рафес добавлял: «... одной из самых любимых идей Петлюры и многих других украинских националистов была идея создать союз украинской и еврейской демократий».

Арнольд Марголин (Генеральный секретарь Южнороссийского отдела Союза борьбы за достижения равных прав для евреев, адвокат на процессе Бейлиса, Президент еврейской территориальной организации) утверждал, что в 1919 году «...украинское правительство последовательно выступало против погромов, никогда не принимало в них участия и не несет за них никакой ответственности».

В последние пять с половиной лет своей недолгой жизни Петлюра подвергался непрекращающемуся шельмованию, гибель его была логическим завершением этой травли. Ему решили не Прощать ни ошибок, ни побед. Его обвиняли белогвардейцы и махновцы, «левые» и «правые», демократы и «фашиствующие», сторонники гетмана и сторонники Винниченко, буржуазная и советская печать. Но обиднее всего были Петлюре даже не плевки вчерашних друзей и единомышленников, обиднее всего было кажущееся забвение на Родине. Казалось, Петлюра так и останется антигероем новой истории народа, который, постепенно пройдя через революцию и войну, начал себя осознавать украинским народом. Но в год убийства Петлюры, в 1926-м, «новая» советская украинская интеллигенция, замалчивая имя Петлюры, бичуя при случае петлюровцев и отрекаясь от их «наследия», осторожно стала проводить «петлюровские идеи» в жизнь. Вчерашний чекист, а к 1926 году классик «модерной» украинской советской литературы Николай Хвылевой провозгласит «свой» лозунг — «Геть вид Москвы!» («Долой влияние Москвы!»), нарком просвещения УССР Александр Думский «погрязнет в национал-уклонизме». Недаром один из большевистских лидеров УССР Влас Чубарь в речи на Конгрессе коммунистической молодежи (март 1926 г.) указывал: «...у нас еще есть люди, что симпатизируют Петлюре, сочувствуют «мелкобуржуазному» режиму, что продолжает свое тайное дело. Они себя называют защитниками национальной республики, независимой от России, однако, по сути, независимой от диктатуры пролетариата».