«Методические указания...» требовали предоставлять «бесспорную информацию по ненормальным физическим явлениям и их влиянию «на окружающую среду, живые организмы и техническое оборудование». Они разъясняли, что ВМФ с его военными кораблями и их датчиками идеально подходят для выполнения этой задачи: «Эти явления могут наблюдаться визуально и с помощью технических средств, имеющихся на кораблях ВМФ и у береговых сил и объектов флота».

«Методические указания...» детализировали порядок подготовки исследователей и действия на случай события, которое по определению нельзя предугадать: «Предсказать ненормальное явление (или объекты) невозможно. Для получения более полной информации об этом явлении и его характере требуется использовать все имеющиеся технические средства: радиолокационные станции, фотоаппараты и другую съемочную аппаратуру; радиостанции для установления первоначального контакта; акустические дальномеры; дозиметры; компасы; бинокли, телескопы и другие оптические приборы».

«Методические указания...» требовали также следить за воздействием ненормальных явлений и объектов на оборудование и людей: «Появление и действия феноменов требует от нас обратить особое внимание на следующие вопросы: состояние вооружения и датчиков, наличие рентгеновского излучения, перерывы в радиосвязи, интенсивная вибрация стрелок компасов и другого электромагнитного оборудования, отказ в работе двигателей внутреннего сгорания, помехи в трансляции информации «по флоту», сбой в работе электронных и механических часов, и на другие воздействия на окружающую среду, живые организмы и людей».

В последующих параграфах «Методических указаний...» речь шла о фотографировании ненормальных явлений и объектов, использовании цветных фильтров и спектральных эмульсий, а также о точной регистрации параметров гидрометеорологической, воздушной и геофизической обстановки. В последней части «Методических указаний...» говорилось о содержании письменных отчетов, присвоении им грифа «секретно» и отправке отчетов в штаб (в трех экземплярах) и гидрометеорологические центры в течение пяти дней после возвращения корабля на базу.

Необъясненные явления тем временем преследовали советский ВМФ. В течение почти шести месяцев осени и зимы 1978—1979 гг. НЛО регулярно наблюдали зависшим над базой советских подводных лодок в Западной Лице. Диск меньших размеров минимум один раз пролетал над складами боеприпасов. В Баренцевом море командир подводной лодки, вахтенный офицер и радист всплывшей подводной лодки наблюдали в перископ диск, который завис на высоте примерно 15 метров над рубкой подводной лодки и направил телескопический пучок света на палубу. В мае 1979 г. на Черном море в нескольких метрах от надводного корабля в воздух из-под воды взлетел громадный диск. Он поднял какой-то объем воды, которая потом упала в море. Сообщалось, что советский ВМФ сделал хорошую фотографию этого явления. В декабре 1980 г. члены команды исследовательского судна «Виктор Бугаев», которое находилось в 200 милях западнее Гибралтара, наблюдали сигарообразный объект, который завис над палубой юта. «Сигара» была белого цвета и имела черное пятно. Позже «сигара» разделилась на две части, одна из которых полетела на северо-запад, а вторая на северо-восток. Наблюдение за объектом продолжалось четыре минуты и было зафиксировано в бортовом журнале.

В начале 1980-х годов, однако, исследования «ненормальных явлений и объектов» советским ВМФ было остановлено. После широко известного наблюдения НЛО над Петрозаводском 23 сентября 1977 г., за исследование проблемы взялась Академия наук СССР, которое проводилось параллельно с работой, ведшейся в этом направлении в Министерстве обороны СССР. Первоначально обе программы имели общее название «Сетка». Потом было принято решение поручить ГРУ централизованным порядком собирать и анализировать информацию, полученную от военных источников. Те офицеры, которые до этого были заняты проблемой в особой исследовательской группе ВМФ, не хотели переходить в ГРУ и получили новые назначения в системе разведки ВМФ. Однако в ГРУ была передана вся имевшаяся информация, которая получила гриф «совершенно секретно» и была запрещена к упоминанию в открытых источниках. В тот же период были приостановлены исследования по «квакерам», которыми занимался по меньшей мере один институт в Ленинграде. Скорее всего, исследования по «квакерам» также были переданы ГРУ, как и материалы по НЛО. Исследовательская группа ГРУ позже получила имя «Горизонт», а потом «Галактика». Изучением физических эффектов, отмеченных при наблюдениях ненормальных явлений и объектов, было занято сто тридцать научных институтов. Существование в ГРУ исследовательской группы по НЛО оставалось секретом до 1989 г., когда «гласность» сняла цензорское табу на публикации о НЛО. По словам капитана Евгения Литвинова, который возглавляет комиссию по аномалиям в географической секции АН РФ, «Галактика» прекратила свою деятельность после развала СССР.

Электромагнитные помехи и отсутствие радиосвязи и электропитания были наиболее частыми физическими эффектами на кораблях, которые посещали загадочные объекты. О подобных эффектах сообщалось как в США, так и в Советском Союзе. Зарегистрированный в ГКИВКФ (NICAP) файл содержит рассказ Джима Копфа о случае неожиданной потери связи авианосцем ВМС США «Джон Ф. Кеннеди» (CV-67), над которым 02.07.1971 г. завис НЛО:

«Я получил назначение в отделение связи авианосца «Кеннеди» и прослужил там около года. Корабль возвращался в Норфолк, штат Вирджиния, завершив двухнедельные учения по проверке боевой готовности в Карибском море. В Норфолке мы должны были провести 30 дней. Экипаж ждал отдых и встречи с семьями, а потом мы уходили на шесть месяцев в Средиземное море. Я дежурил в центре связи. В мои обязанности входило следить за работой восьми телетайпов, которые печатали «Трансляции по флоту»... Был вечер, примерно 20:30, и на корабле только что закончились вечерние полеты. Я снял с телетайпа только что полученное сообщение и отвернулся от аппарата, чтобы положить сообщение в скоросшиватель. Когда я повернулся к телетайпам, то увидел, что основные аппараты печатают чушь. Я взглянул на резервные аппараты — то же самое. Я сделал несколько шагов к переговорному устройству, которое соединяло меня с дежурным по связи. Я вызвал его и сообщил, что пропала «Трансляция по флоту». Мне ответили, что исчезли все виды связи. Я посмотрел в сторону оператора «Оперативной сети флотской связи» и заметил, что у него тоже что-то не ладится. Потом я услышал, как оператор сети связи авианосной ударной группы докладывает вахтенному офицеру об отсутствии связи и в его сети. В дальнем углу нашего отсека находилась пневматическая труба, которая соединяла нас с сигнальным мостиком (т.е. тем местом, где сообщения передаются и принимаются при помощи светового семафора и сигнальных флажков). У нас есть связь с сигнальным мостиком по переговорному устройству, и мы услышали, что кто-то орет в это устройство: «Тут что-то висит над кораблем!». Через секунду мы услыхали, как другой голос закричал: «Боже, это конец света!». Нас было шестеро в центре связи, мы посмотрели друг на друга, и кто-то сказал: «Пошли посмотрим!». Центр связи располагается внутри, прямо под летной палубой, почти посередине корабля. Мы вышли, прошли через отсек дежурного по связи, вышли через его дверь и двинулись по коридору, длина которого примерно 15 метров, к люку, который выводит к лесенке на самом краю летной палубы (напротив «острова», т.е. той части корабля, где находится мостик»)...