Даже в 1986 и 1987 гг., когда после открытия шлюзов гласности в советской общественной жизни зазвучало множество голосов, в том числе и религиозных, партия оставалась приверженной атеизму. В феврале 1986 г. на XXVII съезде КПСС Горбачев призвал членов партии проявлять бдительность, когда «под видом национальной самобытности» в некоторых произведениях литературы и искусства религия изображается «в идиллических тонах». Горбачев напомнил своим слушателям, что религия противоречит «нашей идеологии, социалистическому образу жизни, научному мировоззрению». Далее он указал, что равнодушие к религии и атеизму является симптомом более глубокого кризиса, поразившего советское общество, и настаивал, что в сферах нравственного и атеистического воспитания «застой просто нетерпим»929. Новая Программа партии, принятая на съезде, по-прежнему включала раздел «Атеистическое воспитание», а новый партийный устав по-прежнему обязывал членов партии «вести решительную борьбу… с религиозными предрассудками»930. Со своей стороны, Егор Лигачев, стоявший на консервативных позициях оппонент Горбачева в ЦК КПСС, заявил, что «иногда отдельные люди, встречаясь с нарушениями норм социалистической морали, начинают поговаривать о целесообразности проявлять терпимость к религиозным идеям, вернуться к религиозной нравственности. Они забывают азбучную истину марксизма, что религия отнюдь не является источником нравственного начала в человеке»931. В редакционной статье, опубликованной на первой полосе газеты «Правда» 28 сентября 1986 г., критиковали «отдельных писателей» за то, что они «порой „кокетничают“ с боженькой, объективно способствуя оживлению богоискательских идей», и провозглашали, что «ленинский наказ о классово-партийном подходе к религии как ложной от начала и до конца системе взглядов на мир и сегодня остается в силе»932.

По мере приближения тысячелетнего юбилея и усложнения политической картины в стране в годы перестройки партийное руководство, несмотря ни на что, продолжало проводить прежний курс по отношению к религии – хотя уже стало очевидным, что значительная часть советского общества больше не прислушивается к его мнению. В феврале 1987 г. СДР разослал секретный циркуляр, где информировал своих региональных уполномоченных, что в канун юбилея Московский патриархат может выпустить Библию, религиозную литературу и фотоальбомы и даже снять документальный фильм, позитивно изображающий религиозную жизнь в СССР. Целью всего этого является «развеять миф, созданный буржуазной пропагандой, об отсутствии свободы совести в СССР, разоблачить ложь клерикальных и антисоветских организаций, стремящихся дискредитировать политику КПСС и Советского государства в отношении религии, церкви и верующих, разжечь националистические настроения». Московский патриархат, сообщалось в циркуляре, «принимает меры по совершенствованию информирования зарубежных кругов о свободе совести в нашей стране, о ходе подготовки к 1000-летию „крещения Руси“». В то же время, предостерегал Совет по делам религий, церковь пытается «укрепить свой авторитет» в стране, «провести параллель» между тысячелетием православия на Руси и тысячелетием самой истории России, чтобы показать, «что церковь была „всегда с народом“»933. Задача чиновников на местах состояла в том, чтобы сводить к минимуму влияние церкви на советское общество, но в то же время по-прежнему позволять церкви играть свою роль в противодействии зарубежной антисоветской пропаганде, обвинявшей Советский Союз в нарушении прав верующих.

Партия продолжала противодействовать попыткам признать крещение Руси поворотным событием отечественной истории, а православие – стержнем русской культуры. В 1987 г. на страницах партийного журнала «Коммунист» историк Александр Клибанов и философ Лев Митрохин признали важность этих вопросов, особенно в связи «с приближением тысячелетия введения христианства на Руси», но предостерегали от «нездорового ажиотажа, нагнетаемого как церковными апологетами, так и теми неразборчивыми в средствах зарубежными дилетантами, которые обслуживают подрывные идеологические центры на Западе»934. В другой статье, опубликованной в том же 1987 г., Яковлев признал, что «принятие христианства способствовало связям Киевской Руси с тогдашними центрами цивилизации» и что тем самым «церковь сыграла определенную роль, умалять которую нет оснований». Но при этом он категорически отрицал стержневую роль религии в русской культуре. «Но, как говорится, богу – богово, церкви – церковное, а нам, марксистам – полнота правды, – писал Яковлев. – И с этих позиций должны быть решительно отвергнуты любые попытки изобразить христианство как „матерь“ русской культуры»935. В то же время Харчев продолжал настаивать на строго религиозном характере приближающегося юбилея, доказывая в своей статье, опубликованной в ноябре 1987 г. в журнале «Наука и религия», что это «праздник ряда христианских конфессий, существующих в нашей стране», но его нельзя «причислять к числу общенародных празднеств»936. В начале 1988 г. партия продолжала наставлять свои кадры, как противостоять идеологическим диверсиям. Московская городская партийная организация в январе проводила семинар в Доме политического просвещения, а в феврале созвала двухдневную конференцию по «усилению атеистического воспитания в современных условиях», где провела инструктаж партийных кадров относительно приближающегося юбилея937.