Эффект январской телеграммы Сталина в защиту чекистов был в значительной степени ослаблен также новой кампанией борьбы с нарушениями «социалистической законности», развернувшейся в связи с подготовкой и проведением XVIII съезда ВКП(б). Заявленные в материалах съезда тезисы о «формально-бюрократическом и бездушном отношении к судьбам членов партии», об «ограждение прав членов партии от бюрократов, чиновников, формалистов, клеветников», об отмене массовых чисток послужили основой для новых обвинений против ежовского НКВД. На региональных партийных конференциях, которые проводились перед съездом партии, мотив разоблачения «врагов», пробравшихся в состав НКВД, был одним из наиболее заметных. В течение всего 1939 г. и еще в 1940 г. партийные секретари посылали в Москву материалы о «нарушениях законности» сотрудниками НКВД в 1937–1938 гг. и в связи с этим ставили вопрос о привлечении к ответственности отдельных чекистов. Так, осенью 1939 г. первый секретарь Омского обкома Н. И. Невежин направил секретарю ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкову материалы прокурорской проверки и заявления бывших заключенных «о грубейших нарушениях революционной законности» и «извращенных методах следствия» работников дорожно-транспортного отдела НКВД Омской железной дороги. Невежин просил обязать НКВД и Прокуратуру прислать в Омск комиссию, а также снять с должности начальника дорожно-транспортного отдела НКВД. Вопрос рассматривался Оргбюро ЦК ВКП(б), которое приняло решение о направлении в Омск бригады из центрального аппарата Прокуратуры и НКВД. Как и просил Невежин, начальник дорожно-транспортного отдела был снят с работы, а группа чекистов привлекалась к уголовной ответственности[923]. С аналогичным заявлением в Москву в ноябре 1939 г. обратился также первый секретарь Читинского обкома Дерягин. Он переслал в ЦК заявления бывших районных партийных работников, освобожденных из тюрем, которые выдвигали обвинения против группы руководителей областного управления НКВД, фабриковавших дела при помощи пыток. Маленков отправил эти заявления в Прокуратуру СССР, которая провела расследование и подтвердила правоту заявителей[924]. Первый секретарь Ворошилов-градского обкома компартии Украины Квасов в 1940 г. требовал от нового начальника УНКВД по области и руководства республиканского наркомата внутренних дел отстранения от должностей и проведения следствия в отношении ряда работников управления, причастных к проведению массовых репрессий в 1937–1938 гг.[925] Подобные примеры можно продолжать.

Несмотря на заметную активность партийного аппарата и Прокуратуры в разоблачении преступлений НКВД, в целом органы госбезопасности вышли из очередной чистки с гораздо меньшими потерями, чем можно было бы ожидать. Одной из причин этого, несомненно, была контркампания, проводимая новым руководством НКВД во главе с Берией, опиравшимся в этом вопросе на сочувственное отношение Сталина. Громя людей Ежова и издавая приказы о реализации новой политической линии, Берия более всего был озабочен укреплением положения своего ведомствам и сохранением костяка кадрового состава органов НКВД. Как показывают документы, Берия активно поддерживал своих подчиненных в спорах с Прокуратурой, сотрудники которой требовали пересмотра сфабрикованных дел и наказания чекистов. Например, в декабре 1938 г. к Берии с жалобой на действия прокуроров обратился начальник УНКВД по Ленинградской области С. А. Гоглидзе. «Свою роль надзирающего органа прокуратура Ленинградской области упрощает, не принимая должного участия в следственной работе и зачастую своим вмешательством нарушает нормальный ход следствия, — писал Гоглидзе. — Свидетельством такого положения может служить факт посещения спецкорпуса тюрьмы […] областным прокурором т. Балясниковым […] и другими работниками прокуратуры, имевший место 9 декабря сего года. Обходя помещения, в которых производились допросы арестованных, прокуроры, прерывая допрос, обращались к арестованным с предложением рассказать, как следователи ведут допрос, не применяют ли к ним незаконных методов следствия, не грубят ли им и т. д. В тех случаях, когда арестованные жаловались на грубое обращение, прокурор Балясников здесь же, в присутствии арестованного, делал в резких тонах замечания оперработникам […] Аналогичные факты извращений прокурорского надзора наблюдаются и на периферии… В результате некоторые арестованные провокационно стали называть вымышленные факты, возводя при этом клевету на органы НКВД […] Используя неправильные действия прокуроров, арестованные в тюрьмах стали на путь голого отказа от ранее данных показаний. Больше того, на допросах арестованные держат себя вызывающе, отказываются давать показания, демонстративно требуют замены следователей, присутствия прокуроров и т. д.». Берия переслал письмо Вышинскому с резолюцией: «Прошу дать соответствующие указания; о сделанном указании прошу сообщить мне». Вышинский отправил Балясникову резкое письмо, в котором потребовал объяснений и предупредил, что «прокурорский надзор за следствием должен осуществляться в такой форме, которая исключает какое бы то ни было наталкивание арестованного в направлении преднамеренного опорочивания следствия». Копию этого письма Вышинский отправил Берии[926]. Аналогичным образом Берия и Вышинский реагировали на жалобу заместителя наркома внутренних дел Украины Б. 3. Кобулова[927].

2 марта 1939 г. Берия обратился с новыми требованиями к прокурору СССР Вышинскому и наркому юстиции СССР Рычкову, направив им два одинаковых письма, в которых говорилось: «Поступающие из НКВД союзных и автономных республик и от начальников областных управлений НКВД материалы свидетельствуют о том, что отдельными работниками прокуратуры неправильно понято постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 г.». В письме приводились примеры «вредной» с точки зрения Берии позиции прокуроров отдельных регионов «в деле ликвидации извращений законности в вопросах ведения следствия» — хождения прокуроров «по камерам тюрем и фотографирование подозрительных мест на теле заключенных, устанавливая следы побоев, нанесенных заключенным», поощрение заключенных писать жалобы на следователей. В результате в тюрьмах, утверждал Берия, «образовались заговоры и организованное объявление голодовок». В «провокационной» линии по отношению к органам НКВД Берия с подачи начальников отдельных управлений НКВД обвинял и некоторых судей. При рассмотрении дел они, по утверждению Берии, «проводили линию на смазывание отдельных преступлений и компрометацию следствия. Зачастую дела возвращает на доследование лишь по клеветническим заявлениям обвиняемых, а в некоторых случаях по этим же основаниям выносит оправдательные приговоры и освобождает арестованных […]». Берия вновь просил «дать соответствующие указания местным органам» и о принятых мерах «поставить в известность НКВД СССР»[928].