В контратаках японцы начали использовать 11-дюймовые мортиры, и делали это весьма успешно. Никто не ожидал использования осадной артиллерии в боях полевых армий, тем более в горном районе. Сверхмощные снаряды буквально сносили русские полевые укрепления{1695}. Русская тяжелая артиллерия также использовалась в боях, но крайне малоээфективно. Обстрелы скорее производили моральный, чем физический эффект — у японцев почти не было потерь{1696}. Особенно высокие потери за 2 недели боев понес 219-й пехотный Юхновский полк. Потери вызывали озлобление — при малейшем подозрении китайцев задерживали как шпионов. Таких «разведчиков» к концу боев ловили постоянно{1697}. Их судьба была плачевной — подозреваемых в шпионаже обычно казнили без особых формальностей{1698}. Положение постепенно стабилизировалось на позициях, откуда начиналось русское наступление. Силы японской и русской армий были истощены. Потери русских составили 41 351 чел., из них 11 000 убитых, японцев — более 20 000 чел., из них около 4 000 убитыми{1699}. В ходе боев русская армия потеряла 43 орудия и 60 зарядных ящиков{1700}.

Планы Куропаткина вновь не были осуществлены, никакого облегчения осажденному Порт-Артуру наступление на Шахэ не принесло. После значительного урона русский Главнокомандующий вновь вернулся к традиционной тактике выжидания, занявшись усилением укреплений Мукдена. Активные работы здесь поначалу активно велись с апреля по июнь 1904 г., после отступления из Ляояна они активизировались{1701}. Здесь Куропаткин собирался получить новые подкрепления, встретить с превосходящими силами будущую японскую атаку и, отразив ее, перейти в контрнаступление. Это полностью соответствовало планам противника. Уже во время боев на Шахэ японская армия столкнулась с проблемой недостатка боеприпасов. Попытки резко увеличить собственное производство в Японии окончились неудачей, а на выполнение заказов, сделанных за рубежом, как и на их доставку в действующую армию требовалось время{1702}. А пока японцы также активно укрепляли свои позиции перед Мукденом, во многих местах это были сооружения, рассчитанные на многоярусный ружейный огонь, с искусственными заграждениями перед ними{1703}. Выжидательная тактика Куропаткина давала возможность Ойяме выйти из кризиса с боеприпасами и торопить Ноги со взятием Порт-Артура.

10(23) и 13(26) октября 1904 года последовали распоряжения Николая II о назначении ген. Куропаткина Главнокомандующим армиями: Маньчжурская армия разворачивалась в три, командование которым было поручено генералам от инфантерии Н. П. Линевичу (1-я армия), О.-Ф. К. Гриппенбергу (2-я армия), генералу от кавалерии А. В. Каульбарсу(3-я армия). Это были командующие Приамурским, Виленским и Одесским Военными округами{1704}. 12(25) октября от должности Наместника был отстранен Алексеев. Последним его занятием было рассмотрение распоряжения императора о плане присоединения Манчжурии к России после победоносного завершения войны (население Сибири в 1905 г. равнялось 5 760 169 чел.{1705}., в 2,5 раза меньше, чем в Манчжурии). Считалось, что это будет достаточной компенсацией, т. к. контрибуции от Японии получить не удастся. Еще 10(23) октября Алексеев настаивал на обязательном включении контрибуции в условия будущего мира…{1706}

После отстранения Наместника с формальным двоевластием в командовании было покончено. Куропаткин сделался единственным распорядителем русскими военными силами на Дальнем Востоке. И вновь японское командование начало торопить Ноги со взятием Порт-Артура. Японская артиллерия активно и все с большим успехом обстреливала внутреннюю гавань. С 26 сентября(9 октября) по 18(31) октября японцы добились 41 попадания в корабли 11-дюймовыми снарядами и 26 — 120-мм и 6-дюймовыми снарядами. 17(30) октября двумя попаданиями 11-дюймовых снарядов был потоплен плавгоспиталь «Ангара», стоявший под флагом Красного Креста{1707}. В тот же день начался третий штурм крепости. «Третий штурм Порт-Артура, — отмечал британский офицер при штабе осадной армии, — был ужасной трагедией. Прежние штурмы в сравнении с ним были только стычками и прелюдией»{1708}.

Приказа начать атаку русской крепости японские солдаты и офицеры ждали уже несколько недель{1709}. 3 ноября страна Восходящего солнца праздновала день рождения Микадо, и армия Ноги рвалась вперед, для того, чтобы приподнести своему императору подарок{1710}. 30 октября началась артиллерийская подготовка. Японская артиллерия сочетала огонь фугасными снарядами, разрушавшими долговременные укрепления и шрапнелью, которая должна была вычищать от русской пехоты траншеи. 280-мм. снаряды играли роль главных разрушителей{1711}. Только в этот день по крепости было выпущено 1800 11-дюймовых снарядов. Всего же тяжелая артиллерия выпустила около 20 тыс. снарядов. Зрелище от обстрела с японских позиций было потрясающим. «Дым от тысяч рвущихся снарядов и шрапнелей разостлал свой голубоватый покров над всей местностью, умеряя все яркие оттенки, смягчая все резкие линии и скоплялся в долинах и ущельях, представляя как бы вечернюю мглу. Ежесекундно вспыхивали клубки белого дыма и большие столбы красноватой пыли, скрывая лучи солнца, которые нежно их освещали, окрашивая в золотые и медные тона, и самые пестрые цвета»{1712}. С позиций, занимаемых штабом Ноги казалось, что «…холмы охвачены громадным пожаром»{1713}.