Балагер сознавал крайнюю государственную необходимость сохранить лесные водоразделы, чтобы удовлетворить энергетические потребности республики с помощью гидроэлектроэнергии, а также чтобы обеспечить водоснабжение для промышленных и бытовых нужд. Вскоре после того, как Балагер стал президентом, он начал действовать решительно. В стране были запрещены любые коммерческие лесозаготовки и закрыты все лесопильные заводы. Это вызвало сильное сопротивление богатых и влиятельных семейств, в ответ возобновивших лесозаготовительные операции скрытно, в отдаленных лесных районах. Принадлежащие им лесопилки работали по ночам. Балагер отреагировал еще более радикальными мерами, он лишил министерство земледелия полномочий по вооруженной охране лесов и передал их армии, а также объявил незаконную вырубку лесов преступлением против государственной безопасности. Для того чтобы остановить вырубку лесов, вооруженные силы приступили к выполнению программы разведывательных полетов и военных операций, которые достигли кульминации в 1967 году. Это был один из поворотных моментов доминиканской экологической истории. Военные предприняли ночной налет на большой тайный поселок лесозаготовителей. В последовавшей перестрелке погибли около дюжины лесорубов. Это стало шоком для лесозаготовителей. Пока незаконные вырубки продолжались, проходили дальнейшие военные рейды, во время которых гибли лесорубы. В итоге нелегальные вырубки значительно сократились во время первого периода правления Балагера (с 1966 по 1978 год, включая три последовательных срока полномочий).

Это была лишь одна из серьезных мер по защите окружающей среды, предпринятых Балагером. Некоторые из них заключались в следующем. В течение восьми лет, когда Балагер не находился у власти, с 1978 по 1986 год, другие президенты снова открыли некоторое количество лесопилок и вновь разрешили основать несколько лесозаготовительных поселков, а также позволили возрасти производству древесного угля. В первый же день своего возвращения на пост президента в 1986 году Балагер издал указ о повторном закрытии лесозаготовительных поселков и лесопилок, а на следующий день направил военные вертолеты для обнаружения незаконных лесозаготовок и вторжений в национальные парки. Возобновились военные операции по захвату и аресту лесорубов, а также по выселению из национальных парков бедных скваттеров вместе с богатыми сельскохозяйственными предприятиями и большими особняками (некоторые из этих людей принадлежали к личным друзьям Балагера). Самая известная из этих операций произошла в 1992 году в национальном парке Гаитисес (Лос Аитисес), в котором было уничтожено 90 процентов лесного покрова. Тогда войска выгнали из парка тысячи незаконных поселенцев. Два года спустя, во время следующей подобной операции, которой руководил лично Балагер, военные разрушили бульдозерами роскошные дома, построенные зажиточными доминиканцами в национальном парке «Хуан Б. Перес». Балагер запретил применение огня в качестве сельскохозяйственного метода и даже принял закон (который, как оказалось, трудно было воплотить в жизнь), гласивший, что каждое ограждение должно состоять большей частью из живых деревьев вместо срубленных бревен. Чтобы свести к минимуму использование доминиканской древесины и заменить ее чем-то равноценным, Балагер принял следующие меры. Во-первых, был открыт рынок для импорта древесины из Чили, Гондураса и США, что уменьшило необходимость использовать древесину из собственных резервов страны. Во-вторых, было сокращено традиционное производство древесного угля (ставшее бедствием для Гаити). Для этого Балагер заключил договор с Венесуэлой на импорт сжиженного природного газа, инициировал строительство нескольких газовых терминалов, выделил средства на компенсацию стоимости газа населению, чтобы сделать невыгодным использование древесного угля. Он также обязал компании поставлять газ населению без учета стоимости газовых кухонных плит и баллонов, чтобы склонить людей отказаться от использования древесного угля. Президент повсеместно развивал систему природных заповедников, объявил о создании двух прибрежных национальных парков, первых в стране, присоединил к доминиканской территории две подводных отмели в океане в качестве заповедников для горбатых китов, настоял на охране прибрежных полос (в пределах 20 ярдов для рек и в пределах 60 ярдов для побережья), а также заболоченных территорий, и запретил охоту на 10 лет. Балагер подписал в Рио-де-Жанейро конвенцию по защите окружающей среды. Он оказывал давление на промышленность по поводу производственных отходов, предпринял, хотя и с небольшим успехом, несколько попыток сдерживать загрязнение воздуха и ввел большой налог для добывающих компаний. Среди множества планов, представляющих угрозу для окружающей среды, которым препятствовал Балагер, были проекты строительства дороги в порт Санчес, проходящей через национальный парк, дороги, идущей с севера на юг через Центральные Кордильеры, международного аэропорта в Сантьяго, терминала трубопровода в открытом море и дамбы на Мадригале. Он отказывался ремонтировать уже существующую дорогу через нагорья, в результате чего та стала почти непригодной для использования. В Санта-Доминго Балагер создал аквариум, ботанический сад и музей естествознания и восстановил национальный зоопарк. Все эти сооружения стали главными достопримечательностями столицы.

В возрасте 94 лет Балагер совершил свой последний политический акт — он объединился с избранным, но еще не вступившим в должность президентом Мейей, чтобы блокировать план президента Фернандеса, направленный на сокращение и ослабление системы природных заповедников. Балагер и Мейя добились поставленной цели благодаря искусному законодательному маневру. Они внесли в предложение президента Фернандеса поправку, которая превращала систему природных заповедников из субъекта исполнительной власти (следовательно, доступного для изменений) в субъект власти законодательной, в том состоянии, в котором она существовала в 1996 году на момент окончания президентства Балагера, до планов Фернандеса. Таким образом, Балагер закончил свою политическую карьеру тем, что сохранил систему заповедников, которой уделял так много внимания.

Эти действия Балагера явились кульминацией эры государственного экологического контроля в Доминиканской Республике. В то же время возобновились общественные усилия по охране природы, которые при Трухильо почти сошли на нет. В 1970-х и 1980-х годах ученые составили опись большей части прибрежных, морских и земных природных ресурсов Доминиканы. Хотя доминиканцы медленно возвращались к личному гражданскому участию в жизни общества после многолетней диктатуры Трухильо, в 1980-е годы возникало множество неправительственных организаций, в том числе несколько дюжин организаций по охране окружающей среды, которые становились все более эффективными. В отличие от ситуации во многих развивающихся странах, где усилия по защите окружающей среды в основном предпринимаются филиалами международных природоохранных организаций, в Доминиканской Республике общественной движущей силой являются местные неправительственные организации, связанные с охраной окружающей среды. Наряду с университетами и Доминиканской академией наук эти организации в настоящее время стали лидерами доминиканского движения в защиту окружающей среды.

Почему Балагер упорно осуществлял столь обширный комплекс мероприятий по защите окружающей среды? Многим из нас трудно примирить эту несомненно дальновидную и решительную политику по охране окружающей среды с другими его деяниями. В течение 31 года он служил при диктаторе Трухильо и поддерживал его во время массовых убийств гаитян в 1937 году. В конце концов он стал марионеточным президентом при Трухильо, но также занимал посты, где пользовался влиянием, например пост государственного секретаря. Всякий, желающий работать с таким человеком, как Трухильо, немедленно навлекает на себя подозрения и пятнает свое имя из-за близости к нему. Но Балагер совершал злодеяния и после гибели Трухильо — злодеяния, ответственность за которые лежит лично на нем. Хотя он честно выиграл президентские выборы в 1986 году, но прибегал к обману, насилию и запугиванию, чтобы обеспечить свое избрание в 1966 году и переизбрание в 1970, 1974, 1990 и 1994 годах. Балагер использовал собственные команды головорезов для убийства сотен или даже тысяч членов оппозиции. Он отдавал приказы о многочисленных насильственных выселениях бедняков из национальных парков. Многие незаконные лесорубы были убиты с его молчаливого согласия или же по прямому приказу. Он закрывал глаза на широко распространенную коррупцию. Балагер принадлежал к традиционным латиноамериканским авторитарным политикам, или «каудильо». Среди характерных для него высказываний есть и такое: «Конституция — всего лишь лист бумаги».