В 428 г. пелопоннесцы не стали продолжать операции на западе. Афинский флот из 30 кораблей разорил побережье Лаконии и отрядил 12 кораблей в Навпакт; там они присоединились к акарнянам в безуспешном нападении на Эниады, а потом понесли тяжелые потери в набеге на Нерик поблизости от Левкаса. Обе стороны оказались в тупике: пелопоннесцы не сумели вытеснить афинян, а афиняне, имея лишь 12 кораблей и не получая ощутимой помощи от Закинфа, Кефаллении и Керкиры, не могли эффективно блокировать морскую торговлю Пелопоннеса. В том же году пелопоннесцы снова разорили Аттику и продолжили осаду Платеи – обе акции нанесли больше вреда моральному состоянию афинян, чем афинской военной мощи. Сами Афины по-прежнему были слишком слабы, чтобы перехватить инициативу. В южной части Эгейского моря они заставили Феру платить дань, но не сумели покорить Кидонию на северо-западе Крита. Таким образом, южный путь оставался открыт для пелопоннесских грабителей и купцов. В Халкидике афиняне почти ничего не добились после капитуляции Потидеи. Ни одна сторона не смогла заручиться поддержкой Персии. Пелопоннесские послы, отправившиеся в 430 г. ко двору царя царей, были арестованы во Фракии Ситалком и переданы афинянам, которые казнили их без суда.

Всеобщий застой на театрах военных действий закончился в июне 428 г. восстанием на Лесбосе, крупнейшем и богатейшем острове в восточной части Эгейского моря. Организатором восстания выступила Митилена. Она намеревалась объединить лесбосские города под своим политическим контролем, создать крупный флот, построить более сильные укрепления и доставить на остров запасы зерна и наемных лучников. Но об этих планах сообщили в Афины. Встревоженные афиняне, еще помнившие Самосское восстание, втайне приняли спешные меры к укреплению Метимны, единственного полиса на острове, который сохранил им верность, и блокировали обе гавани Митилены, построив укрепленные морские базы по обе стороны от города. Тем временем митиленцы дважды посылали в Спарту эмиссаров, которые срочно требовали помощи и говорили о мощи митиленского флота. На Олимпийских играх в августе 428 г. они обратились к представителям Спартанского союза. Пелопоннесцам, заявили они, предоставляется прекрасная возможность. Лесбос и Хиос остались единственными государствами в Афинской империи, имеющими флот. Если бы пелопоннесцы послали подмогу Митилене, одновременно напав на Афины с суши и с моря, то это вызвало бы всеобщее восстание во всем Эгейском бассейне и возникла бы возможность воспользоваться тем, что Афины сильно ослабли в результате нескольких лет мора и непомерных денежных расходов. Спартанский союз принял Лесбос в свои ряды и решил действовать в соответствии с предложением митиленских послов. Спарта отрядила две трети союзной армии для нового вторжения в Аттику и начала подготовку к переброске боевых кораблей из Коринфского в Саронический залив. Но союзники действовали менее энергично. В горах пелопоннесцы все еще убирали урожай, поскольку это за них не сделали бы никакие илоты; к тому же они устали от ежегодных кампаний. Поэтому они собирались медленно и неохотно. Тем временем афиняне продемонстрировали решительность и энергию. Они уже имели на море 70 кораблей – 30 у берегов Пелопоннеса и 40, блокировавших митиленские гавани, – но снарядили еще 100 кораблей, набрав в моряки всех, каких только можно граждан ниже класса всадников, и продолжили опустошать восточное побережье Пелопоннеса. Поэтому спартанцы отказались от плана вторжения в Аттику. Они приказали своим союзникам снарядить к лету 427 г. 40 кораблей.

Медлительность Спартанского союза и энергичность Афин решили судьбу Митилены. После того как спартанцы отменили свой план, Афины переправили на остров тысячу гоплитов и осадили Митилену с суши и с моря. Когда продовольствие подошло к концу, а обещанной помощи с Пелопоннеса не поступило, митиленские олигархи оказались в отчаянной ситуации и по совету лакедемонянина Салаета, который зимой пробрался в город, вооружили простой народ с намерением сделать вылазку. Но вооруженные жители собрались и пригрозили сдать город афинянам. Тогда олигархи сдались Пахесу, афинскому командиру, условившись с ним отправить митиленских послов в Афины, чтобы афинский народ определил условия капитуляции.

Неделю спустя 42 пелопоннесских корабля под командованием спартанца Алкида втайне от Пахеса прибыли к Эмбатону на азиатском побережье. В мае пелопоннесцы вторглись в Аттику и встали там лагерем, так что все афинские силы были заняты обороной города. Тем временем Алкид медленно и осторожно вел свою эскадру от мыса Тенарон через Делос, Икарию и Миконос к Эмбатону. Оттуда, вместо того чтобы напасть на армию Пахеса в Митилене или захватить базу в Ионии с целью поднять всеобщее восстание и заручиться поддержкой персидского сатрапа Писсутна, как предлагали его советники, Алкид отступил к Эфесу, а затем бежал на юго-запад к Пелопоннесу, преследуемый по пятам эскадрой Пахеса. Его трусливое бегство сопровождалось убийствами всех захваченных моряков, пока самосцы не предупредили его, что он настраивает против себя всех друзей Пелопоннеса. Когда Алкид ушел, Пахес изгнал из Нотия контролировавшую его проперсидскую партию и для укрепления города поселил в нем лояльных беженцев из Колофона, а позже и афинских колонистов. Затем он захватил подстрекателей восстания на Лесбосе и отправил их с Салаетом в Афины, где митиленские послы дожидались слушаний.

Афиняне, получив известие о выходе пелопоннесского флота в Эгейское море, были крайне встревожены, а когда опасность миновала, дали волю своему гневу. Салает был казнен незамедлительно, после чего народное собрание решило участь Лесбоса. После смерти Перикла в городе не появилось политиков равного ему уровня, а претенденты на власть старались потакать настроениям народа. В данном случае Клеон, человек, чья энергия граничила с жестокостью, предложил и провел указ, по которому все взрослые мужчины в Митилене подлежали казни, а все остальные жители – продаже в рабство. К Пахесу была отправлена трирема с приказом действовать незамедлительно. На следующий день настроение народа изменилось, и он начал сожалеть о своем жестоком решении. Народное собрание провело новое заседание. Клеон защищал вчерашний указ на том основании, что во время войны имперская власть не может позволить себе уступки и должна карать восставших смертью. Его главный противник Диодот утверждал, что подобные террористические методы не предотвратят новых восстаний в подчиненных государствах, а лишь вынудят восставших сопротивляться до конца, а разрушение Митилены отразится на афинских доходах. Голоса разделились почти поровну, однако незначительным большинством было принято предложение Диодота отменить предыдущий указ. Поспешно отправили вторую трирему – моряки ели не переставая грести, спали посменно и вошли в гавань Митилены в тот момент, когда Пахес прочел указ, доставленный первой триремой, и был готов привести его в исполнение. Вместо этого Митилена только лишилась стен, кораблей и своих владений на азиатском побережье. Вся земля на острове, за исключением территории Метимны, была разделена на 3 тысячи участков, из которых 300 было посвящено богам, а остальные розданы во владение афинским поселенцам; лесбосцы обрабатывали землю и платили 100 талантов арендной платы в год. По предложению Клеона подстрекатели восстания, содержавшиеся в Афинах, были казнены. Всего их насчитывалось больше тысячи.