Начало же операции было откровенно бездарным: первые 20 минут велась беспорядочная стрельба по больнице (якобы для «истощения боезапаса боевиков»), потом в небе появились вертолеты. В результате всех этих действий не удалось подавить даже огневые точки противника на третьем этаже больницы, где заложников не было вообще. И только через 25 минут спецподразделения пошли на штурм, который продолжался в течение 4 часов и имел определенные успехи — спецназовцы сумели отбить все здания на территории больницы, кроме главного корпуса, и освободить находившихся там 95 заложников. Около 300 человек были освобождены в предшествующие 2 дня путем переговоров. Однако на тот момент в руках террористов все еще оставалось более 1500 заложников.

В ходе боя в больнице начался пожар. Далее версии расходятся. Так, по версии спецназовцев, они отошли после того, как поняли, что без больших потерь больницу не освободить. По версии заложников, Басаев через парламентеров предложил приостановить штурм в обмен на освобождение беременных, детей и большей части оставшихся женщин. Но по данным врачей, отправленных с этим предложением, для прекращения огня потребовалось вмешательство премьера Черномырдина (с ним связались через правозащитника С. Ковалева).

В ходе первого штурма легендарная группа «Альфа» потеряла троих бойцов убитыми, это были крупнейшие разовые потери с момента создания спецподразделения. Например, даже при штурме дворца Амина в Кабуле в 1979 году было убито только двое бойцов этой группы.

Тем не менее в этот же день был предпринят второй штурм, более скоротечный, но безрезультатный — атакующих прижали к земле пулеметным огнем. Когда спецназовцы добрались до здания и попытались закидать противника гранатами со слезоточивым газом, то выяснилось, что у басаевцев в распоряжении есть даже противогазы.

В итоге, после двух провалившихся попыток штурма, 18 июня при посредничестве правозащитника С. Ковалева начались прямые переговоры между Басаевым и Черномырдиным. В обмен на освобождение заложников премьер согласился на прекращение боевых действий в Чечне и начало мирных переговоров. Басаеву и его боевикам предоставили автобусы для возвращения в Чечню и гарантии безопасности. Впрочем, чеченский полевой командир подстраховался — в автобусах вместе с его отрядом были размещены 120 заложников, тех, кто сам согласился поехать, чтобы освободить из больницы остальных. Среди этих добровольцев были журналисты, депутаты Госдумы и Совета Федерации.

Проигравшие силовики еще намеревались взять реванш, смыв свой позор кровью сограждан. По данным журналистов, планировалось нанести ракетный удар с вертолетов по автобусам, после того как колонна покинет территорию Ставропольского края. Эти планы были сорваны сначала президентом Северной Осетии Галазовым, который запретил проход колонны по территории республики, а потом депутатами-заложниками (их переговоры с Черномырдиным по спутниковой связи и звонок премьера в штаб руководства операцией предотвратили кровавый финал на ставропольско-дагестанской границе). По прибытии в горное село Зандак (Юго-Восточная Чечня) чеченцы отпустили заложников.

Итог буденновской трагедии был шокирующим. По официальным данным, всего с российской стороны погибло 129 человек (в том числе 18 работников милиции и 17 военнослужащих), 415 человек получили огнестрельные ранения различной степени тяжести.[105]

По материалам газеты «Московский комсомолец» от 14 июня 1999 года, потери были выше — всего погибло 193 человека (из них 33 заложника были убиты во время штурма больницы), 393 человека ранено. По рассказам врачей, находившихся в больнице, часть заложников погибла не в ходе штурмов, а в результате бессмысленных обстрелов больницы российскими подразделениями, в том числе уже в период переговоров.

Потери Басаева составили, по официальным данным, 19 человек убитыми. Кроме того, 20 боевиков было ранено, а еще около 20 сбежали из больницы и были казнены Басаевым уже в Чечне как дезертиры.

По данным же «Мемориала», потери боевиков убитыми были несколько ниже — 16 человек, притом 13 из них погибли в первый день в ходе боя с буденновскими милиционерами, остальные — во время штурмов больницы.

В 2005 году Главное управление Генпрокуратуры РФ в Южном федеральном округе сообщило, что всего в банде, которая напала на Буденновск, было 195 человек. К 14 июня 2005 года 30 участников нападения были убиты, еще 20 — осуждены и приговорены к длительным срокам лишения свободы.

Организатор теракта в Буденновске Шамиль Басаев был уничтожен в ночь на 10 июля 2006 года на окраине селения Экажево Назрановского района Ингушетии в результате спецоперации.

В мае 2006 года Нур Магомед Хатуев, участвовавший в нападении на Буденновск, был приговорен к 12 годам лишения свободы. Несколько лет он находился в федеральном розыске, в мае 2005 года был задержан в Минске и экстрадирован в Россию. На допросе Хатуев признал свою вину в инкриминируемых ему деяниях, однако отказался от дачи показаний на основании статьи 51 Конституции РФ.

В июле 2009 года суд Ставрополья признал виновными в терроризме и бандитизме двух членов банды Басаева Абубакара Межиева и Игоря Соколова, которые участвовали в вооруженном нападении на Буденновск в 1995 году, и приговорил их, соответственно, к 11 и 13 годам лишения свободы в колонии общего режима.

Российская армия, МВД, ФСБ продемонстрировали свою неспособность локализовать войну в пределах Чечни и лживость заявления о «победе над дудаевцами». Федеральный контроль над занятой территорией не помешал чеченцам атаковать Грозный и вынести боевые действия на Ставрополье. Начавшиеся после этой трагедии российско-чеченские мирные переговоры давали нашей стране шанс завершить войну, хоть и ценой унизительного поражения, но реализован он полностью не был — через полгода, в середине декабря 1995 года, активные боевые действия возобновились.

Кстати, именно после теракта в Буденновске в России был принят специальный закон о борьбе с терроризмом, запрещающий удовлетворять требования бандитов.

В ходе «Буденновского перемирия», заключенного летом 1995 года, в Чечне установилось шаткое равновесие. Режим прекращения огня нарушался с обеих сторон, но до осени конфликты удавалось разрешать за столом переговоров в Грозном. Воспользовавшись этим, многие бойцы чеченских отрядов вернулись в свои села на равнине, легализовавшись как «отряды самообороны».

Осенью ситуация начала накаляться. 6 октября произошло покушение на командующего ОГВ (объединенной группировки войск) генерала Романова. В апреле 1995 года он руководил печально известной операцией по «зачистке» села Самашки. Теперь же генерал возглавлял российскую делегацию на мирных переговорах. В результате подрыва автомобиля генерал получил серьезную черепно-мозговую травму (долгое время был в коме, до сих пор находится на излечении в госпитале в Москве), переговорный процесс был прерван. По чеченским селам немедленно были нанесены «удары возмездия», российская сторона пыталась (пока безуспешно) уничтожить президента Ичкерии генерала Дудаева.