Владыка Феофил вошел в историю как последний владыка республики Святой Софии, но время его владычества — это период деградации новгородской архиепископской кафедры. В отличие от своих предшественников Феофил очень мало строил, больших строительных работ во время его владычества в Новгороде не велось. Вероятно, в условиях острой внутриполитической борьбы 1470-х гг. строительная деятельность отошла на второй план. Исследователи относят ко времени правления Феофила Никольскую церковь в Гостинополье, так как в 1475 г. в этот храм были вложены богослужебные книги и колокол. К 1470-м гг. могут относиться Никольские церкви Полистского и Сокольницкого монастырей, церковь Святого Иоанна Богослова в селе Велебицы, Покровская церковь в селе Гора.

По верному замечанию А. С. Хорошева, «в сложных политических хитросплетениях новгородско-московских отношений заключительного периода новгородской независимости, когда перевес великокняжеской власти стал очевиден, софийская кафедра перешла к лавированию, стараясь и сохранить независимость Новгорода, и наладить отношения с великокняжеской администрацией»[1166]. Однако такая тактика не принесла желаемых результатов. Усиление власти великого князя в Новгороде, а затем окончательное падение республики стало смертным приговором устремлениям новгородской церковной организации к независимости от митрополита всея Руси. Церковь в Новгороде была одним из органов государственного устройства. Уничтожение новгородских республиканских органов в 1478 г. повлекло за собой снижение роли новгородского святителя и переход его на положение рядового иерарха в системе русской церковной организации. Одновременно с этим произошел подрыв экономического могущества новгородской церкви в результате экспроприации церковных земель Иваном III. Республика Святой Софии перестала существовать.

В отечественной историографии гибель республики Святой Софии принято называть «присоединением к Москве» и трактовать как прогрессивное событие в рамках объединения русских земель в единую державу[1167]. Образование Русского централизованного государства в XIV–XV вв. — одно из самых важных и многогранных явлений отечественной истории. Однако и в дореволюционной и в советской России практиковалась односторонняя оценка этой эпохи. Любые действия, ведущие к усилению Московского княжества, рассматривались историками как прогрессивные и этически оправданные, а любое им противодействие — как проявление реакции и даже как предательство национальных интересов России. В этом же ключе подавалась и история падения республики Святой Софии. Иной взгляд на «присоединение» высказал Р. Г. Скрынников в монографии «Трагедия Новгорода»: «Древний город пережил подлинную трагедию… Экспроприация всех новгородских бояр доказывала, что речь шла не об объединении Новгорода с Москвой, а о жестоком завоевании, сопровождавшемся разрушением всего традиционного строя общества…»[1168]

Речь идет о событиях 1484 г., когда «прииде великому князю обговор на новгородци от самих же новгородцев, яко посылалися братья их новугородци в Литву к королю. Князь велики посла и пойма их всех болших и житьих людей, человек с тридцать, и домы их повеле разграбити и повеле их мучати на Иванове дворе…»[1169] Впоследствии обвиненных в измене новгородцев государь приказал «заточити в тюрьмы по городом»[1170]. Эти действия великого князя вполне объяснимы — он расправлялся с изменниками (действительными или невинно оклевенанными — вопрос другой). Но Иван III не ограничился наказанием виновных: «Тое же зимы посла князь велики болших бояр новгородцких и боярынь, а казны их и села все велел отписати на себя, а им подавал поместиа на Москве под городом»[1171]. В 1488–1489 гг. великий князь осуществил второй этап новгородского вывода. «Тое же зимы посла князь велики и привели из Новагорода боле семи тысячь житиих людий на Москву, занеже хотели убить Якова Захарьича наместника новгородского; и иных думцев много Яков пересек и перевешал»[1172].

В 1489 г. выводы продолжались: «Тое же зимы князь велики Иван Васильевич приведе из Новагорода из Великого многых бояр и житиих людей и гостей, всех голов болши тысячи, и жаловал их на Москве давал поместиа, и в Володимири, и в Муроме, и в Новегороде Нижнем, и в Переяславле, и в Юреве, и в Ростове, и на Костроме и по иным городом; а в Новгород Велики на их поместиа послал московских много лучших людей…»[1173]

В другой летописи уточняется, что это было продолжение вывода 1488 г.: «Князь велики повеле вывести из Новагорода житьих людей, а вести в Новгород Нижний обговору деля, что наместники и волостели их продавали, и кои на них продажи взыщут, и они боронятся тем, что их, рекши, думали убить; и князь велики москвичь и иных городов людей посла в Новгород на житье, а их вывел, а многих изсечи велел на Москве, что, рекши, думали Якова Захарьича убити»[1174].

Из Новгорода были переселены все состоятельные граждане бывшего вольного города — бояре, житьи люди и купцы, то есть все те, кто прежде активно участвовали в решении государственных вопросов. Те, кто возмутились произволом великокняжеского наместника. Расселив новгородцев по разным городам и раздав новгородские земли своим людям, Иван III обезопасил себя от возможного восстания. В результате этих мер Великий Новгород лишился своей интеллектуальной и политической элиты.

Посетивший в XVI в. Русь Сигизмунд Герберштейн так отзывался о покорении Новгорода Иваном III: «Он явился в Новгород под предлогом благочестия, именно чтобы удержать их в вере, так как якобы они хотели отпасть от русского закона; посредством этой хитрости он занял Новгород и обратил его в рабство, — отнял все имущество у архиепископа, граждан, купцов и иноземцев и, как сообщали некоторые писатели, отвез оттуда в Москву триста повозок, нагруженных золотом, серебром и драгоценными камнями. Я тщательно расспрашивал в Москве об этом обстоятельстве и узнал, что оттуда было увезено гораздо больше повозок, нагруженных добычею. Да это и неудивительно, ибо, по взятии города, он увез с собою архиепископа и всех более богатых и могущественных лиц и послал в их имения, как бы в новые поселения, своих подданных»[1175].