В XIV–XV вв. новгородская церковь представляла собой могущественную организацию, оказывающую влияние на все стороны жизни общества. Структура церкви была весьма развитой и органично встроенной в систему политической власти республики. Система церковного устройства охватывала и черное и белое духовенство. Белое духовенство входило в соборную организацию. В XV в. городские приходские церкви Новгорода были объединены в семь соборных участков во главе с соборными церквами. Связующим звеном черного духовенства была архимандрития. Архимандрит Юрьева монастыря в Новгороде осуществлял связь между черным духовенством и городом, князем, архиепископом, а также во многом контролировал взаимоотношения между самими монастырями.

Новгородская архимандрития не являлась альтернативной организацией, но входила в структуру новгородской церкви. Архиепископ являлся высшим церковным иерархом в рамках Новгородской епархии, вторым по значимости был архимандрит Юрьева монастыря.

Деятельность архиепископов не ограничивалась одними церковными делами, но включала в себя многие политические, экономические и социальные вопросы. При этом исследование взаимоотношений институтов власти Новгородской республики позволяет утверждать, что светские государственные формирования не находились в прямом подчинении у владыки. Законодательные акты Новгорода свидетельствуют о четком разграничении полномочий владыки и посадника, а также других магистратов республики.

Демократизм новгородского общественно-политического строя предопределил и демократизм в церковной сфере. Наглядный пример тому — зрелищность обрядов новгородской церкви. В силу избираемости церковных должностей все священнослужители Новгорода, от попа до архиепископа, ориентировались не на узкий круг знати, а на широкие народные массы. А народ, как известно, всегда желает зрелищ. Языческие традиции «позорищ» и зримых, вещественных чудес были восприняты новгородской церковью и поставлены себе на службу. Прямая зависимость приходских священников от своих прихожан способствовала терпимости к образу жизни новгородцев, во многом не соответствующему православным канонам. Да и сами священники, в силу своей выборности из местных жителей, часто не следовали этим канонам.

Демократизм новгородской церкви проявился и в форме выборов владыки. Новгородским архиепископом мог стать фактически любой грамотный представитель новгородского духовенства, пользующийся уважением среди горожан. Но чтобы стать владыкой, он должен был постричься в монахи (в том случае, если уже им не был). Монашеский постриг подразумевал отказ от мирских страстей. Светский человек, занимающий общественную должность, служит миру, но ждет за это от общества платы, материальной выгоды. Монахи же, уходя от мира, не отказываются при этом служить обществу, но они отказываются служить миру за плату. Смысл деятельности монаха — в бескорыстном служении.

Именно в этом был смысл выборов на высший пост республики священнослужителя из черного духовенства. Новгород не был теократической республикой, просто новгородцы нашли оптимальный для средневековой Руси способ организации верховной власти в условиях демократии. Посадник был главой победившей партии и в силу своей принадлежности к определенному боярскому клану не мог оставаться беспристрастным в ходе политической борьбы. Владыка, благодаря своему монашескому сану, находился вне партий. Его высокое положение давало возможность быть беспристрастным арбитром во внутриполитических конфликтах и влиять на ситуацию не с позиции сиюминутной личной выгоды, а с позиции общественного блага.

Новгородский архиепископ, в отличие от папы римского (возглавляющего теократическое государство), не был главой исполнительной власти. Авторитет владыки по большей части зависел от его личных качеств. Кроме того, архиепископ был представителем на земле покровительницы Новгорода — святой Софии. Атакой небесный патронаж имел очень большое значение для новгородцев с их религиозным мировоззрением.

Для всех слоев населения Новгородской земли и для иностранных партнеров владыка являлся гарантом справедливости и законности, предстоятелем перед Богом за весь Новгород. Политическая борьба вокруг владычной кафедры сводилась к тому, чтобы назначить архиепископом наиболее достойного, с точки зрения той или иной боярской группировки, кандидата.

Тщательное исследование взаимоотношений светских государственных институтов Новгорода XIV–XV вв. и православной церкви позволяет сделать вывод, что свобода церкви в Новгороде была лучше ограждена от произвола светских властей, чем в Москве, где уже с XIV в. удаление митрополитов по воле великого князя сделалось скорее правилом, чем исключением. Гипотеза о том, что избираемый на вече архиепископ не имел достаточной независимости и мог быть сведен со своей кафедры, подобно посаднику и князю, не подтверждается фактами. За два столетия новгородской истории — с XIV до конца XV в. произошел лишь один случай силового смещения владыки — в 1424 г. В пределах православной Руси Новгород нашел, пожалуй, лучшее решение вопроса об отношениях между государством и церковью.

Во внутренней политике новгородские владыки неизменно проводили миротворческую линию, но во внешней не боялись продемонстрировать силу своего государства перед западными соседями и великими князьями. При этом благодаря развитой практике дипломатических посольств, в которые часто входили представители церкви, в Новгороде сложился прогрессивный идеал «мирной победы». В XV в. новгородцы считали высшим достижением несостоявшуюся войну, конфликт, разрешенный «за столом переговоров», а не на поле битвы.

Процесс религиозного творчества, практически не ограниченный церковными запретами, породил в новгородской культуре XIV — нач. XV в. своеобразный сплав православия и язычества. Новгородские владыки этого времени отличались веротерпимостью, они в большей степени были политиками и хозяйственниками, чем священниками-ортодоксами. Таковы архиепископы Василий Калика, Алексий, Симеон, Иоанн.

Однако с развитием христианства на Руси, особенно в период митрополита Киприана, произошло широкое проникновение в Новгород афонских идеалов. В Новгородской земле увеличивается число общежительских монастырей, в которых собираются люди с уже иным мировоззрением, более проникнутые христианством, менее заботящиеся о земных вопросах. Со второй половины XV в. приоритеты новгородских священнослужителей меняются. На архиепископской «степени» богомолец приходит на смену политику. Сам владыка Евфимий II, а следом за ним Иона и Филофей, с детских лет воспитывались в монастырях, следовательно, были оторваны от проблем светской жизни. Вопросы христианства они ставили выше насущных жизненных проблем своей паствы. Официально, согласно Новгородской Судной грамоте, во второй половине XV в. произошло расширение судебных полномочий архиепископа, но на деле в Новгороде начинает твориться «неправый суд» бояр, прикрывающихся именем владыки.

Из действительного «сеньора» — господина Новгородской республики — архиепископ постепенно превращается в некий символ, который боярские группировки используют в своей борьбе за власть. Владыки второй половины XV в. могли предвидеть скорую гибель Республики Святой Софии, но уже не в состоянии были, в силу своих личных качеств, найти пути предотвращения этой гибели. Авторитет владыки, а вместе с ним и церкви в целом, неотвратимо падал в Новгороде, доказательство чему — немыслимые прежде глумления «жидовствующих» над идеалами православия.