В 1898 г., после отставки с поста министра, Ванновский был назначен членом Государственного совета. С 1898 г. шеф 131 Тираспольского пехотного полка. Состоял почётным президентом Военно-медицинской академии (с 1890 г.), почётным членом Петербургской АН (с 1888 г.), Императорского Русского географического общества (с 1891 г.) и академий: Николаевской Генерального штаба, Михайловской артиллерийской и Николаевской инженерной. За государственную деятельность удостоен всех высших российских орденов, до ордена Св. апостола Андрея Первозванного включительно (1896). В феврале 1899 г., по распоряжению императора Николая II возглавил комиссию, расследовавшую причины студенческих беспорядков в Петербургском университете и выявившую роль полиции, спровоцировавшей волнения среди молодёжи. После убийства Н. П. Боголепова с 24 марта 1901 г. Ванновский почти в 80-летнем возрасте назначен министром народного просвещения. Подготовка реформы системы среднего образования в духе реформ 1860-х гг. и попытка осуществить изменения в порядках высших учебных заведений вызвала резкое неприятие Николая II. С 11 апреля 1902 г. Пётр Семёнович был уволен со всех должностей. Скончался в С. — Петербурге внезапно, в ночь на 17 февраля 1904 г. на 82-м году жизни, до последнего дня страстно волнуясь текущими событиями и неутешительными известиями с театра Русско-японской войны. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры.

Ненамного пережил его и Н. Н. Обручев. Также под влиянием несчастных для России событий он скончался 25 июня 1904 г. на 74 году жизни во Франции, в замке Жор, имении своей жены-француженки. Следует добавить к вышесказанному, что в годы правления Александра III Обручев, занимая высокий пост, показал себя неутомимым тружеником, работая по 10-12 часов ежедневно, как говорится, в поте лица. Он принимал самое непосредственное участие в разработке всех вопросов первостепенной важности по совершенствованию отечественных вооружённых сил. Осуществлял руководство работой различных комиссий военного ведомства: по созданию нового положения о полевом управлении войск в военное время, по переустройству кавалерии и сапёрных войск, по вопросам минной и береговой обороны, по отработке планов войны с Германией и Австро-Венгрией. По инициативе Обручева или при его участии в России были сформированы 3 армейских корпуса, сведены в корпуса Кавказские и Туркестанские войска, введена систем резервных войск; в полевой артиллерии развёрнуты стрелковые артиллерийские дивизионы и мортирные полки; в инженерных войсках введён железнодорожный телеграф, образованы воздухоплавательные батальоны и роты и созданы крепостные инженерные части. По предложению Обручева учреждены были казарменные комиссии, соорудившие казармы с офицерскими флигелями для 170 войсковых частей, проложены стратегические шоссе на 1650 вёрст, усилены укрепления и вооружения Кронштадта, Киева, Варшавы, Новогеоргиевска, Бреста, Зегрежа, Осовца и Владивостока (86а, т. 17, с. 82). По словам генерал-адъютанта А. Н. Куропаткина (военного министра в 1898-1904 гг.), «талантливым и энергичным руководством генерала Обручева наша боевая готовность была очень приподнята сравнительно с ещё недавним временем» (326, т. 2, с. 152). В 1887 г. Обручев был произведён в генералы от инфантерии, 30 августа 1893 г. назначен членом Государственного совета, с оставлением в занимаемых должностях и званиях. Был автором ряда военно-теоретических и литературных работ.

Во внимание к его заслугам 13 июня 1898 г. последовал приказ о переименовании форта «В» Кронштадтской крепости в форт Генерал-адъютант Обручев. Кроме того, его имя было присвоено одной из станций Закавказской железной дороги.

Есть основание полагать, что в правление Александра III не было недостатка в крупных военных деятелях. Кроме вышеназванных лиц влиятельными соратниками царя в военном управлении являлись генералы М. И. Драгомиров, «суровый победитель Балкан» И. В. Гурко, прославившийся в Севастополе Э. И. Тотлебен, «белый генерал» М. Д. Скобелев, главный военный прокурор св. князь А. К. Имеретинский, главный начальник военно-учебных заведений Н. А. Махотин. Каждый из них внёс свой весомый вклад в развитие вооружённых сил России.

Слава Драгомирова как учёного, писателя, педагога и начальника достигла высшего предела во время его командования Киевским военным округом в период 1889-1903 гг. (см. о нём § 3, гл. 2). С 1897 г. Драгомиров занимал пост киевского, подольского и волынского генерал-губернатора. За 2 года до смерти в 1903 г. он был введён в состав Государственного совета. Образ Драгомирова запечатлён И. Е. Репиным в картине «Запорожцы пишут письмо турецкому султану» (1878-1891, Русский музей). Он изображён в правой части полотна над писарем. В зубах его трубка, а на лице застыла ироническая усмешка.

О многих трудах Драгомирова, переведённых на иностранные языки, лестно отзывалась западно-европейская печать. Практически разные вопросы жизни, службы, быта, обучения и подготовки армии решались при его участии. Издававшиеся уставы и наставления для войск, также несли на себе признаки его причастности. Система обучения и воспитания войск Драгомирова, его взгляды на военное дело имели как горячих поклонников, так и ярых противников. Михаил Иванович придавал большое значение нравственно-психологическому фактору, т. е. человеку, верил в «чудо-богатырей», воскресить которых он хотел осуществлением поучений А. В. Суворова. «Человек больших достоинств, — справедливо писал Керсновский, — он имел и большие недостатки, сделавшие его влияние на армию в конечном счёте отрицательным. Взяв в основание вечную и непреложную истину о первенстве морального, духовного элемента, он свёл её к отрицанию военной науки вообще, и стратегии в частности, своего рода военному нигилизму. Всё военное дело низводилось им к тактике, а тактика — к тому, чтобы «брать нутром». Драгомиров противопоставлял дух технике, не сознавая, что техника отнюдь не враг духа, а его ценный союзник и помощник, позволяющий сберечь силы и кровь бойца. Все свои тактические расчёты драгомировская школа строила на грудах человеческого мяса, потоках человеческой крови — и эти взгляды, преподанные с кафедры заслуженным профессором, а затем и начальником академии, имели самое пагубное влияние на формацию целого поколения офицеров Генерального штаба — будущих «минотавров» Мировой войны. Считая, что всякого рода техника ведёт непременно к угашению духа, Драгомиров всей силой своего авторитета противился введению магазинного ружья и скорострельной пушки, которыми уже были перевооружены армии наших вероятных противников. Когда же, несмотря на всё его противодействие, скорострельные орудия были введены, Драгомиров всё-таки добился, чтобы они были без щитов, «способствующих робости». Результат — растерзанные трупы тюренченских и ляоянских артиллеристов, зря пролитая драгоценная русская кровь» (152а, с. 23).

Драгомиров ошибочно принимал чувство самосохранения вредным для военного человека, выступал решительным противником приспособления к местности и самоокапыванию. Неслучайно он был противником залегания цепи во время наступления.

«Принятую Драгомировым систему воспитания войск, — подчёркивает Керсновский, — нельзя считать удачной. В бытность его начальником дивизии он развил инициативу частных начальников — батальонных и ротных командиров — до высокой степени совершенства. Став же командующим войсками, всячески подавлял инициативу подчинённых ему корпусных командиров и начальников дивизий. Обратив всё своё внимание на индивидуальное воспитание солдата («святой серой скотинки»), Драгомиров совершенно проглядел офицера, более того, сознательно игнорировал офицера (его всегдашнее иронически-презрительное «Гас-па-дин офицер!»). Нарочитым умалением, унижением офицерского авторитета Драгомиров думал создать себе популярность как в солдатской среде, так и в обществе. Памятным остался его пресловутый приказ: «В войсках дерутся!» — незаслуженное оскорбление строевого офицерства… Впоследствии, болезненно переживая первую русскую смуту, он рекомендовал офицерам «корректность, выдержку и остро отточенную шашку». Заботься Драгомиров в своё время о поднятии офицерского авторитета, ему, пожалуй, не пришлось бы на склоне своих лет давать подобные советы…