После потери Китай-города поляки из московского гарнизона окончательно поняли, что им следует сдаться. К руководителям ополчения были отправлены парламентарии, которые обговорили условия капитуляции. Первыми из ворот Кремля должны были выйти московские бояре и другие представители знати. Д. Т. Пожарский должен был взять их под свою защиту и гарантировать безопасность. На следующий день, 26 октября, следовало сдаться полякам во главе со Струсем. Им полагалось отправиться в расположение полков Трубецкого.

В итоге, как отметили современники, бояр никто не тронул, хотя казаки и пытались их ограбить. Пожарский даже помог некоторым «семибоярщикам» беспрепятственно покинуть Москву и уехать в свои имения. Поляки же были полностью ограблены и побиты казаками.

После взятия Кремля руководители ополчения занялись наведением в столице порядка. Царская резиденция в это время представляла собой ужасное зрелище. Дворец был лишен крыши, полов и оконных рам. Все это было выломано на дрова. В церквах были стойла для лошадей, всюду валялись кучи мусора, а в подвалах были обнаружены чаны с засоленными человеческими трупами. Царское имущество было почти полностью разграблено. Лишь немногое удалось сохранить Ф. И. Шереметеву. Он был сразу же включен в состав временного правительства для составления описей утраченного и сохраненного.

Другой «семибоярщик» — И. М. Воротынский — был признан пострадавшим от поляков и с почестями отпущен. Покинуть столицу было рекомендовано только Ф. И. Мстиславскому и Б. М. Лыкову, т. к. они могли пострадать от самоуправства казаков.

Арестованы были только должностные лица низшего звена, которых обвинили в расхищении царского имущества и казны. Это Ф. И. Андронов — главный казначей, его помощник И. Безобразов; думный дьяк И. Чичерин, возглавлявший Поместный приказ; дьяк С. Соловецкий — глава Новгородской четверти; а также дьяки Т. Савинов и Б. Замотчиков. Всех их с пристрастием допросили. В итоге трое умерли от пыток, поскольку были ослаблены длительным голоданием.

В ознаменование победы 1 ноября был устроен крестный ход. Авраамий Палицын описал его так:

«В день же недельный сшедшимся архимаритам и игуменом и всему освященному чину и всему христолюбивому воиньству, и всему множеству православных христиан, боярина и воеводы князя Дмитрея Тимофеевича Трубецково полку снидошася в церковь Пречистыя Богородица Казанские за Покровскими вороты, а стольника и воеводы князя Дмитрея Михайловича Пожарсково снидошяся в церковь Святаго Иоанна Милостиваго на Арбате. И вземше честныя иконы, поидошя в град Китай, койждо своими враты, последующим им всему множеству воиньства и всем народом Московского государьства, благодарственный и победныя песни Господеви воздааху. И сшедшеся вси вкупе на место Лобное, молебна совершающее, в них же бысть первый Троицкой архимарит Деонисей. Из града же изыде во сретение на Лобное место Галасуньский архиепископ Арсений со всем освященным собором, носящее чюдотворную икону Пречистые Богородицы Владимерскую и честныа кресты и проча Божественныя иконы. Егда видешя пречестную и чюдотворную икону Пречистыя Богородица Владимерскую, бояре и воеводы и все воиньство и вси православнии христиане, ея же не надеяхуся николи же видети, слез источницы испущаху и, припадающее, облыбызаху, умильно вопиюще: «…твоим, Госпожа, ходатайством вси от работы свободихомся и сподобихомся видети честнаго и пречистаго твоего зрака чюдотворную икону и царствующий град, паки восприяхом молитвами твоими».

И по молебном пении поидоша во град Кремль в бесчисленном множестве народа… И вшедшу во святую великую церковь Пречистые Богородицы, честнаго и славного ея Успения, всему освященному собору со множеством бесчисленно народа и совершившее божественную литургию». (Сказание Авраамия Палицына. Указ. изд. Стб. 332–335.)

В ноябре окончательно оформилось временное правительство, названное «Совет всей земли». Правителем считался Д. Т. Трубецкой, поскольку его боярский чин все признали. Он поселился в Кремле на боярском дворе Б. Ф. Годунова, хорошо сохранившемся, поскольку в нем жили сначала Гонсевский, потом — Струсь. Д. М. Пожарский считался помощником Трубецкого. Он жил на территории Воздвиженского монастыря на Арбате. Для решения каких-либо дел он ездил в Кремль.

В состав «Совета» входили следующие представители знати: чашник В. И. Бутурлин (сначала был сподвижником П. П. Ляпунова, потом перешел во Второе ополчение), чашник князь В. И. Туренин (во Втором ополчении командовал полком), стольник И. П. Шереметев (сначала был в Первом ополчении, потом примкнул ко Второму), боярин князь В. Т. Долгорукий (примкнул ко Второму ополчению), воевода М. С. Дмитриев (из Ржева прибыл во Второе ополчение), тушинский боярин М. И. Плещеев (был сначала в Первом ополчении, потом перешел во Второе), тушинский боярин князь Д. М. Черкасский (был сначала в Первом ополчении, потом перешел во Второе), рында И. В. Измайлов (был в обоих ополчениях), тушинский окольничий князь A. B. Сицкий (был во Втором ополчении), тушинский боярин М. М. Бутурлин (был в обоих ополчениях), тушинский окольничий Ф. К. Плещеев — соратник Ляпунова, воевода Н. М. Плещев (был в обоих ополчениях), Д. Микулин, видимо, стрелецкий голова, И. Яфамов — дьяк Поместного приказа во Втором ополчении, Ф. и Н. Юрьевы — дьяки Второго ополчения, подьячие Д. Головин, И. Зыбин, Л. Новокщенов, головы Б. Блудов и П. Соковнин.

Сведения о членах «Совета всей земли» показывают, что они не принадлежали к высшей знати и почти все сначала были в составе Первого ополчения, но потом перешли во Второе. Поэтому они были знакомы и Трубецкому, и Пожарскому.

Созданные при ополчениях приказы были объединены. Главой Земского приказа стал московский дворянин И. М. Ласкирев, дьяками А. Царевский и Д. Хвицкой из Первого ополчения. Посольский приказ возглавил П. Третьяков, который в Тушино был думным дьяком, потом перешел на сторону поляков, от них бежал в Первое ополчение, где возглавлял Поместный приказ, и в конце концов перешел во Второе ополчение. Казанский дворец оказался в ведении окольничего С. В. Головина и дьяка А. Евдокимова, служившего ранее в Казани. Поместный приказ возглавили дьяк Г. Мартемьянов (из Второго ополчения) и дьяк Ф. Шушерин (из Первого). Большой приход был поручен дьяку Второго ополчения Ф. Лихачеву и дьяку Первого ополчения Н. Новокщенову.

Таким образом, большинство приказов возглавили дьяки из обоих ополчений, поскольку они курировали разные территории.

Уже в ноябре новое правительство прошло проверку на прочность. От прибывших из Вязьмы посланцев стало известно, что к Москве приближается король Сигизмунд с сыном и небольшим войском. Он наконец-то решил откликнуться на просьбу русских людей и вез Владислава на московский престол. Жители Вязьмы впустили его в свой город, думая, что в Москве все еще находится польский гарнизон.

Для Трубецкого и Пожарского данное известие оказалось полной неожиданностью, поскольку они отправили по домам ополченцев. В столице их кормить было нечем. В итоге защищать город даже от небольшого войска было некому.