После эйфории от доклада Ачесона-Лилиенталя и фиаско от плана Баруха Оппенгеймер словно ушел в себя. Он уехал из Лос-Аламоса и вернулся к преподавательской работе в Калифорнийском технологическом институте в Пасадене. Но и преподавание потеряло для него былую привлекательность. Он все время над чем-то думал, ему звонили один за другим политики, желавшие узнать его мнение об атомной энергии. Казалось, что он всю жизнь проводит в самолете, направляющемся в Вашингтон, Лос-Анджелес или Сан-Франциско.

Одним из членов новой Комиссии по атомной энергии стал Леви Стросс, бизнесмен-миллионер из числа тех, кто «сделал себя сам». Во время войны он работал на флоте. Стросс был одним из попечителей Института перспективных исследований в Принстоне. В конце 1946 года он предложил Оппенгеймеру возглавить Институт. Оппенгеймер долго и мучительно об этом думал и наконец согласился покинуть Западное побережье. В конце концов в Принстоне он был поближе к Вашингтону.

Неуступчивость Советского Союза, с которой Оппенгеймер столкнулся непосредственно, убедила его, что в ближайшем будущем никакого соглашения о международном контроле над ядерным оружием заключить не удастся. Он признался Гансу Бете: «Я оставил всякую надежду на то, что русские согласятся на какой-то план». Он считал советские контрпредложения о том, чтобы в принципе запретить атомную бомбу, намерением «сразу же лишить нас единственного оружия, которое позволило бы не допустить русских в Восточную Европу».

Оппенгеймер полностью превратился из «левацкого» идеалиста в реалиста времен холодной войны.

Ему предстояло обнаружить, что он не может исправить или оставить позади свои прошлые неблагоразумные поступки. ФБР продолжало постигать темные глубины «дела Шевалье». Шевалье не допустили к работе в военной сфере. Он жил в Нью-Йорке, работая наемным писателем и переводчиком. Весной 1945 года Шевалье вернулся к преподаванию в Беркли, а позже его пригласили переводчиком на Международный военный трибунал в Нюрнберге. После повторного возвращения в Беркли в мае 1946 года Шевалье узнал, что ему отказано в продлении срока пребывания в должности преподавателя.

В июне агенты ФБР одновременно, но отдельно друг от друга допрашивали Шевалье и Элтентона. При этом их показания сверяли по телефону. На одном из допросов следователь, работавший с Шевалье, предъявил ему папку с документами и сказал: «Здесь у меня три письменных показания, данных под присягой тремя учеными, участвовавшими в работе над атомной бомбой. Каждый из них свидетельствует, что вы от лица советских агентов предлагали им добывать секретную информацию по атомной бомбе». Шевалье был потрясен. Сначала он подумал, что все это — шутка, но потом понял, что у него нет иного выхода, кроме как изложить свои беседы с Элтентоном и Оппенгеймером. Он не думал, что ФБР настолько им интересуется.

Через несколько месяцев Шевалье представилась возможность обменяться впечатлениями с Элтентоном — тогда оба товарища и поняли, что ФБР допрашивало их в одно и то же время: Шевалье — в Сан-Франциско, Элтентона — в Окленде, на другом берегу бухты. Затем представился случай обсудить это дело непосредственно с Оппенгеймером — на коктейль-приеме дома у Оппенгеймеров в Игл-Хилле. Оппенгеймер предложил выйти и поговорить наедине.

«Я не рассказывал о нашей беседе, ты же знаешь», — сказал он.

«Да, — ответил Шевалье, — но как быть с теми свидетельствами об обращениях к троим ученым, а также с подозрением в неоднократных попытках получения секретной информации?»

Оппенгеймер молчал. Шевалье видел, что его друг крайне напряжен и на нервах. Когда Китти еще раз позвала Оппенгеймера — вернуться к гостям — он потерял терпение и «разразился потоком ругани, обозвал Китти последними словами и приказал ей вернуться к своим треклятым делам».

Самого Оппенгеймера в ФБР допросили 5 сентября 1946 года, через три с небольшим года после его злополучной (и записанной) беседы с Пашем и Джонсоном. Теперь он признался: пытаясь защитить Шевалье, он выдумал «сложную и невероятную историю», как Элтентон обращался к троим ученым. Если это признание было честным (в противном случае понять мотивы Оппенгеймера было трудно), то можно предположить, что, признаваясь во лжи, он рассчитывал наконец покончить с этой историей.

Согласно Закону об атомной энергии, ФБР было обязано проверить на благонадежность всех специалистов, занятых в атомной программе, и устранить все препятствия, осложняющие открытое и доскональное расследование былой деятельности Оппенгеймера. Усилили слежку, а коллег Оппенгеймера допросили относительно его лояльности. Лоуренс вновь поручился за него, сказав, что Оппенгеймер «переболел и теперь к этому невосприимчив», хотя в личном плане отчуждение между двумя физиками возрастало.

Гувер подытожил для Комиссии по атомной энергии внушительное досье, собранное ФБР на Оппенгеймера, и отослал документ в начале марта 1947 года. Хотя Стросса явно потрясло прочитанное, он сказал Оппенгеймеру, что не видит никаких оснований, которые помешали бы Роберту стать директором Института перспективных исследований. Оппенгеймер прибыл в Принстон в июле.

Затем ФБР выдало ему полный допуск к секретной информации, и Оппенгеймер приступил к работе в Комитете советников в следующем месяце.

Закон об атомной энергии положил конец надеждам на «полное и эффективное» сотрудничество между британскими и американскими физиками-ядерщиками, но соглашение о совместном использовании сырья, которым управлял Объединенный фонд развития, осталось. Меморандум Гровса-Андерсона не изменил основных предпосылок для договоренностей, достигнутых во время войны. Это означало, что Великобритания в принципе могла претендовать на половину урановой руды, добываемой в бельгийском Конго. Англичане не планировали перейти к непосредственному использованию урановой руды, но после принятия решения о том, что страна должна стать независимой ядерной державой, Эттли решил запастись рудой на будущее для создания собственной атомной бомбы. Он в установленном порядке подал соответствующее требование.

Такой поворот событий несколько обеспокоил Лилиенталя. Став председателем Комиссии США по атомной энергии, с января 1947 года он начал контролировать Лос-Аламос и обнаружил, что в арсенале США гораздо меньше атомных бомб, чем полагал Трумэн. На самом деле готовых бомб не было вообще. Хотя и имелось немало бомбовых ядер, они не были вложены в бомбы, которые, возможно, потребовалось бы применить немедленно. «Я был поражен, узнав об этом», — признался Лилиенталь. «На самом деле, когда я только приехал в Лос-Аламос, у нас была только одна [бомба], теоретически готовая к применению; существовала достаточная вероятность, что будет готова еще одна». Создание арсенала означало сборку всех имевшихся в наличии компонентов, а также заготовку достаточного количества сырья для новых бомб. Лилиенталь и его уполномоченные подсчитали, что Америке требуются поставки урановой руды со всех территорий, находящихся под управлением капиталистических стран. Они не могли допустить совместного использования сырья с Британией.