Длительная предварительная переписка с органами госбезопасности с целью выяснения мест захоронения поляков долго ничего не давала. Ответы были стандартными: сведений об этом не сохранилось. Когда на основании локальных данных было решено начать эксгумацию в Харькове, военные прокуроры сначала откопали захоронения советских граждан, а уже потом, по ненавязчивым и как бы случайным подсказкам местных сотрудников госбезопасности «наткнулись» на захоронения польских офицеров. При проведении второй эксгумации, в Медном, сотрудники госбезопасности Тверской области сразу показали места, где следовало копать и где действительно были обнаружены массовые захоронения поляков.

Разумеется, дело было в сугубой засекреченности этих территорий. Элементарная логика подсказывала, что за давностью и ненужностью могли быть уничтожены уголовные и личные дела на военнопленных, постановления особых совещаний, картотека военнопленных и завербованной агентуры, но только не списки-реестры мест массовых захоронений, и особенно захоронений иностранцев, любые сведения о которых учитывались особо. Ведь эти захоронения остались недвижимыми. Поскольку спрятать их было невозможно и нельзя было исключить, что они могут быть случайно (как в Харькове) обнаружены, их следовало как-то учитывать, отличать от других и охранять. Поэтому, как правило, они находятся на спецтерриториях органов безопасности и их локализация в самом ведомстве хорошо известна. Другое дело, что она глубоко засекречена, поскольку ее обнаружение может повлечь за собой раскрытие других расположенных на тех же территориях захоронений жертв массовых репрессий, крайне нежелательное для карательных органов. Тем не менее факт расстрела польских военнопленных был установлен и локализация захоронений на местности обнаружена.

То же самое можно сказать и о многочисленных просьбах представить в распоряжение следствия документальное воплощение главного политического решения, на основании которого были расстреляны польские военнопленные. Несмотря на неоднократные отказы, отрицание самого факта его существования, когда прокурорами было бесспорно доказано, что такое постановление Политбюро ЦК ВКП(б) имело место в действительности и что для объективного вывода следствие могло бы обойтись и без самого документа, постановление было выслано из Архива Президента Российской Федерации в ГВП.

Сходная ситуация сложилась и с поиском документов о расстрелянных польских гражданах в Украине. Из Министерства безопасности (МБ) России на запросы следствия отвечали, что такие документы не сохранились. А впоследствии выяснилось, что по политическим мотивам МБ РФ провело розыск двух человек из этого списка — отцов министра внутренних дел Республики Польша А. Мильчановского и Маршала Сейма А. Стельмаховского — и установило, что в Украине сохранились списки расстрелянных там польских граждан. Однако, даже зная, что эти списки ищут следователи ГВП, их в известность никто не поставил. Об этих фактах стало известно из случайного источника, после чего по новым конкретным запросам прокуратуры эти списки были представлены. Аналогично складывалась работа с поиском свидетелей из центрального аппарата НКВД СССР, причастных к работе особого совещания, свидетелей уничтожения документов о расстреле поляков и в других случаях.

Опираясь на полученные правомочия, военные прокуроры добивались доступа в ранее закрытые для исследования катынской темы архивные хранилища страны. Это были несвойственные для ГВП по своему характеру и масштабам изыскания. На протяжении всего периода расследования факты и обстоятельства дела собирались по крупицам всем составом следственной группы в Центральном государственном архиве, Особом архиве, Архиве Советской Армии, Подольском военном архиве, Ленинградском военно-медицинском архиве, Архиве КГБ СССР/ФСБ РФ, Архиве Правительства РФ, Архиве Президента РФ, многих областных архивах РФ. Неоднократно делались запросы в архивы Украины и Белоруссии. По этим следам затем пошли издатели двусторонней публикации «Катынь: Документы преступления», получили доступ к материалам названных архивов.

Участие ученых на этом этапе следствия было невелико. После первых публикаций Н.С. Лебедевой прокуроры пытались привлечь ее к поисковым работам в архивах, обеспечив ей более широкий доступ к документам. Взаимодействие оказалось односторонним. Юристы помогли ей сориентироваться в правовой стороне дела. Однако она была озабочена прежде всего подкреплением своего «приоритета» и отнюдь не торопилась способствовать комплектованию корпуса необходимых следствию документов, более того, не остановилась даже перед торможением расследования, поставив на первое место свои личные планы. От помощи Лебедевой пришлось отказаться.

Получаемые документы позволили строить обоснованные версии происшедшего, проводить целенаправленный поиск мест захоронений, свидетелей и различных документов о событиях того времени. Это дало возможность, несмотря на активное уничтожение органами госбезопасности документов, обнаружить такую их совокупность, которая в итоге воссоздала полную и объективную картину происшедшего в 1939—1940 гг.

Реконструкция событий, выявление обстоятельств велись с опорой на правовую, а не идеологически-деформированную трактовку основ советско-польских отношений перед Второй мировой войной, которые юридически регулировались Рижским мирным договором от 18 марта 1921 г., Договором о ненападении от 25 июля 1932 г., Конвенцией об определении агрессии, подписанной в июле 1933 г., — документами, гарантировавшими суверенитет, неприкосновенность границ и невмешательство в дела друг друга. Возникли сложные проблемы.

Как же рассматривать обстоятельства массового убийства польских военнопленных и были ли они военнопленными? Была ли война между СССР и Польшей в сентябре 1939 г.? Что привело к сентябрьским событиям? С неизбежностью встал вопрос о содержании подписанного 23 августа 1939 г. советско-германского договора о ненападении. Его составной частью являлся тщательно скрываемый, но 24 декабря 1989 г. постановлением Второго съезда народных депутатов СССР осужденный и объявленный недействительным секретный дополнительный протокол, которым фактически, в нарушение вышеназванных советско-польских соглашений, был оформлен сговор с фашистской Германией, направленный на раздел территории Польского государства и уничтожение польской государственности. Создавали ли секретные приложения новую правовую базу для трехсторонних советско-германо-польских отношений? Нарушали ли они международное право? Были ли тайным надправовым, неправовым сговором, использованным Сталиным против Польши и других стран? Если есть основания ответить на первые два вопроса положительно, то генеральный секретарь ЦК ВКП(б) Сталин совместно с членами Политбюро ЦК ВКП(б) — председателем СНК СССР и наркомом иностранных дел СССР Молотовым, заместителем председателя СНК СССР и наркомом обороны СССР Ворошиловым, заместителем председателя СНК СССР и наркомом внешней торговли СССР Микояном, председателем Президиума Верховного Совета СССР Калининым, заместителем председателя СНК СССР, наркомом путей сообщения, топливной промышленности и нефтяной промышленности СССР Кагановичем, кандидатом в члены Политбюро ЦК ВКП(б), наркомом внутренних дел СССР Берией, представлявшими высшую государственную власть в стране — при определении позиции СССР по одному из узловых вопросов его внешней политики перед началом Второй мировой войны грубо нарушили названные нормы международного права и обязательства СССР по отношению к Польше (уважение ее суверенитета, территориальной целостности, соблюдение взаимной неприкосновенности). Сталинское стремление действовать вне права несомненно, как и стремление найти обоснование и оправдание в «ликвидации» Польского государства Германией. Найденные в архивах военными прокурорами документы привели к однозначному позитивному ответу на эти вопросы и позволили воссоздать целостную картину происшедшего в эти годы. Она оказалась такова.