В начале 1807 года конвой французских торговых кораблей в Бискайском заливе зашел в бассейн Арчачона. Войска, находившиеся в форте, вышли в море — охранять корабли ночью. Захватив практически безлюдный форт, Кокрейн атаковал противника с тыла. Французы отступили, оставив конвой без защиты. Семь вражеских кораблей были уничтожены. В середине февраля «Амперьёз» вернулся в Плимут.

В 1806 году Кокрейн со второй попытки был избран членом парламента от Хонитона-на-Девоне. На этих выборах неудачливым соперником Кокрейна был драматург Ричард Бринсли Шеридан. Вступив в должность, Кокрейн без промедления взялся за решение проблем злоупотреблений на военно-морском флоте и коррупции в адмиралтействе. Неудивительно, что вскоре его поспешно отправили на Средиземное море. Там он действовал с присущей ему изобретательностью, совершая рейды на позиции врага и опустошая суда французских войск на Пиренейском полуострове.

Одна из самых захватывающих операций Кокрейна была проведена в Монгате, недалеко от Барселоны. Основная часть французского гарнизона города отсутствовала. Французы осаждали испанцев в Героне. Местные партизаны уговорили Кокрейна атаковать город. Ночью он заблокировал две дороги в форт и открыл стрельбу из пушек со стороны моря. Вскоре французы сдались. Однако местные испанцы хотели отомстить французам, и Кокрейну пришлось отбивать девяносто пять французских пленников от толпы, чтобы доставить их невредимыми на корабли.

В ноябре 1808 года примерно с восемьюдесятью моряками с «Амперьёза» Кокрейн захватил форт Тринидад, который возвышался над городом Росас. С тех пор как французы захватили Тринидад у испанцев, через Росас шло подкрепление для французской армии на Пиренейском полуострове. Французские батареи обстреливали форт с вышерасположенных холмов и пробили в городской башне брешь на высоте примерно в пятьдесят футов. Кокрейн сразу же принял меры, чтобы через эту брешь в город не проникли лазутчики, и устроил возле нее ловушки из намазанных жиром досок — попав на них, непрошеные гости непременно должны были скатиться с башни вниз. Там были натянуты корабельные сети с рыболовными крюками. Башня к тому же была заминирована. Подразнивая противника, Кокрейн показался на парапете башни. В него полетели камни, одним из которых он был легко ранен.

30 ноября ожидаемое французами подкрепление прибыло. Французский авангард из ста двадцати человек начал взбираться на стены башни. Их встретили ловушки Кокрейна и огонь защитников крепости. Спустя некоторое время люди Кокрейна начали отступать, заманивая французов прямо на мины. Много солдат погибло, но французы упорно продвигались вперед. В конце концов их наступление было остановлено ручными гранатами. Французы отошли на безопасное расстояние. Однако 5 декабря обстоятельства вынудили Кокрейна вывести гарнизон из форта Тринидад. Отступая, англичане взорвали главную башню города. Таким образом, в течение двух недель Кокрейн сдерживал продвижение шеститысячной армии французов. При этом он потерял лишь трех солдат.

На родине Кокрейн стал национальным героем. «Нэйви кроникл» писала: «Зная, что лорд Кокрейн сделал у берегов Франции, когда в его распоряжении был всего один корабль, мы с легкостью можем предположить, чего он мог добиться, если бы в его распоряжении была эскадра кораблей и несколько тысяч воинов, способных сражаться на всем побережье. Тогда бы Франции пришлось выделить для защиты своих рубежей значительную часть своей армии».

Эта точка зрения совпадает с мнением самого лорда Кокрейна, считавшего, что ограничение действий французской армии и нарушение путей снабжения наполеоновских войск принесло бы больше пользы, чем Пиренейская экспедиция Веллингтона. Такие взгляды не встретили понимания в адмиралтействе, но оно отчаянно нуждалось в смелом и находчивом офицере Кокрейне. Французский флот под командованием адмирала Виллуме во время бури сумел ускользнуть от военно-морских сил Великобритании, заблокировавших город Брест. Теперь ему ничто не мешало вступить в схватку с британскими кораблями.

В марте 1809 года, всего через неделю после возвращения со Средиземного моря, Кокрейн был вызван к первому лорду адмиралтейства лорду Мальграву. Причиной было обнаружение французского флота. Так удачно скрывшийся, он состоял из одиннадцати военных кораблей и нескольких фрегатов. И наконец-то был замечен недалеко от порта Рошфор в Бискайском заливе. Только специально оснащенные корабли могли уничтожить суда в этом хорошо защищенном убежище. Но адмирал лорд Гамбьер, командующий британским флотом в Бискайском заливе, не захотел использовать их. Кокрейн считал, что атака будет удачной, если впереди пойдут «суда-взрыватели», созданные по его проекту.

В этой операции Кокрейну были предоставлены особые полномочия, ставившие его выше многих старших командиров. Он пытался отказаться, но был издан приказ о его назначении на соответствующий пост. В конце марта французский флот все еще стоял на якоре недалеко от побережья, между двумя островами — крошечным Иль-д’Экс и Иль-д’Олерон, который был ненамного больше. Кокрейн сразу подумал о том, что захват этих островов нарушит коммуникации между Испанией и Францией.

Со всем свойственным ему энтузиазмом Кокрейн принялся обдумывать предстоящий бой. На палубах «огненных кораблей» крестообразно насыпали полосы из черного пороха. Между ними проложили бревна и брезент. Просмоленные паруса свисали сверху. Корабельная оснастка также была подвешена на канатах, пропитанных дегтем. Палубы облили канифолью и скипидаром. В бортах каждого корабля было прорезано по четыре отверстия, куда должен был поступать воздух, чтобы поддерживать огонь. Мало того — к «огненным кораблям» прикрепили цепи с захватывающими устройствами. Эти корабли должны были стать плавающим костром. Они горели медленно и долго и уничтожали все на своем пути.

Практическое чутье Кокрейна подсказывало ему, что французы установят у входа в пролив боны — заграждение из бревен. Пока оно не будет разрушено, «огненные корабли» не смогут подойти к французским судам. Именно в этом месте «суда-взрыватели» Кокрейна вошли в залив.

Борта трех «судов-взрывателей» были укреплены, чтобы сконцентрировать силу взрыва от полутора тысяч баррелей черного пороха, полутора тысяч патронов и трех тысяч гранат. Сам Кокрейн называл эти суда «гигантским минометом». К взрывному устройству был подсоединен медленно тлевший запал, дававший экипажу возможность спастись. Итак, у Кокрейна были наготове двадцать два «огненных корабля» и три «судна-взрывателя».

Популярное стихотворение Томаса Худа высмеивало адмирала лорда Гамбьера:

Адмирал Гамбьер не совсем подходил для занимаемой им должности. Он был религиозным фанатиком, буквоедом, которого презирали подчиненные. Его осторожность граничила с трусостью. Высокомерный Гамбьер советовал Кокрейну подождать. Он боялся, что французы обстреляют «огненные корабли» из пушек, а их экипажи погибнут. «Если вам не терпится умереть, это ваше дело. Мой долг велит мне позаботиться о жизнях моих подчиненных и не подвергать экипажи „огненных кораблей“ опасности».