Однако английский капитан не обнаружил там никаких камней. Кокрейн дрейфовал в этом районе без каких-либо последствий для своих кораблей. Французские карты показывали, что камни находятся на глубине тридцати футов от поверхности. Английские карты были намеренно искажены. Их составили люди, которые никогда не бывали в тех местах.

Гамбьер был оправдан, а Кокрейн, которого прежде уже назвали героем, был скомпрометирован. Его репутация была опорочена. О нем злословили недоброжелатели. Лорд Сент-Винсент заявил, что Кокрейну больше нельзя доверять. Человек, остававшийся в безопасном месте в восьми милях от боя, был осыпан почестями. Человек, сражавшийся в самой гуще битвы, был лишен всего. Сам Наполеон позднее комментировал это так: «Французский адмирал вел себя как полный идиот, но ваш был ему под стать. Уверяю Вас, если бы Кокрейна поддержали, он захватил бы все наши корабли. Они не должны были паниковать при виде ваших „огненных кораблей“. Страх лишил их разума. Они утратили способность защищаться».

Кокрейн был отстранен от командования кораблем «Амперьёз», поэтому не принимал участия в фарсовой экспедиции Уолчерена. Во время своего вынужденного безделья он вновь занялся изобретательством: улучшил конструкцию «кораблей-взрывателей», которые затем назвали «кораблями-минометами»; разработал «серные корабли», «зловонные корабли» — на них использовали древесный уголь и серу. В нужный момент эту смесь поджигали. Ядовитые испарения, по замыслу Кокрейна, должны были поражать солдат противника сотнями.

Не оставил он и свою борьбу с коррупцией на военно-морском флоте. Даже поехал на Мальту, чтобы разоблачить там деятельность «призового суда». Этот орган, имевший отношение к распределению денежных наград, возглавляли два чиновника — маршал и поверенный, которые были уполномочены контролировать служебную деятельность друг друга. Дональд Томас, один из биографов Кокрейна, писал:

Кокрейн потребовал, чтобы ему показали реестр услуг. И тут увидел, что реестр прикреплен булавкой к обратной стороне двери. Кокрейн взял его в руки и тут же был арестован. Ему предложили внести залог за свое освобождение. Он отказался и был заключен в городскую тюрьму, где развлекал друзей по несчастью. Через некоторое время Кокрейну удалось бежать. Он подпилил решетку и по веревке спустился вниз. Тюремщика «намеренно подпоили». Он был в восторге, увидев убегающего Кокрейна. Аналогичные чувства испытывали после его побега и власти Мальты.

В Англии Кокрейн с удовольствием рассказал свою историю в палате общин. Список обвинений мистера Джексона со стола спикера попал к юристу палаты общин. Нижняя палата английского парламента была потрясена, узнав о деяниях Джексона.

Через некоторое время член парламента сэр Фрэнсис Бурдетт был приговорен палатой общин к тюремному заключению в лондонском Тауэре за то, что обвинил членов парламента в автократических методах правления страной. Такое решение вызвало протест населения. Дома некоторых министров подверглись нападению толпы. Когда толпа появилась на площади Пиккадилли, ее пришлось разгонять силами лейб-гвардии. Кокрейн принес к дому Бурдетта огромный бочонок с порохом. Он намеревался взорвать его, когда появится полиция. Однако сторонники Бурдетта, пришедшие поддержать его, отговаривали Кокрейна от этого поступка. В ту же ночь Бурдетт был арестован солдатами, которые пробрались в его дом с черного хода.

Кокрейн стал для консерваторов в парламенте чем-то вроде гвоздя в стуле, на котором они сидели. Он был всего лишь обыкновенным депутатом, но не боялся делать громкие разоблачения относительно деятельности семьи Уэлсли в правительстве. Уэлсли — одно из самых могущественных семейств Англии. А разоблачения касались пенсий и льгот. Кокрейн указывал на несоответствие пенсий, получаемых теми, кто отслужил военную службу и был ранен, и получаемых теми, кто ими управлял. Офицеру, потерявшему в бою ногу, полагалось всего лишь сорок фунтов в год, а секретарю адмиралтейства — полтора тысячи фунтов в год.

Уильям Уэлсли-Поул, сам в прошлом секретарь адмиралтейства, защищая семью, предупреждал Кокрейна, что его заявления могут ему дорого обойтись: «Позвольте мне посоветовать ему, чтобы он больше занимался своей непосредственной профессией, украшением которой он является. Это сделает ему больше чести и принесет больше пользы его стране, чем то дело, за которое он взялся в последнее время. Оно сможет привести его только к ошибкам и сделать его игрушкой в руках тех, кто использует его имя для достижения своих нечистоплотных целей».

Единственным светлым событием в жизни Кокрейна того времени стало знакомство и женитьба на красивой шестнадцатилетней девушке Китти Барнес, осиротевшей дочери испанской танцовщицы и англичанина. Китти была простого происхождения, не имела ни богатства, ни связей. Некому даже было рекомендовать ее родственникам Кокрейна, поэтому странная пара (Кокрейн был на двадцать один год старше Китти и уже начинал полнеть) тайно отправилась в Шотландию. 8 августа 1812 года в городе Арране они зарегистрировали брак по гражданскому обряду.

Дядюшка Бэзил лишил Кокрейна наследства. Позднее Кокрейн галантно записал, что эта потеря была восполнена «обретением жены, с которой никакое богатство не могло сравниться». Однако несмотря на это, Кокрейн поддерживал хорошие отношения со своим дядей. Вместе с женой они прожили в доме дядюшки Бэзила первые восемнадцать месяцев совместной жизни. Семейное счастье дало Кокрейну возможность на время забыть об унизительном положении офицера, которому выплачивали всего лишь половину жалованья.

В 1812 году между Британией и Соединенными Штатами началась война. В начале 1814 года Кокрейн был назначен капитаном флагмана. Его непосредственным командиром стал его дядя адмирал сэр Александр Кокрейн, недавно назначенный командующим военно-морской базой в Северной Америке. После пяти лет вынужденной разлуки с морем Кокрейн с энтузиазмом принялся за переоборудование своего флагмана — корабля ее королевского величества под названием «Тоннант».

21 февраля 1814 года Кокрейн завтракал со своим дядюшкой, прибывшим из Вест-Индии, — Эндрю Кокрейном-Джонстоуном и деловым партнером Ричардом Баттом. У Эндрю Кокрейна была неважная репутация. После завтрака все трое поехали на фабрику, где Кокрейн разрабатывал новый проект светильника на масле. Неожиданно на фабрику сообщили, что Кокрейну следует вернуться домой. Там его ждал странный гость — Рэндом де Беренджер. Этот человек был наемником, залез в долги и теперь стремился попасть в экипаж «Тоннанта». Гость был одет в зеленую форму снайпера. Он попросил у Кокрейна другую одежду, чтобы переодеться. Де Беренджер объяснил, что форма снайпера может навлечь на него подозрение. Люди подумают, что он нарушает устав и хочет сбежать. Тогда его заставят вернуться в долговую тюрьму. Эта просьба, несмотря на очевидную курьезность, тронула щедрую и импульсивную натуру Кокрейна.