Группа агрессивно настроенных военачальников, возглавляемая Гуандопой, откликнулась на эти крики. Мартин Пандо был схвачен и убит на месте. Но Диего Ортис подвергся продолжительным мучениям. Ему связали руки за спиной с такой силой, что одна кость вышла из сустава. С него содрали одежду и оставили его, одетого только в какие-то обрывки ткани, под открытым небом на всю ночь. Некоторые индейцы думали, что миссионеру, возможно, удастся сотворить чудо: они приказали ему отслужить мессу и оживить умершего Инку. Ортиса доставили в церковь в Пукьюре и облачили в ризы. Он начал служить литургию медленно, с большим чувством, ко все возрастающему нетерпению толпы. Анхелина Льякса оставалась с телом своего мужа всю ночь, но в этот момент она вышла и увидела, что Ортис пытается отслужить мессу. Он вынужден был объяснить, что Господь не откликнется на такую мольбу, ведь Титу Куси умер по воле Божьей. Индейцы почувствовали разочарование и пришли в ярость. Они привязали Ортиса к кресту и стали бить его; другие изготовили отравленное питье и принудили его выпить эту смесь.

Даже агрессивно настроенные военачальники не решались убить испанского священника. Они решили доставить его в Вилькабамбу, чтобы услышать вердикт нового Инки Тупака Амару, так как именно брат Титу Куси по имени Тупак Амару, а не его сын Киспе Титу, стал следующим правителем. Монаха вели на веревке, продетой через отверстие, которое сделали в его челюсти. В первый день пешего перехода шел сильный дождь, и тропинка оказалась затопленной. Монах, ослабленный холодом и пытками, поскользнулся и упал в грязь точно так же, как это когда-то случилось с ним и Гарсией на этой же самой дороге во время предыдущего сезона дождей. Несчастный Ортис проделал ужасное путешествие, босой и полуголый, он провел одну ночь в пещере, в которой с потолка капала вода. Такое жестокое обращение он переносил с христианской стойкостью. По словам койи Анхелины Льяксы, «он поднимал взор к небесам с великим смирением и просил Господа простить им их грехи; из-за этого индейцы насмехались над ним».

Суровое трехдневное испытание было тщетно. Кортеж встретил Тупака Амару в Марканае, расположенном в нескольких милях от города Вилькабамбы, но новый Инка отказался взглянуть на священника своего брата. Тупак Амару был непоколебимым приверженцем туземной религии, и с его восшествием на престол Вилькабамба отвергла христианство. Индейские военачальники, очевидно выполняя приказ Инки, нанесли Ортису удар булавой «по шее сзади и таким образом покончили с ним. Умертвив его, они положили тело на дорогу, и военачальники велели всем мужчинам и женщинам пройти по нему, растаптывая его. Затем они вырыли глубокую узкую яму и поместили в нее тело головой вниз и ногами вверх, а в слепую кишку воткнули копье. Они закидали тело землей, селитрой и еще чем-то, как это полагается по их обычаям». Индейцы полагали, что вероятность спасения Ортиса Богом будет меньше, если его похоронить головой вниз. Затем реакционно настроенные инки постарались истребить все символы христианства: они полностью уничтожили церкви, разбили металлические украшения и сделали мешки для сбора коки из церковных облачений. Но многие были напуганы той дерзостью, с которой проводились нападки на христианскую религию. Их страхи усилились после того, как сгорел дворец Инки и кто-то увидел огромную змею, а также после того, как рука того человека, который ударил Ортиса, стала сохнуть.

Диего Ортис был убит в порыве ненависти ко всем чужестранцам, что обесценило все попытки Титу Куси прийти к соглашению с Перу, оккупированным испанцами. Когда Титу Куси стал Инкой, он низвел своего брата Тупака Амару до положения церковнослужителя: «Он приказал ему оставаться в Вилькабамбе и охранять тело их отца Манко там, где он был похоронен; и он остался там». Теперь агрессивно настроенные военачальники решили, что этот законный сын Инки Манко, которому в это время было уже далеко за двадцать, должен стать преемником Инки вместо наследника Титу Куси Киспе Титу, который был еще подростком. На Тупака Амару (чье имя означало «королевский змей») пал выбор инкских военачальников и религиозных вождей. Во время его царствования и военные, и духовенство пытались вернуть обычаи империи инков и предать забвению испанскую конкисту.

Часто говорилось, что Тупака Амару оттеснили от власти, потому что он был умственно неполноценный или беспомощный. Это мнение возникло после одного случайного замечания Сармьенто де Гамбоа, который не знал о смерти Титу Куси. Он сообщил, что, по мнению индейцев, другой сын по имени Тупак Амару является законным, но он не способен править, и индейцы зовут его «ути» (беспомощный). Выполняя свои жреческие обязанности хранителя тела Манко, Тупак Амару жил среди святых дев аклья и мамакон. Один испанский историк-романтик в 1525 году придумал историю, в которой принц полубожественного происхождения был помещен в монастырь, полный неудовлетворенных женщин. Он дал волю своей фантазии. Он вообразил, что случилось бы, если бы обет целомудрия этих святых дев в этой ситуации был забыт. «В результате этого произошла бы плотская половая связь, в которой эротическое было бы перемешано со священным. Эта половая связь закончилась бы ухудшением состояния здоровья ути: обострилось бы слабоумие или безволие принца, чтобы он оставался подальше от власти».

Правда или нет то, что Тупак Амару был слабохарактерным, но его восшествие на престол стало триумфом непримиримых реакционеров в Вилькабамбе. Христиан и испанцев обвинили в смерти Титу Куси. Приверженцы религии инков отомстили за разрушение святыни в Чукипальте. Испанцев убили, индейцы-христиане подверглись гонениям, а границы Вилькабамбы снова закрылись для внешнего мира. Попытки Титу Куси сосуществовать в мире были забыты. Больше уже не велась цветистая переписка между Вилькабамбой и Лимой. Преемника Титу Куси подстрекали взять курс на столкновение с таким же упрямым, жестким, не идущим на компромиссы новым вицекоролем.

Толедо предпринял несколько последних попыток решить вопрос посредством дипломатии. 2 января 1569 года король Филипп отправил в Перу ратифицированный им Акобамбский договор, заключенный между Титу Куси и Лопе Гарсией де Кастро. Теперь он прибыл в Куско вместе с разрешением от папы на брак Киспе Титу с его кузиной Беатрис Кларой Койей. 20 июля 1571 года вице-король попросил Габриэля де Овьедо, настоятеля доминиканского монастыря в Куско, отправиться с посольством к Инке, чтобы передать ему эти документы. Испанцы не знали, что Титу Куси недавно умер и к власти пришел Тупак Амару и его военачальники. Овьедо стал продвигаться с посольством к Вилькабамбе с запада, переправившись через реку Апуримак и двигаясь вниз по ее течению от Лиматамбо. Река здесь образует водовороты, проносясь через огромный каньон, стены которого возвышаются с обеих сторон на шесть тысяч футов, а затененный восточный берег покрыт густыми лесными зарослями. Овьедо отправил на тот берег четырех индейских вождей, но они так и не вернулись. Спустя три недели настоятель переправил еще двоих индейцев, но сам благоразумно остался. В конце концов, один из второй группы посланцев возвратился, раненный в голову, руки и живот. В начале октября Овьедо сам спустился в жаркую узкую долину, но на дальнем берегу реки не было никаких признаков жизни, а также средств переправы через бурный поток. Поэтому 18 октября настоятель, прихрамывая, вернулся в Куско.