Оказавшись в Потоси, несчастный митайо терпел «четыре месяца непосильного труда в шахтах, работая по двенадцать часов в день, спускаясь на глубину 60-100 эстадо [350-600 футов] в вечную темноту, где всегда нужно работать при свечах, где воздух в недрах земли тяжел и полон испарений». В указах Толедо, регламентировавших работу на рудниках, говорилось, что индейцы должны были начинать работу через полтора часа после восхода солнца и заканчивать ее на закате с часовым перерывом в полдень. Но по мере того, как стволы шахт углублялись в гору, даже эти установленные часы тяжелого труда игнорировались: работников заставляли оставаться под землей по шесть дней кряду. Когда занималась заря над открытым всем ветрам альтиплано, каждый понедельник у подножия горы появлялись «капитанес де ла мита» со своими группами рабочих. Эти люди спускались в забой и работали там группами по трое: двое кирками ломали руду, пока не догорала сальная свеча, а тем временем третий отдыхал. Ночью они спали в шахте. Условия постепенно становились все более невыносимыми. Управляющие рудниками назначали тяжелые еженедельные нормы для каждого митайо и налагали на них штрафы в размере однодневного заработка при недовыполнении нормы на каждые 100 фунтов. Рудники пустели каждое воскресенье, а также в дни главных святых, которых было тринадцать. В эти дни, согласно традиции, индейцам разрешали проводить изыскания для себя, и они сумели пресечь все попытки лишить их этой привилегии. Но даже это не давало митайо возможности заработать достаточно, чтобы прокормиться и вернуться в свою деревню: многим приходилось оставаться в Потоси и работать в качестве вольнонаемных рабочих — мингас, чей заработок превышал фиксированную плату митайос в три раза. Некоторые из этих мингас привыкали к климату, заработной плате и условиям работы в Потоси и оставались на неопределенное время. В XVII веке в Потоси проживали около 40 тысяч мингас. В этом отдаленном быстро растущем городе женщин не хватало. И хотя были индианки, которых всякий мог купить за деньги, многие индейцы обращались к гомосексуальным контактам и обижались на то, что у испанцев это вызывает глубокое негодование.

Это было незадолго до того, как огромные рудники Потоси и Уанкавелики начали подрывать всю структуру поселений в центральных и южных Андах. Индейцы ненавидели тяжелый труд в неестественных для них условиях и свое вынужденное отсутствие дома. Самым очевидным способом избежать этой принудиловки был побег от обязательной повинности и бродяжничество в других частях Перу. Такие побеги стали представлять собой серьезную проблему. Диего Муньос де Куэльяр подсчитал, что через сорок лет после узаконивания миты Толедо население связанных с ней провинций сократилось наполовину. К середине XVII века население 16 охваченных митой провинций сократилось более чем на три четверти. Оставшиеся индейцы должны были поставлять такие же отряды митайос, какие собирали их предки при Толедо, а поденная плата митайо в Потоси оставалась неизменной в течение двухсот лет. Оттого, что побеги стали частым явлением, а от тех, кто еще оставался, требовали чаще отбывать эту повинность, сельское хозяйство этих районов непоправимо пострадало. И по иронии судьбы, сумма королевских податей, которую не заплатили индейцы, убежавшие из королевских владений в Чаркасе и Кольяо, реально превысила одну пятую доходов от серебряных рудников, положенных королю.

Франсиско де Толедо, добросовестного слугу короны и человека, который хотел защитить индейцев, помнят за легализацию миты на рудниках. Он только принимал неизбежное: Перу был завоеван ради ценных металлов, и раз уж были обнаружены серебряные и ртутные месторождения, то из них нужно было извлекать пользу. Истинная и поразительная забота о благосостоянии коренного населения, таким образом, была побеждена неутолимой потребностью в серебре. Население империи инков было привычным к совместному труду на общее благо и продолжало трудиться, но уже на ее завоевателей-испанцев. Около четырех пятых всех мужчин на территории бывшей империи стали подлежать призыву на принудительные работы. Из них 90 процентов должны были работать в энкомьендах, чтобы заплатить налоги сельскохозяйственной продукцией, а у около 40 процентов индейцев были еще дополнительные трудовые повинности либо на рудниках, либо на текстильных фабриках, расположенных вдоль побережья.

Несмотря на всю эту эксплуатацию, коренное население выжило вместе со своим языком и традициями, многие из которых не изменились. К концу колониальной эпохи в начале XIX века его численность сократилась настолько, что стала менее одного миллиона человек, но затем выросла до отметки, превышающей самые высокие оценки численности населения империи инков. В настоящее время говорящие на языке кечуа индейцы Перу образуют большинство населения, что совершенно отличается от ситуации, которая сложилась с коренным населением бывших колоний в Северной Америке. Своим выживанием перуанцы в значительной степени обязаны своему упорству, негостеприимному расположению большей части Перу на большой высоте над уровнем моря и тому факту, что Испания разрешила въезд в страну только из метрополии и больше ниоткуда. Но также это произошло благодаря подлинной заботе церкви и правительства страны о благополучии коренного населения на протяжении всего колониального периода. Как бы сильно испанцы ни эксплуатировали и ни притесняли перуанских индейцев, они оставили их на их землях и резко положили конец рабству или проявлениям экстремальных расовых предрассудков, которые имели место в других европейских колониях.

Вице-король Франсиско де Толедо прибыл в Перу в конце 1569 года с инструкциями от короля и Хунты Магны решать проблемы коренного населения страны на всех уровнях. Естественную озабоченность у него вызывали оставшиеся в живых представители королевского дома инков: Титу Куси в Вилькабамбе и различные знатные инки королевского происхождения в Куско. Толедо начал вести открытую политику в отношении Инков. В феврале 1570 года он написал королю письмо о том, что он намеревается продолжать политику Гарсии де Кастро, который вел переговоры с Титу Куси в надежде выманить его на территорию Перу, оккупированную испанцами, посулив ему подходящие земельные владения. Он был уверен, что «теперь, когда Инка принял крещение, его подчиненные и военачальники надеются, что договор, одобренный Вашим Величеством, будет утвержден». Точно так же он начал демонстрировать свое доброе расположение по отношению к инкской знати в Куско. Одним из его первых деяний по прибытии в Куско в начале 1571 года было принятие на себя роли крестного отца новорожденного сына Инки Карлоса.

Но у Толедо нарастало беспокойство, вызванное угрозой испанской власти, которую представляли собой эти уцелевшие представители бывшей монархии. Трудно было найти моральное оправдание для нападения на Вилькабамбу. Хотя потомки Инков и потеряли реальную власть, их все еще почитали индейцы и сентиментальные испанцы. И Лас Касас, и Витория подчеркивали важную роль, которую играл законный правитель индейцев. Лас Касас был автором различных трудов, в которых доказывал, что Испания не имеет прав на обе Индии. Епископ дошел даже до того, что стал превозносить национальное сопротивление в Вилькабамбе, и рекомендовал королю ради спасения своей души вернуть весь Перу Титу Куси. Некоторые испанцы нашли оправдания конкисте Писарро, изобразив ее как свержение узурпатора Атауальпы в пользу законных правителей Уаскара и Манко. Но защита «законности» не могла быть использована для того, чтобы оправдать захват Вилькабамбы, мирного государства индейцев, которым правил сын того самого правителя, которому испанцы вернули престол.