Извольский среди коллег выделялся своими способностями и широтой политических взглядов и после смерти в 1900 году графа М.Н. Муравьева рассматривался в качестве кандидата в министры иностранных дел.

Министром на этот раз он не стал, но назначение в ноябре 1899 года посланником в Японию позволило ему оказаться в центре борьбы великих держав за сферы влияния и раздел Китая. Извольский выступал сторонником мирного урегулирования конфликта с Японией путем компромисса, в частности отказа России от сферы влияния в Корее в качестве компенсации за сохранение таковой в Маньчжурии. Однако политика примирения с Японией встречала противодействие Николая II и его советников, требовавших демонстрации силы.

Осенью 1902 года Извольского отозвали из Токио в Петербург, и уже в октябре он был назначен послом в Данию.

В конце апреля 1906 года он стал министром иностранных дел России.

Первые шаги Извольского на посту министра иностранных дел были связаны с задачей стабилизировать международное положение России, вытекавшее, по определению МИДа, из «необеспеченности безопасности России на всем протяжении ее дальневосточных границ вплоть до европейских границ». Требовалось принять срочные меры для предотвращения новой войны со стороны Японии, устранения опасной напряженности в отношениях с Германией. Наконец, следовало остановить Англию в ее продолжающемся наступлении на позиции России в сопредельных с ней азиатских странах, прежде всего в Персии.

Извольский сознавал, что Россия неспособна проводить активную политику одновременно на Дальнем Востоке, в Средней Азии и в Европе. Он был убежденным сторонником европейской ориентации России. В Европе, как он считал, были сосредоточены ее основные интересы и назревали серьезные международные конфликты.

Внешнеполитическая программа Извольского определялась необходимостью обеспечить стране длительную мирную передышку, продолжительность которой он определял в 10 лет. Практическая реализация этой задачи представлялась Извольскому в виде политики неприсоединения к двум противостоявшим в Европе блокам государств и заключении с ними соглашений по спорным вопросам, а также разрешения противоречий с Японией на Дальнем Востоке и согласованных действий с Австро-Венгрией на Балканах. Основой европейского равновесия оставался союз России с Францией.

После образования англо-французской Антанты русской дипломатии приходилось балансировать между своей союзницей и недавним непримиримым врагом – Англией. Россия нуждалась в поддержке Англии для стабилизации положения на Дальнем Востоке: еще будучи посланником в Японии, Извольский пришел к убеждению, что ключ к взаимопониманию между Петербургом и Токио хранится в Лондоне.

Курс на соглашение с Англией означал поворот во внешней политике страны. Однако влиятельные консервативные круги в России настаивали на необходимости в условиях революционного кризиса сохранить и укрепить узы с монархическими правительствами Германии и Австро-Венгрии. Извольский должен был считаться с этими взглядами.

Он также занялся реорганизацией собственного ведомства, в котором, по словам министра, царили «застой и разложение». Министр поставил на современный уровень информационную службу министерства, ввел в практику систематическую рассылку копий основных дипломатических документов в заграничные представительства. Ему удалось сменить всю министерскую верхушку. Новый министр сократил число дипломатических миссий в Германии и увеличил количество штатных консульств за границей. Это повысило эффективность работы МИД.

Первый этап переговоров России, начавшихся в мае – июне 1906 года с Англией, Японией и Германией, можно рассматривать как период дипломатического зондажа и выявления взаимных требований. Слабость внешнеполитических позиций России диктовала Извольскому тактику выдвижения на переговорах сначала неглавных вопросов, а также убеждения правительств трех держав в том, что политика соглашения с каждой из них не направлена против другой и не имеет целью нарушить сложившееся в Европе и на Дальнем Востоке соотношение сил. Тактика лавирования подсказывала Извольскому и дипломатические методы ее осуществления – интенсивные и систематические личные контакты со своими зарубежными коллегами и главами правительств, как официальные, так и частные, впервые примененные в таких крупных масштабах российским министром иностранных дел.

Однако главные трудности Извольского на этом этапе были связаны с внутриполитическими проблемами. Уже в июне 1906 года, едва освоившись с обязанностями министра, Извольский был вынужден включиться в ликвидацию правительственного кризиса, возникшего в связи с разгоном Думы и отставкой правительства И.Л. Горемыкина. Переговоры с Англией были приостановлены. Извольский выступил с предложением о создании «ответственного министерства» с участием либеральной оппозиции.

Но самым трудным для Извольского стало преодоление сопротивления в правящих кругах России своему новому курсу при выработке условий соглашений с Англией и Японией. Во время обсуждения условий договора с Англией о разграничении сфер влияния в Персии и об Афганистане его главным оппонентом выступал начальник Генштаба Ф. Палицын, настаивавший на расширении «русской зоны» в Персии. В СГО (Совете государственной обороны) Извольский вынужден был бороться против планов реваншистской войны с Японией.

При выработке и обсуждении условий соглашений с Японией и Англией Извольский проявил гибкость, настойчивость и особенно умение убеждать.

В начале 1907 года Извольскому удалось склонить на свою сторону Столыпина и с помощью Коковцова изменить настроение членов особого совещания, а также сломить сопротивление военных в СГО. Он искусно использовал прессу, убедив общественность в пользе сближения с Англией и Японией.

Подход Извольского к выработке условий соглашений отличался реализмом. Отдавая себе ясный отчет в ослаблении позиций России в Средней Азии, необходимости отказа, хотя бы временного, от активной политики в этом регионе, но в то же время и защиты уже сделанных завоеваний, он согласился на английское предложение о разделе Персии на три зоны: северную («русскую»), южную («английскую») и нейтральную, с равными возможностями для двух стран. Тем самым закреплялось реально сложившееся положение во всем комплексе отношений между двумя соперниками в Персии.

Принцип закрепления status quo распространялся и на Тибет, территориальную неприкосновенность которого под суверенитетом Китая признали Россия и Англия. Ожесточенные споры были связаны с Афганистаном, который Россия впервые признала лежащим вне сферы своих интересов. За уступки в Иране и Афганистане Извольский не преминул получить от британской дипломатии важную для его будущей политики на Ближнем Востоке компенсацию: обещание поддержать Россию в решении вопроса о проливах.

При определении условий политического разграничения с Японией Извольский отвергнул японские требования, значительно выходившие за рамки Портсмутского договора, и в то же время во имя достижения соглашения он заплатил за него значительными уступками, главным образом в экономических вопросах.

Александр Петрович умел выделить главные проблемы, подчинить второстепенные вопросы основным – политическим. Так, зашедшие к концу 1906 года в тупик переговоры с Японией по реализации условий Портсмутского договора он предложил поднять на более высокий уровень переговоров о заключении общеполитической конвенции.