В апреле 1888 года правительство создало Тайный совет (сумицуин) в качестве совещательного органа при императоре. Тайный совет возглавил Ито Хиробуми, а пост премьера занял Курода. В 1889 году Ито выдвинул программу «усвоения колониального опыта крупных капиталистических держав… сохраняя при этом превосходство национального духа японцев, присущего только им».

В 1892 году к власти вновь пришло правительство Ито, а в следующем году в Корее вспыхнула крестьянская война. В эту страну вновь были введены сначала китайские, а затем и японские войска. Когда крестьяне прекратили борьбу, Китай обратился к Японии с предложением одновременно и полностью вывести войска из Кореи. Однако японский кабинет министров принял иное решение. Ито выдвинул план создания смешанной японо-китайской комиссии, которая занялась бы обследованием ситуации в Корее с целью проведения реформ внутреннего управления. Китайское правительство ответило, что эти вопросы должны быть разрешены самой Кореей.

В результате японо-китайского вооруженного конфликта Япония одержала ряд ощутимых побед, в результате чего правительство Китая было вынуждено искать мира. Но японцы под различными предлогами оттягивали начало переговоров. Ито настаивал на захвате ключевых позиций: Люшунькоу и Вэйхайвэя на севере и островов Тайвань и Пэнхуледао на юге.

30 января 1895 года китайские дипломаты прибыли в Японию. Однако на первом же заседании японская делегация прервала переговоры под предлогом недостаточности полномочий китайских представителей. Ито заявил, что нередки были случаи, когда Китай без достаточных к тому оснований отказывался ратифицировать договор, ранее подписанный ее представителями. Это происходило чаще всего потому, что ее представители не обладали необходимыми полномочиями.

Тем временем Япония продолжала наступать. В марте 1895 года в Японию прибыл влиятельный китайский сановник Ли Хунчжан. В Симоносеки он встретился с Ито Хиробуми и министром иностранных дел Мунэмицу Муцу. Ли Хунчжан попросил перемирия, но японцы заявили, что согласятся на перемирие только после того, как их войска займут Тяньцзинь, Шаньхайгуань и Таку (помимо городов, уже раньше захваченных).

Во время дальнейших переговоров Япония потребовала признания «независимости» Кореи от Китая, передачи Японии Ляодунского полуострова, Тайваня и островов Пэнхуледао (Пескадорских), уплаты контрибуции в 200 млн таэлей и ряда торговых привилегий для Японии в Китае. 11 апреля Ито отправил Ли Хунчжану ультимативное письмо, в котором отвергал возможность дальнейших переговоров и требовал безоговорочного согласия на японский проект. 17 апреля 1895 года Ито Хиробуми и Ли Хунчжан подписали в Симоносеки японо-китайский мирный договор, по которому Корея была признана независимой страной. Китай, помимо всего прочего, обязался заключить неравноправный торговый договор с Японией.

23 апреля посланники России, Германии и Франции в Токио потребовали от Японии отказа от Ляодунского полуострова.

В январе 1898 года Ито возглавил свое третье правительство. В июне оппозиционные партии объединились в одну конституционную партию, и кабинет ушел в отставку.

В сентябре 1898 года Ито с частной миссией отправился в Китай, где развернулось движение за реформы. Он был принят китайским императором Гуансюем. В мае 1899 года Ито направил трем влиятельным китайским министрам письма, в которых выступал за японо-китайское сближение, «общность» азиатских народов, объединение усилий против грозящей Китаю и другим азиатским странам опасности порабощения европейцами. Ито предлагал помощь и рекомендовал провести ряд реформ, направленных на предотвращение раздела Китая.

23 августа 1900 года было опубликовано программное заявление новой партии «Риккэн сэйюкай» («Общество политических друзей»), или просто сэйюкай. Инициатором создания и первым президентом сэйюкай стал Ито. Президиум партии из 12 человек японская печать назвала «12 апостолами маркиза Ито». В конце сентября 1900 года был сформирован четвертый кабинет Ито, главным образом из членов сэйюкай.

Весной 1901 года в Японии начала брать верх группировка, выступавшая за скорейшую войну с Россией и союз с Англией. Ито являлся сторонником соглашения с Россией по формуле «Корея – Японии, Маньчжурия – России» (так называемый маньчжурско-корейский обмен). Он считал, что Японии не по силам тягаться с Россией из-за Маньчжурии. По его мнению, наиболее подходящим моментом для переговоров с Россией на базе корейско-маньчжурского обмена был период оккупации Маньчжурии царскими войсками (1900–1901).

Для того чтобы монополизировать власть, сторонники войны, возглавляемые маршалом Ямагата, начали активную кампанию против кабинета Ито, стремясь заставить его уйти в отставку. В результате место премьера занял Кацура.

Однако Ито сделал еще одну попытку достигнуть соглашения с Россией на базе корейско-маньчжурского обмена. Он считал, что, оказывая давление на Россию в маньчжурском вопросе, Япония сможет добиться ее согласия на признание Кореи исключительной сферой влияния Японии. Для ведения переговоров Ито предпринял поездку в Петербург.

В свою очередь, кабинет Кацура санкционировал эту поездку, рассчитывая ускорить заключение соглашения с Англией, припугнув ее возможностью союза Японии с Россией. 3 декабря 1901 года Ито, находясь в Петербурге, получил на заключение проект англо-японского союзного договора и на следующий день выехал из Петербурга в Берлин. 30 января 1902 года было подписано англо-японское союзное соглашение сроком на 5 лет.

В июле 1903 года Ито отказался от поста лидера сэйюкай: императорским указом в июле 1903 года он был назначен председателем Тайного совета, а занятие этого поста автоматически влекло за собой выход из политической партии.

На заседании высших государственных деятелей, состоявшемся 30 января 1904 года, вопрос о начале войны с Россией был решен. Ито высказал опасения за исход военных операций.

30 мая 1905 года Ито Хиробуми, после того как стал известен итог Цусимского сражения, вместе с премьером Кацура и министром иностранных дел Комура приняли решение официально просить американского президента Теодора Рузвельта стать посредником в мирных переговорах с Россией.

Правительство Кацура дало указание японской делегации на конференции заключить мир без контрибуции. Ито Хиробуми прекрасно понимал, что требования контрибуций и территорий могут привести к срыву переговоров, результатом чего явится длительная война, которая поставит на карту все достижения, добытые с таким трудом. Результаты же такой затяжной войны представлялись более чем сомнительными.

Ито Хиробуми продолжал влиять и на отношения Японии с Кореей. В марте 1904 года, вскоре после заключения японо-корейского договора (23 февраля), он поехал в Корею для заверения корейского императора в «дружбе и помощи» Японии.

Однако, вернувшись в Японию, Ито стал инициатором принятого правительством в мае 1904 года решения: «1. В соответствующее время Корея либо станет нашим протекторатом, либо мы должны будем ее аннексировать. 2. До этого момента мы должны получить фактические права протектора в политическом, дипломатическом и военном отношении и должны неуклонно обеспечивать наши экономические интересы».