29 июля 1944 года пилоты I./JG 400 (6 Me 163) попробовали перехватить бомбардировщики из 1-й и 3-й дивизий. В 11:45 пилоты Р-38 Lightning под командованием капитана Артура И. Джеффри попытались перехватить одиночную «Комету», атаковавшую В-17. В 11:48 американские бомбардировщики атаковала еще одна «Комета».31 июля 1,/JG 400 располагала 16 самолетами, в том числе 4 боеготовыми. 2./JG 400, которая в этот день также перебазировалась в Брандис, располагала 5 «Кометами» в том числе 2 боеспособными. В начале августа руководство OKL (Oberkommando der Luftwaffe) приняло решение сформировать 3./JG 400. Командиром новой эскадрильи стал капитан Фальдербаум, создатель тактики «Wilde Sau» — использования одноместных ночных истребителей. 5 августа пилоты 489-й бомбардировочной группы наблюдали одиночные «Кометы», которые так и не атаковали американцев. В тот же день «Кометы» заметил сержант Чарльз М. Некрасил из 100 BG. Он заметил три Me 163, шедшие на высоте 11500 м. 16 августа 1096 В-17 и В-24 атаковали цели в окрестностях Белена, Халле, Дрездена, Дессау, Кётена и Магдебурга. В 10:40 американские самолеты оказались над Брандисом. В этот момент на аэродроме в боевой готовности стояло 5 Me 163.

В 10:45 немцы атаковали противника. Фельдфебель Герберт Штрацники атаковал В-17 (ХК-Р) из 305 BG. Бортстрелок сержант Х.Дж. Кейсен открыл огонь с дистанции 900 метров и вел его пока немецкий истребитель приближался. Он доложил о попадании в Me 163, из которого заметил струю дыма. Фельдфебель Герберт Штрацники выпрыгнул с парашютом, а его машина разбилась в окрестностях Брандиса. Башенный стрелок другого В-17 (XK-G) сержант Х.К. Тьюбз обстрелял «Комету», атаковавшую его самолет, но без видимого результата. Третья «Комета», пилотированная лейтенантом Г. Рюллем (W.Nr. 163100), атаковала B-17G (42-31636, OR-N) из 323-го бомбардировочного дивизиона 91-й бомбардировочной группы и сбила его. Почти тут же Рюлль оказался перехвачен парой «Мустангов» из 370-го истребительною дивизиона 359-й истребительной группы. Самолеты пилотировали подполковник Джон Б. Мерфи (P-51D, CS-K. 44-13966) и ею ведомый 1-й лейтенант Сирил У. Джонс-младший (P-51D, CS-D, 44-13529). Срезанная очередью «Комета» упала в 10:52. Спустя четверть часа два других американских истребителя (капитан К.У. Хипшер и лейтенант Джимми Шоффит) из 359-го истребительного дивизиона атаковали еще одну «Комету». Шоффит обстрелял противника, но без видимого результата. В 11:02 еще одна «Комета» атаковала самолеты из 305-й бомбардировочной группы. Атакованный В-17 (XK-D) сумел уцелеть, а бортстрелок Дж. Д. Эдриан обстрелял противника, но не сумел поразить цель.

Захваченный американцами Me 163 получил бортовой номер FE 496. Выставка, Вашингтон, округ Колумбия, 1946 год.

Me 163В-1 во время подготовки к вылету, США.

24 августа немцы располагали всего несколькими исправными «Кометами». Около полудня район Лейны, Руланда и Веймара подверглись налету 1300 американских бомбардировщиков. В 11:45 по тревоге поднялось 1-е звено Me 163 (ведущий Зигфрид Шуберт). Почти сразу стартовало 2-е (Ганс Ботт и Герберт Штрацники) и 3-е (Петер Гуссер и Манфред Айзенманн) звенья. В 12:07 Шуберт атаковал В-17 из 92-й бомбардировочной группы, ведущего весь отряд. Ему удалось сбить «летающую крепость» лейтенанта Келера, прострелив бомбардировщику левое крыло. Шуберт атаковал следующий В-17, пилотированный 1-м лейтенантом Элвином Э. Хендриксоном, но безуспешно. Тем временем ведомый Шуберта атаковал В-17 2-го лейтенанта Стера Неджи (PY-R), добился попадания в двигатель, после чего американский бомбардировщик взорвался на высоте 6000 м.

Тем временем фельдфебель Айзенманн атаковал В-17 (JW-N) 1-го лейтенанта Ллойда Г. Генри. Атака закончилась провалом. Хвостовой стрелок сержант Уолтер Максимач сумел сбить «Комету». в 12:12 Шуберт сбил еще один В-17, на этот раз из 457-й бомбардировочной группы. Две остальные «Кометы» перехватили отряд 205-й бомбардировочной группы, но без результата. В конце августа число вылетов сократилось, поскольку в результате налета на Киль был поврежден завод, выпускавший C-Stoff. 15 августа аэродром в Бад-Цвишенан снова подвергся налету. В ЕК 16 оставалось 6 исправных Me 163. Было решено перебросить ЕК 16 в Брандис. Вместе с ЕК 16 в Брандис прибыл и капитан Рудольф Опиц, который возглавил I./JG 400.

Одна из американских «Комет» (FE 500), 1945 год.

Me 163 W.Nr. 191916 во время ремонта в National Aviation Museum, Оттава.

Прежний командир группы, капитан Олейник получил должность командира Ergaenzungsstaffel/JG 400, также дислоцированной в Брандисе. В этой эскадрилье шло обучение молодых пилотов. Заместителем Олейника стал лейтенант Мано Циглер, который был направлен в командировку в Йессау. Тем временем на аэродром JG 400 прибыли новые пилоты. Среди них были капитан Генрих Штурм, обер-фельдфебель Гюнтер Андреас, фельдфебели Кляйн Лёсхер, Швайниц, Циммерманн, Герхард Мор, Ренкауф, капитан Фельдербаун, обер-лейтенант Адольф Нимайер, Петер Гуссер и ефрейтор Эрнст. Уже в ходе первого учебного полета ефрейтор Эрнст потерял ориентировку и приземлился на аэродроме в Моккау.

Вскоре часть перебазировалась на аэродром Удетфельд в Силезии. В октябре Ergaenzungsstaffel/JG 400 была формально развернута в III./JG 400. В составе новой группы образовали две эскадрильи: 13-ю (Адольф Нимайер) и 14-ю (Мано Циглер).

10 сентября в 11:30 одиночная «Комета» из I./JG 400 перехватила В-17 из 92 BG, но безрезультатно. 11 сентября в Брандис прибыли новые Me 163. В тот день боевую готовность имели сразу 7 самолетов. В 11:25 прозвучал сигнал тревоги, а в 11:30 пилоты бомбардировщиков 92 BG заметили приближающиеся Me 163. В 12:10 немцы безрезультатно атаковали самолеты из 384 BS. Вся атака длилась не более 30 секунд. В тот день американские пилоты 17 раз замечали в воздухе «Кометы». Три американских бомбардировщика не вернулись на базу, хотя в немецких архивах нет данных об одержанных победах. На следующий день пилоты 493 и 94 BG замечали одиночные «Кометы». 13 сентября I./JG 400 имел 9 исправных самолетов, но в этот день столкновений с противником не отмечено. 24 сентября группа располагала 19 самолетами, в том числе 11 боеготовыми. В это время началось формирование 3-й и 4-й эскадрилий JG 400. 28 сентября в 11:58 с аэродрома Брандис на перехват противника вылетело 6 «Комет». В 12:08 башенный стрелок В-17 из 100 BG штаб-сержант Марвин Висотски обстрелял «Комету». Затем «Комету» перехватил лейтенант Уилсен из 361 FG и заявил вероятную победу. Этой «Кометой» оказался Me 163В-0 (W.Nr. 10058), который получил 60 % повреждений. Его пилот, обер-лейтенант Франц Рёзеле раненый попал в госпиталь.