За период 1902–1903 годов в верхних эшелонах Охраны тоже произошли потрясения. Плеве назначил в 1902 году директором полиции Лопухина, у которого давно установились связи с Охраной через Министерство юстиции. Как подтвердили последующие события, Плеве сделал очень неудачный выбор. Рачковский, который, видимо, не стал благоразумнее после того, как вызвал неудовольствие Александра III, доложив ему о непристойном поведении во Франции вдовы Александра II, был удален из иностранного агентства за то, что сообщил нелицеприятные факты о французском факире Филиппе, очаровавшем Николая II. В 1903 году уволили Зубатова, наставника и надзирателя Азефа, после того как одна из контролируемых полицией рабочих групп учинила бесчинства в южной России. И наконец, примерно в то же время Леонид Ратаев был переведен из санкт-петербургского охранного управления на пост главы иностранного агентства и, что более важно, стал контролировать деятельность Азефа. Эта перетряска и вызванная ею неразбериха очень помогли террористам, а режим дорого заплатил за них:

Тем временем Россия позволила себе роскошь организации еще одного погрома, страшного дела в Кишиневе в апреле 1903 года. Ответственность за него, причем с вескими основаниями, возложили на Плеве. Значительная часть общественности России и внешнего мира восприняла кишиневскую акцию с отвращением И возмущением. В результате денежные сундуки «боевой организации» быстро наполнились за счет пожертвований и в ряды террористов влилась масса добровольцев. Эта кровавая бойня сильно подействовала и на нового руководителя «боевой организации», еврея Азефа. Эсеры давно замышляли расправиться с Плеве, но именно реакция Азефа на события в Кишиневе ускорила осуществление планов убийства.

Евно Азеф, сбивая с толку Ратаева, завалил его ложными сообщениями. И наконец в июле 1904 года Плеве был уничтожен бомбой, брошенной Сазоновым по указанию Бориса Савинкова, заместителя Азефа. Покушение подготовил сам Азеф, находившийся в Варшаве, после чего он немедленно бежал в Вену, заметая следы, и направил Ратаеву телеграмму со своим «возмущением». Странно — впрочем, это можно понять, если учесть, что директором полиции был Лопухин, — но настоящего расследования убийства Плеве не проводилось. Не исключено, что Охрану, так же как и эсеров, устраивала ликвидация Плеве;

К тому времени царь Николай решил прославить себя за границей, поскольку не мог сделать этого внутри страны, и втянул государство в гибельную войну 1904–1905 годов с Японией. Россия проигрывала одну битву за другой, что привело к кульминации в январе 1905 года — походу рабочих к Зимнему дворцу, к Кровавому воскресенью. Этому способствовала очередная ошибка Лопухина. Преемник Зубатова кардинально ошибся в оценке характера и степени беспринципности агента Охраны попа Гапона и его способностях контролировать поведение рабочих. Позже партия эсеров и ее «боевая организация» чуть не повторили аналогичную ошибку с этим священнослужителем, но, установив его сотрудничество с Охраной, ликвидировали провокатора.

После убийства Плеве на партию эсеров опять посыпались пожертвования. Ее «боевая организация» в качестве основной задачи поставила убийство дяди царя, великого князя Сергея, генерал-губернатора Москвы. В то же время самостоятельная группа эсеров, возглавляемая неким Марком Швейцером — во время недолгого существования «боевой организации» появилось много отколовшихся от нее террористических групп, — задумала более грандиозный, но не так тщательно подготовленный план убийства аристократов, министров и генерал-губернатора столицы путем взрыва в марте 1905 года в Петропавловском соборе во время службы поминовения об убиенном Александре II.

Но удалось только покушение на великого князя Сергея. Молодой Каляев бросил в него бомбу в феврале 1905 года в соответствии с планами, подготовленными за границей Азефом и Савинковым.

Перетряска, сопровождавшая убийство Сипягина, не идет ни в какое сравнение с переменами, которые произошли в результате убийства такого близкого родственника царя. Генерал-губернатор Санкт-Петербурга сразу же по получении сведений о гибели великого князя бросился в кабинет к Лопухину и произнес там только одно слово — «убийца» и вышел из кабинета, У Лопухина не оставалось выбора, как тут же подать в отставку. Любопытно, что этот непригодный для роли полицейского начальника человек мелькнул на страницах истории через пару лет, сыграв роль орудия эсеров. Любопытно и то, что Рачковский, документы об отстранении которого со своего поста в 1902 году готовил Лопухин, теперь заменил его в качестве директора полиции. Для начала Рачковский добился увольнения Ратаева и установил контроль за Азефом, хотя отношения между ними были не из легких. Но пребывание Рачковского на этой должности оказалось недолгим, его отстранили в июне 1906 года в какой-то мере из-за того, что он не сработался с Азефом. Но и в этот непродолжительный период Рачковский успел стать мишенью Для покушения со стороны эсеров, потому что пытался контролировать действия Гапона. Этот факт сообщил Рачковскому сам Азеф уже после убийства попа.

В феврале 1905 года, накануне назначения Рачковского, на пост руководителя Охраны выдвинулся из нижних чинов талантливый полицмейстер Герасимов.

Он достойно руководил Охраной на протяжении последующих четырех лет и особенно во время пребывания Столыпина на посту министра внутренних дел с апреля 1906 года, а также премьер-министра с июля того же года. Отношения между Столыпиным и Герасимовым носили самый близкий характер и оставались таковыми вплоть до ухода последнего в отставку по его собственному желанию в 1909 году. К тому времени директора полицейских департаментов и большая часть высокопоставленных чиновников Охраны мало что значили с точки зрения обеспечения безопасности.

Уже через месяц после занятия Герасимовым своего поста подорвался Швейцер на той самой взрывчатке, которую он готовил для террористического акта в Петропавловском соборе. Само покушение намечалось тремя днями позже. Герасимову не стоило большого труда выловить остальных членов этой группы, которых выдал эсер, тайный агент полиции (с ним позже расправились члены «боевой организации»).

В это время, полагая, что пыль после убийства великого князя Сергея улеглась, Азеф и Савинков возвратились в Россию. Но вскоре загримированного Азефа (как и Охрана, террористы применяли различные приемы обеспечения безопасности — маскировались, пользовались явками и тому подобное) арестовывают в Санкт-Петербурге в апреле 1905 года во время подготовки покушения на Дурново. Азефа, пришедшего в ярость, когда его задержали сотрудники внешнего агентства, доставили в центральное учреждение Охраны. Несмотря на все протесты легендарного террориста, Герасимов посадил его в камеру и устроил очную ставку между ним и Рачковским. Знаменитый агент, однако, не выразил никакого желания идти на контакт с новым руководством, тем более что сам Рачковский пресек ранее несколько попыток Азефа установить с ним отношения. Но после того как Рачковский согласился заплатить агенту пять тысяч рублей, Азеф сменил гнев на милость. С того времени Герасимов стал контролировать Азефа через Рачковского согласно договоренности, достигнутой между двумя полицейскими начальниками.

Герасимов повел новую политику в отношении агентов Охраны, занимающих влиятельные позиции в группах революционеров. До того времени использовалась система, разработанная Зубатовым: вылавливали всю революционную группу после проникновения в нее агентов полиции и установления личностей главарей. Но Герасимов понимал, что революция превратилась в массовое движение и толпы новых членов готовы занять места репрессированных, поэтому повальные аресты ведут лишь к разоблачению агентуры в среде оппозиционеров или, во всяком случае, выводят ее из игры. И Герасимов пошел на то, чтобы воздерживаться от ареста радикальных лидеров, в окружение которых проникли тайные агенты, и одновременно использовать этих агентов для сдерживания революционного пыла. Для такого сдерживания Герасимов, например, использовал секретных внешних агентов, которых в Охране окрестили «задирами». Когда он узнавал от Азефа или других тайных сотрудников о готовящемся покушении, то поручал «задирам» следить и держать в поле зрения террористов настолько явно и неуклюже, что те просто не могли не заметить, что оказались под наблюдением у полиции, и поэтому — часто по совету того же Азефа — отказывались от своей попытки.