Однако поначалу работа Герасимова с Евно Азефом не приносила Охране серьезных результатов. Хотя Азеф со свойственной ему циничностью выдавал мелкие заговоры и их исполнителей, особенно тех террористов, которые мешали ему в рядах эсеров, он не присылал сведений об основной террористической деятельности. Частично, по крайней мере, такой низкий уровень сотрудничества опять же объясняется тем обстоятельством, что крупные политические события затмили индивидуальные террористические акты, принизив их значение и даже сделав практически ненужными. Кровавое воскресенье воспламенило пожар революционного пробуждения во всех уголках необъятной России. Казаки и солдаты — к этому времени жандармы были сведены до уровня красиво одетых судебных приставов — усмиряли крестьянские восстания, бунты матросов и почти повсеместные забастовки. Пик противостояния и практическая утрата контроля за ситуацией в стране со стороны режима наступили после объявления всеобщей стачки и создания Совета рабочих депутатов во главе с Троцким в октябре 1905 года. Это наконец подтолкнуло Николая издать 17 октября манифест, согласно которому он пошел на создание Думы, и провозгласил ограниченные гражданские права.

В эти критические дни Герасимов продемонстрировал более широкое понимание своей роли в государственной системе власти, нежели исполнение полицейско-шпионских функций. Он провел совещание руководства столицы с командующими войсками и таким образом предохранил Санкт-Петербург от рабочего восстания, которое вспыхнуло в декабре 1905 года в Москве и было жестоко подавлено. Шеф Охраны проявил дальновидность и даже мужество и настоял на разгоне Совета рабочих Депутатов и задержании его членов, включая Троцкого, хотя Дурново и другие высшие должностные лица выступали против этого. Но предпринятые меры коснулись только столицы, которая и избежала потрясений в последний месяц революции 1905 года. А практически по всей России прошли восстания. За Москвой последовали волнения в Харькове, Донбассе, Прибалтике, на Кавказе и в Сибири. Все они были безжалостно подавлены.

Между тем манифест царя породил своего рода кризис в среде эсеров. В своем большинстве центральный комитет считал, что манифест делает терроризм ненужным и следует легализовать партию и принять участие в выборах в Думу. Но Савинков возражал против отказа от терроризма и видел в нем единственный путь для свержения автократии. Азеф остался в стороне от этого спора — возможно, уже почувствовал себя неуютно в своей двурушнической роли (он недавно подвергся нападению со стороны горилл Рачковского из его департамента полиции, нападение было скорее преднамеренным, чем случайным); В результате «боевую организацию» на некоторое время фактически распустили. Но жестокие репрессии после восстаний 1905 года заставили эсеров и других революционеров опять уйти в подполье. И центральный комитет социалистов-революционеров был вынужден стряхнуть с терроризма нафталин и на заседании в Финляндии в январе 1906 года принял решение восстановить «боевую организацию».

Вскоре после этого снова продолжилось активное Сотрудничество Герасимова с Азефом. Последний, со своей стороны, с удовольствием возобновил работу с офицером безопасности такого высокого калибра. В соответствии с вновь сформулированной политикой Охраны Азеф «официально» выдавал полиции разного рода подпольные объекты — фабрики взрывчатых веществ, типографские станки, а также мелкотравчатых террористов. Но о работе Центрального Комитета партии эсеров и его «боевой организации» Азеф докладывал лично Герасимову. Такой расклад устраивал и агента, и контролера.

С мая 1906 года возник еще один перерыв в деятельности «боевой организации» — Центральный Комитет партии эсеров по случаю начала работы Думы счел необходимым Отказаться от широкомасштабного террора. Тогда Азеф предложил Савинкову отправиться в Севастополь, дабы этот знаменитый террорист не растерял свою профессиональную квалификацию и ликвидировал одного адмирала, который жестоко подавил мятеж моряков в 1905 году: На самом деле цель Азефа заключалась в том, чтобы заслать Савинкова подальше от столицы и выдать его Охране. Но получилось так, что адмирала убили местные экстремисты еще до прибытия Савинкова. Тем не менее его арестовали и определили в городскую тюрьму. Дело кончилось тем, что члены «боевой организации», совершив диверсионно-десантную операцию, освободили Савинкова и тот бежал в Румынию.

Азефу, однако, удалось реабилитироваться перед Герасимовым другими достижениями. Он сумел предотвратить несколько террористических вылазок эсеров, не слишком охотно выполняющих предписание своего Центрального Комитета о прекращении огня. Так, был расстроен заговор с целью убийства Дурново, пресечено несколько попыток ликвидации московского генерал-губернатора и других высокопоставленных представителей власти.

В июле 1906 года на авансцену политической жизни России выходит Столыпин, новый премьер-министр. Этот сильный государственный деятель сразу привлек к себе внимание «боевой организации», и она наметила его в качестве жертвы, но премьер пережил эту организацию на несколько лет в немалой степени благодаря успешному сотрудничеству Герасимова и Азефа. Тем не менее в 1905–1907 годах от рук террористов погибли сотни чиновников режима более низкого ранга. В ответ в 1906–1907 годах военно-полевые суды обрекли на смертную казнь, по крайней мере, тысячу экстремистов, большинство из которых были расстреляны или повешены в течение двадцати четырех часов после приговора. А за период 1907–1909 годов военные трибуналы продолжили борьбу с террористами; не менее пяти тысяч из них было осуждено на смерть еще больше отправлено в тюрьмы и ссылку.

Одну из наиболее трудных проблем как для Герасимова, так и для Азефа создавало появление все новых и новых скопищ неопытных, но крайне фанатичных эсеров, которые с презрением отвергали осторожную тактику полупрофессиональной «боевой организации» и совершали террористические акты, ни с кем не считаясь. Ярким примером тому служат так называемые максималисты, небольшая самостоятельно действующая группа, которая в августе 1906 года разнесла в пух и прах загородную виллу Столыпина, перебила друг друга, искалечила на всю жизнь двоих детей премьера, но не смогла даже ранить его самого. Азефа сильно раздосадовало это непродуманное покушение не только по причине возможного отрицательного влияния этой акции на его сотрудничество с Герасимовым. Была задета его честь как шефа «боевой организации». И он пошел на непривычный шаг — предложил Центральному Комитету партии эсеров осудить покушение максималистов. Как ни странно, комитет согласился на это.

К осени 1906 года в результате деятельности военно-полевых судов, сотрудничества Герасимова с Азефом и использования Охраной «задир» значительно снизилась террористическая активность и очень сильно упала мораль «боевой организации» и даже некоторых фанатически настроенных экстремистских групп. Эта проблема стала основной. темой обсуждения на заседании центрального комитета партии эсеров, которое проходило в Финляндии в октябре 1906 года. Азеф и Савинков говорили о том, что Охрана усовершенствовала превентивную деятельность и теперь «боевая организация» нуждается в новой тактике, новых методах и средствах, — предлагалось, в частности, использовать мины, которые успешно применялись в террористической деятельности в Западной Европе. Заседание прошло в острой полемике, и достичь согласия не удалось. Преследуя каждый собственные цели, Азеф и Савинков вышли из «боевой организации», террористическими актами стали заниматься три отколовшиеся группы.