Однако в дальнейшем ход войны несколько изменился не в пользу «московитов». Снежные заносы не позволяли осуществить намеченный на зиму 1500/01 года поход русских войск на Смоленск. А в 1501 году положение осложнилось вторжением в русские земли союзников Литвы — ливонских рыцарей. Это вызвало ответные действия со стороны Ивана III. В частности, он распорядился направить в Новгород в качестве одного из двух назначавшихся туда наместников именно Даниила Щеню.

Осенью 1501-го и зимой 1501/02 года Даниил Щеня вместе с В.В. Шуйским действовал против вторгшихся в псковские земли ливонцев. Тогда же вместе с князем Даниилом Пенко он ходил на «свойских немцев» — шведов.

Занимая в 1502/05 годах пост новгородского наместника, Щеня, однако, не раз покидал город по тем или иным «государевым службам». Летом 1502 года он вместе с другими воеводами ходил на Смоленск. Однако осада Смоленска оказалась безрезультатной. Одной из главных причин неудачи была беспомощность «главнокомандующего» — князя Дмитрия Жилки, сына Ивана III.

Вернувшись в Новгород, Даниил продолжал борьбу с ливонцами. Помимо военных предприятий, он выступал в эти годы то как дипломат, заключавший перемирие с Литвой, то как доверенное лицо Ивана III, чья подпись наряду с прочими скрепила завещание Державного в конце 1503 года.

Измученный болезнями и семейными неурядицами, «государь всея Руси» явно близился к концу своего земного пути. Он все меньше думал о делах, и все больше — о «спасении души». Рассказывают, что незадолго до кончины он решил вновь переписать завещание и передать престол Дмитрию — внуку, Этим решением он обелил бы свою совесть, но поставил бы Московскую Русь на грань небывалой внутренней смуты. Впрочем, сделать этого Иван уже не успел. 27 октября 1505 года в возрасте 65 лет он скончался.

Кончина Ивана III не изменила положения Даниила Щени. Он по-прежнему незаменим там, где требуется присутствие опытного и надежного воеводы. Летом 1506 года, когда воз никла опасность набега казанских татар на русские земли, Даниил был послан в Муром и возглавил собранные там полки. Но на этот раз татары отказались от своего замысла.

В 1508/10 годах Щеня вновь занимал пост новгородского наместника. Во главе новгородской рати он участвовал в русско-литовской войне, вызванной восстанием против нового великого князя Литовского Сигизмунда (1507/48) крупнейшего православного литовского магната Михаила Глинского. Правительство Василия III решило оказать Глинскому военную помощь.

Даниилу Щене со своим полком приказано было идти к Орше. Туда подтянулись и другие воеводы. Осада Орши затянулась. А тем временем Сигизмунд лично прибыл к Орше во главе большой армии. Московские воеводы получили приказ отступить к Вязьме, обойдя Смоленск с юга. Учитывая возможность внезапного движения литовцев к Торопцу, Василий III послал Щеню туда. Изгнав проникших в город литовских людей, Даниил заставил торопчан целовать крест на верность московскому государю.

Пробыв некоторое время в Торопце, Даниил вернулся в Новгород. Известно, что 29 марта 1509 года он в качестве новгородского наместника заключил 14-летнее перемирие с ливонскими послами. Этот договор был выгоден России, ливонцы обязывались не вступать в союз с Литвой.

Тогда Даниил Щеня выхлопотал у Василия III прощение своему двоюродному брату Василию Патрикееву, насильно постриженному в монашество в 1499 году под именем Вассиана. Около 1510 года князь-инок появился в Москве. Авторитет Вассиана Патрикеева вскоре стал так высок, что даже сам Василий III часто навещал его в Симоновом монастыре.

Впрочем, своим возвышением Вассиан был обязан не одним только родственным связям. Из монастырского заточения он вышел с богатым запасом мыслей и знаний. Беседы с ним доставляли удовольствие всякому, кто умел ценить умное слово. Наконец его взгляды на роль церкви и монастырей в жизни общества оказались созвучны настроениям и планам самого великого князя.

Около 1512 года Даниил занял одну из самых почетных государственных должностей — московского наместника. Летом 1512 года наряду с другими воеводами он ходил с войском на Оку, готовясь дать отпор крымцам. Зимой 1512/13 года во время первого похода Василия III на Смоленск Даниил был главным среди сопровождавших его воевод. Летом 1513 года он участвовал и во втором походе на Смоленск. Однако город и на этот раз устоял. Лишь третий поход, летом 1514 года, принес успех «московитам». И вновь непосредственным руководителем военных действий был Щеня.

Ценя боевые заслуги Даниила, великий князь возложил на него почетную миссию первому из московских воевод войти в сдавшийся на милость победителей город и привести его жителей к присяге. Лишь после этого 1 августа 1514 года Василий III торжественно въехал в Смоленск.

Вскоре Даниил покинул покоренный город, передав бразды правления своему старому сослуживцу — бывшему новгородскому наместнику князю В.В. Шуйскому, назначенному смоленским наместником.

Война с Литвой продолжалась. Разгром русского войска в битве под Оршей 8 сентября 1514 года качнул чашу весов в пользу Сигизмунда. Летом 1515 года можно было ожидать новых попыток литовцев возвратить Смоленск. И потому Даниил Щеня вновь послан был с войском занять позицию неподалеку от Смоленска — в Дорогобуже. Однако боевых действий тем летом так и не произошло. Обе стороны занялись поиском союзников, дипломатическими разведками и переговорами.

Карелы являлись ценными союзниками Новгорода на Севере. Поэтому, когда в конце XIV — в XV вв. бояре создали вотчинный «пояс обороны» в Обонежье от притязаний московских великих князей, им пришлось учесть владетельные права «пяти родов» на Карельском берегу Белого моря. Основные приращения своего землевладения на Беломорье бояре осуществляли южнее устья реки Выг. Выгозерский погост был покрыт густой сетью боярщин. Новгород оставил широкий выход к промысловым богатствам Белого моря своим вассалам-союзникам — от устья Выга на юге до Сон-реки, границы Керетской волости, на севере.

Московские притязания на новгородскую независимость вызвали некоторое изменение способа управления на Севере в последнее десятилетие существования Новгородской феодальной республики. Обширные регионы Подвинья и карельского Беломорья оказались под управлением наместника новгородского архиепископа в Двинской земле. В частности, скрепление его печатью частноправовых актов детей корельских и новгородских бояр узаконивало их сделки на местные владения.

Старания Великого Новгорода по укреплению системы управления не только на Севере, но и по всей Новгородской земле не остановили великого князя Ивана III Васильевича. В результате московского похода 1477/78 гг. вечевая республика пала. С этого времени Карелия вошла в орбиту общероссийской государственности. Начался новый этап ее истории. Но основные достижения новгородского периода в социально-экономической и государственно-политической областях не забылись. Ростки государственного феодализма, торгово-купеческие связи, обеспечение надёжного управления и военной защиты границы получили дальнейшее развитие в следующие века.