5 июня главный военный прокурор генерал-лейтенант Рыльке внес в суд обвинительный акт. В состав верховного военно-уголовного суда входили: члены Военного совета генерал от инфантерии П.Г. Дукмасов (председательствующий), А.К. Водар, С/О. Гончаров, С.Н. Мылов и генерал от кавалерии барон АА. Бильдерлинг. Состав этот для рассмотрения настоящего дела был пополнен постоянными членами главного военного суда: генералом от инфантерии П.Н. Аникеевым и генерал-лейтенантами бароном Э.Р. Остен-Сакеном и O.K. Щербович-Вечором, и командирами корпусов: XIX — генерал-лейтенантом Е.С. Саранчовым и XXI — генерал-лейтенантом Н.В. Рузским. Поддерживать на суде обвинение было поручено помощнику главного военного прокурора генерал-лейтенанту А.М. Гурскому.

Защиту обвиняемых приняли на себя: генерала Стесселя — подполковник П.Е. Вельяминов (участник обороны Порт-Артура) и подполковник в отставке О.А Сыртланов; генерал-лейтенанта Смирнова — капитан 2 ранга Г.К. фон Шульц; генерал-лейтенанта Фока — отставной генерал-лейтенант И. Домбровский (бывший военный судья); генерал-майора Рейса — присяжный поверенный (отставной полковник) В.Н. Нечаев. Свидетелей было вызвано со всех концов России 120 человек, в том числе и генерал-адъютант А.Н. Куропаткин.

Заседание верховного военно-уголовного суда под председательством генерала от инфантерии Дукмасова открылось 27 ноября 1907 г. в помещении Собрания армии и флота в Петербурге. Проходило оно публично и вызвало живейший интерес в обществе и печати, последняя имела своих представителей в лице 32 корреспондентов различных русских и иностранных газет и телеграфных агентств. Обширный зал суда был переполнен публикой. С 28 декабря из-за болезни Дукмасова председателем был назначен генерал от инфантерии Водар. Также по болезни выбыл из состава суда и генерал Мылов. Всего рассмотрению дела было посвящено 41 заседание. 22 января 1908 г. начались заключительные прения, которые закончились 5 февраля.

6 февраля суд удалился на совещание и вечером 7 февраля вынес резолюцию, которой признал виновными: генерал-лейтенанта Стесселя в том, что 20 декабря 1904 г., состоя начальником Квантунского укрепленного района и главным начальником войск в Порт-Артуре с подчинением ему коменданта крепости генерал-лейтенанта Смирнова, сдал крепость японцам, не употребив всех средств к дальнейшей ее обороне, в бездействии власти и в дисциплинарном проступке, и генерал-лейтенанта Фока — в дисциплинарном проступке (составлении и рассылке начальствующим лицам оскорбительных по содержанию «заметок»). Суд определил Стесселя подвергнуть смертной казни через расстреляние без лишения всех прав состояния, а Фоку… объявить выговор.

Принимая, однако, во внимание, что крепость Порт-Артур, «осажденная с моря и с суши превосходящими силами противника, выдержала под руководством генерал-лейтенанта Стесселя небывалую по упорству в летописях военной истории оборону и удивила весь мир доблестью своих защитников; что несколько штурмов были отбиты с громадными для противника потерями; что в течение всей осады генерал Стессель поддерживал геройский дух защитников крепости, а также имея в виду его прежнюю боевую службу и участие в трех кампаниях» [15. Т. XVIII. С. 642], верховный военно-уголовный суд всеподданнейше ходатайствовал перед царём о смягчении Стесселю определенного ему наказания заточением в крепости на 10 лет, с исключением его из службы и с лишением чинов. Генерал-лейтенантов Смирнова и Рейса суд оправдал.

4 марта 1908 г. приговор суда был конфирмован Николаем II, причем определенное судом наказание Стесселю было всемилостивейше смягчено в пределах ходатайства суда, а всеподданнейшее прошение Стесселя о дальнейшем смягчении его участи удовлетворено не было.

5 марта 1908 г. вместе с опубликованием в приказе по Военному ведомству Высочайшей конфирмации суда был опубликован и Высочайший приказ армии и флоту с высокомилостивой оценкой службы порт-артурского гарнизона. «Верховный суд, — говорилось в этом приказе, — карая виновника сдачи, вместе с тем в полном величии правды восстановил незабвенные подвиги храброго гарнизона» [15. Т. XVIII. С. 642].

7 марта Стессель был заключен в Петропавловскую крепость, из которой «по Монашескому милосердию» был освобожден через год. 2 апреля 1908 г. Высочайшим приказом по Военному ведомству были уволены со службы по домашним обстоятельствам, с пенсией, но без права ношения мундира, генералы Смирнов, Фок и Рейс.

Аналогично прошло дело участников Цусимского боя. Военно-морским судом адмирал Рожественский был оправдан, поскольку в морском сражении получил тяжелое ранение, и в 1906 г. был уволен в отставку с правом ношения адмиральского мундира и пенсией. Тот же суд 11 декабря 1906 г. признал виновными в преступной сдаче кораблей неприятелю и приговорил к смертной казни через расстреляние командира отряда контр-адмирала Н.И. Небогатова и трех командиров кораблей бывших капитанов 1 ранга В.В. Смирнова с «Императора Николая I», С/П. Смирнова с «Адмирала Сенявина» и Н.Г. Лишина с «Генерал-адмирала Апраксина». Командир броненосца «Орел» капитан 2 ранга Шведе был оправдан. Всем приговоренным к смерти царь заменил расстрел десятью годами заключения в крепости. Понятно, что просидели в тюрьме они по несколько месяцев и тоже вышли на свободу.

Оба процесса представляют собой шоу, проведенные на высоком профессиональном уровне. Процессы были открытыми, опрашивались сотни свидетелей, стенограммы судебных заседаний публиковались в прессе. Процессы были умышленно затянуты, и к моменту вынесения приговоров острота политического момента давно прошла. Фактически между царем и обвиняемыми была заключена сделка: в обмен на легкое наказание (до года тюрьмы) те помалкивали о деяниях великих князей Алексея Александровича и Сергея Михайловича, о Балетте и Кшесинской и других, включая, разумеется, и самого царя.

Главным нетитулованным виновником поражения в войне (после Николая II, великих князей Алексея Александровича и Сергея Михайловича) был Куропаткин. Он не только являлся главнокомандующим Маньчжурской армией в 1904–1905 гг., но и военным министром в течение всего предвоенного периода 1898–1904 гг. Но ему по Высочайшей воле удалось уйти от суда. Мало того, Николай II назначил его в Государственный совет. В совете Куропаткин появлялся крайне редко, а большую часть времени проводил в своем имении в Холмском уезде Псковской губернии. Там Куропаткин написал четырехтомный труд «Отчет генерал-адъютанта Куропаткина», где на двух тысячах страниц было доказано, что Куропаткин — непревзойденный полководец, все предвидевший заранее и т.д., а вот японцы воевали плохо и совсем не по правилам.

Большинство же русских людей воспринимали исход войны и Портсмутский мир как оскорбление России. Их настроения хорошо выразил поэт С.М. Соловьев:

Без преувеличения можно сказать, что русско-японская война определила дальнейшую историю России в XX в. И дело, конечно, не в том, что мы потеряли Желтороссию и флот. В России началась революция 1905–1907 гг., которую Ленин назвал генеральной репетицией революции 1917 г. На мой взгляд, это была не репетиция, а первый этап революции. Формально революция 1905–1907 гг. закончилась поражением. Но фактически к 1 января 1908 г. мы видим совсем другую державу, чем к 1 января 1904 г. Кардинально изменилось отношение населения к царской власти, солдат и матросов — к офицерам.